壹般來說，凈化手術室應遠離高汙染源，比如北方是西北-東南風，凈化手術室最好安排在醫院的東北和西南方向。由於外部氣溫變化較大，凈化手術室不宜設在首層和頂層。
凈化手術室的室內布局是怎麽樣的呢?室內布局應符合兩大原則，功能流程短捷和潔汙分明的原則。功能流程短捷，就是手術時盡量減少移動，須要走動時也有很便利的通道，這主要因為人是凈化手術室最大的汙染源，走動時散發的皮屑等更多，因此要少走動;手術又是壹個爭分奪秒的事情，有時是在和死神賽跑，因此室內走動應該很便利，以免浪費時間。潔汙分明是指汙染區和潔凈區應該區分開來，汙物具有就地消毒和包裝措施的可采用單通道,否則可采用潔汙分開的雙通道。
手術室的地面應采用耐磨、耐腐蝕、不起塵、易清洗和防止產生靜電的材料，墻面應采用不起塵、平整易清潔的材料，這些都有利於減少室內灰塵量。此外，凈化手術室的地面和墻壁壹般都會塗成綠色，綠色代表著大自然，能給病人壹種安靜的感覺，也可以緩解醫生長期盯著血液時的視覺疲勞。
當醫生做好術前凈化後，便不能再用手隨便觸摸其他地方了，那麽開門怎麽辦呢?這就要求手術室門是腳動的，設有自動延時關閉裝置的電動懸掛式自動推拉門，這樣便不會產生手汙染了。潔凈手術室門凈寬不宜小於1.4m，方便醫生和手術床進出。 目前，醫院手術室凈化工程執行的《國家潔凈手術部建築規範》，這壹規範經過不斷的修訂，推動了凈化行業的健康發展，使得凈化手術室更好發揮健康保障作用。