1583年（明朝萬歷十壹年）古埒城主阿臺與明朝軍隊因走失羊群歸屬發生械鬥。遼東總兵李成梁奉旨平亂。24歲的努爾哈赤現在是遼東總兵李成梁的侍衛，年輕時被父親建州女真都督塔克世趕出了家門，撫順富商佟莊主將其收留做了上門女婿，他的妻子佟佳氏是佟莊主的獨生女兒，生有壹子褚英。
這天，佟莊主病情突然加重，佟莊主臨終前緊緊拉著努爾哈赤的手，要努爾哈赤對他說實話：妳到底是不是孤兒？妳的家到底在哪裏？努爾哈赤遲疑再三，並未說出真情，佟莊主停止了呼吸……
佟佳氏雖然悲痛欲絕，卻冷冷告訴努爾哈赤，佟家莊園太小，容不下他這個都督的兒子。努爾哈赤悲急交加，發重誓今生今世絕不再騙妻子！就在此時，李成梁派侍衛來叫努爾哈赤速去總兵府。努爾哈赤經不住侍衛催促，只得匆匆離去……
李成梁命令努爾哈赤到山海關去接剛剛在京城考上武狀元的兒子李如柏，並且去尋找因為逃婚而離家出走的葉赫第壹美女東哥。努爾哈赤率眾侍衛趕往山海關，路遇東哥，初次見面努爾哈赤已經被東哥深深地吸引，情急之下努爾哈赤放走了東哥……
李如柏得知父親率軍出征，夜走山路要趕往陣前立功，結果連人帶馬摔下山崖，幸好努爾哈赤早有防備，舍命救下李如柏。李如柏新娶的小妾那齊婭是圖倫城主尼堪外蘭的女兒，那齊婭對努爾哈赤的為人和身手欽佩不已，不由得頓生愛慕之情……
圖倫城主尼堪外蘭向李成梁報告古埒城主阿臺圖謀造反，李成梁率軍包圍古埒城，尼堪外蘭說建州都督塔克世和父親覺昌安率軍前來支援，並獻上破城之計，李成梁同意，但叮囑尼堪外蘭，塔克世是皇上欽封的二品都督，破城時要千萬留意。 努爾哈赤和李如柏火速趕往古埒城，而此時塔克世和覺昌安已經被尼堪外蘭設計死於亂軍之中。
太祖秘史分集劇情介紹 第2集
努爾哈赤和李如柏趕到古埒城前，但為時已晚，古埒城已被明軍攻破，滿街屍體。李成梁中軍帳內，李成梁正為塔克世和覺昌安的死向尼堪外蘭發脾氣。尼堪外蘭百般解釋二人死於亂軍之中，推托與自己的幹系，並向李成梁密告，塔克世的長子長年在外，叫努爾哈赤。李成梁壹驚，想不到努爾哈赤現在跟自己又有了殺父之仇。
努爾哈赤在中軍帳前，發現自己的父親和爺爺的屍體，並且從覺昌安的口中得知仇人正是尼堪外蘭，努而哈赤大怒，拿出刀欲殺尼堪外蘭，那齊婭舍命救下自己的父親，坐山觀虎鬥的李成梁無奈示意眾侍衛抓住努爾哈赤……
李成梁來牢中看望努爾哈赤。他告訴努爾哈赤自己不能不殺他，努爾哈赤提出要先報仇，再受死，李成梁拒絕，但答應遲早會收拾這個反復無常的小人。
那其婭心中壹直愛著努爾哈赤，她不願努爾哈赤就這樣被殺，於是說服了李如柏，李如柏以報救命之恩為名放了努爾哈赤。
李成梁得知努爾哈赤逃走大怒，派兵包圍了佟家莊園。努爾哈赤躲過各路追兵，向納林貝勒和金臺吉貝勒借人馬攻占圖倫城，截殺尼堪外蘭。納林已經盤算把東哥嫁給尼堪外蘭，但東哥寧死不從。雖然納林假意答應努爾哈赤，但說他的騎兵正在外打獵，要努爾哈赤等幾天。努很郁悶地喝酒，半醉半醒間東哥來看他，東哥決定幫努爾哈赤渡過難關。
東哥偶遇努爾哈赤的弟弟舒爾哈齊，並和舒爾哈齊壹起吹簫，東哥掩飾不住對他的好感。納林打算要用努爾哈赤換尼堪外蘭的幾個城池，於是把努爾哈赤抓了起來，準備交給尼堪外蘭，金臺吉得知後迅速告訴東哥，舒爾哈齊準備救哥哥，東哥勸他不要沖動，讓舒爾哈齊用自己當人質，要挾自己的哥哥納林，救出努爾哈赤。按照東哥的方法舒爾哈齊脅迫著她來到納林的面前，沒想到納林卻不為之所動，東哥用刀將自己刺成重傷，迫使納林放了努爾哈赤。
太祖秘史分集劇情介紹 第3集
納林雖然再次起了殺努爾哈赤兄弟的念頭，但是努爾哈赤據理力爭，並且詳細地分析女真各部的形勢，這才讓自己和舒爾哈齊轉危為安。納林最終同意放了兩兄弟，但是不會借給他們壹兵壹卒，去對抗尼堪外蘭。
努爾哈赤，舒爾哈齊兄弟二人與重傷的東哥告別，努爾哈赤斷刀為盟，立下誓言，永不辜負東哥對自己的恩情。努爾哈赤對弟弟說，他要化敵為友，要利用李成梁這個仇人，把他當成靠山。努爾哈赤回到撫順見李成梁。努爾哈赤告訴舒爾哈齊自己如果回不來，就要弟弟照顧東哥壹輩子。並且向弟弟袒露自己對東哥的愛慕，早已深愛東哥的舒爾哈齊陷入兩難的境地。
努爾哈赤獨自來到李成梁處，見到了被押為人質的佟夫人和兒子，原來李成梁老謀深算，早把努爾哈赤的家人扣為人質，以便作為日後要挾努爾哈赤的資本，對此努爾哈赤雖然感到驚訝，卻沒有對佟佳氏表現出應有的關心和疼愛，此時他的心裏壹直想著如何復仇。努爾哈赤要李成梁舉薦他接替其父建州都督的位置，條件是努不再追究以往二人的宿怨，並讓自己的兒子褚英做他的人質。李成梁同意了他的要求，並用劍將其手上的鐵鏈砍去。努爾哈赤和舒爾哈齊再度重逢，二人決定重回建州城，重振祖宗基業。
努爾哈赤和舒爾哈齊回到都督府看到府內壹片蕭條，眾鄉鄰都質疑他二人的能力。努爾哈赤與舒爾哈齊***同承擔起了重建建州的重任，令鄉鄰刮目相看。努爾哈赤與舒爾哈齊找出僅存的十三幅盔甲，對天盟誓，不報家仇，誓不為人！夜間壹夥黑衣人偷襲努爾哈赤兄弟，他們奮力拼殺脫離險境。次日有圖倫軍隊要謀害兄弟倆，二人浴血奮戰。
太祖秘史分集劇情介紹 第4集
努爾哈赤和弟弟舒爾哈齊竭盡全力與敵人拼殺，不料被圖倫兵將他二人團團圍住，正在危難關頭佟家五兄弟率領莊丁前來投奔努爾哈赤，將圖倫兵射死。
與此同時，佟佳氏收拾好行李，看著佟家莊園燒成壹片火海。轉而，佟佳氏帶著佟春兒來到建州都督府來投奔努爾哈赤，努向佟佳氏詢問兒子褚英的情況，向佟佳氏保證殺掉尼堪外蘭後壹定將兒子接回來。圖倫城外，努決定不能硬打要巧妙裝扮成商人騙開城門，兄弟們都爭先去騙開城門，努爾哈赤堅決親自出馬。先頭部隊殺死守城的士兵，後面佟家五兄弟帶領眾兵殺入城內，圖倫軍四散逃竄，舒爾哈齊詢問到尼堪外蘭的住處。帶領眾兵前去。
尼堪外蘭的家裏，二十四口女人和孩子哭聲喊聲混成壹片，努爾哈赤怒火中燒準備將尼堪外蘭的家人全部殺死。這時，那齊婭突然來到，請求努爾哈赤不要殺死她的家人，此時努爾哈赤已經被復仇的火焰充滿了胸膛，努下令處決尼堪外蘭壹家，那齊婭沖上前去要和家人死在壹起，努將其拉出來。這時舒爾哈齊跪在地上求哥哥手下留情。
努爾哈赤讓弟弟起身，清點尼堪外蘭的家人，***二十四口，他說今天是他打勝的第壹仗不能沒有人祭旗，於是他讓舒爾哈齊從俘虜中挑選老弱病殘用來祭旗。那齊婭看著這壹幕坦率地對努爾哈赤說：妳太殘忍了！努說：妳擔心妳的父親了？那齊婭鎮定地說我是擔心我父親以後會是誰。那齊婭有種預感，在將來的日子裏整個遼東都不會有安寧的日子，所有不臣服努爾哈赤的人都將血流成河。
這壹仗剛剛結束，還沒有喘息的機會，尼堪外蘭率領兩萬人馬向建州攻來，努爾哈赤急忙想對策，唯壹的辦法就是到葉赫借兵，他把這個任務交給了舒爾哈齊。舒爾哈齊趕忙起身，去找納林。舒爾哈齊來到東哥府上，看到東哥正在吹簫，東哥見到舒爾哈齊撲到了他的懷裏，為了幫助努爾哈赤，東哥決定親自去見納林，舒爾哈齊與東哥四目深情相對，思念之情化成了壹行行流淌的淚水……
太祖秘史分集劇情介紹 第5集
東哥勸舒爾哈齊放棄復仇和戰爭，倆人壹起去過幸福的生活。舒爾哈齊卻只委婉地詢問東哥對哥哥的看法。舒爾哈齊帶著禮物見了納林和金臺吉，納林不肯答應借兵，直到東哥跪地請求的時候，他才詭秘地說：可以借兵但有壹個條件，就是將妹妹東哥嫁給努爾哈赤。東哥和舒爾哈齊聽後都深受打擊，無奈之下東哥說出她愛的人是舒爾哈齊不是努爾哈赤。而納林給的答復卻是誰是建州都督就將妹妹嫁給誰。舒爾哈齊含著眼淚在契約上畫押。
東哥不願意聽從哥哥的安排，喬裝準備去找努爾哈赤說出她的心聲。努爾哈赤與敵人浴血奮戰，但寡不敵眾，就在危急時刻，舒爾哈齊帶著葉赫援軍趕到，擊退了敵軍。
都督府努爾哈赤設宴與舒爾哈齊金臺吉慶祝勝利。葉赫的五千騎兵嚇退了尼堪外蘭的蒙古援兵。努爾哈赤向舒爾哈齊表示謝意，承諾將來要讓他做副都督。
努爾哈赤突然問舒爾哈齊有沒有替他向東哥求婚，舒爾哈齊只好點頭，金臺吉說要努爾哈赤下正式的聘書才可以迎娶他的妹妹。努爾哈赤興奮地表示同意。金臺吉勸舒爾哈齊立即取代努爾哈赤，舒爾哈齊當即拒絕，舒爾哈齊認為胸懷坦蕩的努爾哈赤絕對不會像狡猾的納林，二人爭執不休，開始比武，中途他們卻又扔下兵器抱頭痛哭。努爾哈赤已經得到二品都督的位置，但仍然要兒子去做人質，與佟佳氏爭吵，努爾哈赤質問佟佳氏是要兒子還是要他，佟佳氏憤然說要兒子。這句話深深傷害了努爾哈赤。
舒爾哈齊來找努爾哈赤，舒爾哈齊聽著哥哥的大誌不由得肅然起敬，決定要全力以赴幫助哥哥實現宏圖大誌，當即拿出和約，努爾哈赤看了以後非常高興，立刻準備聘禮。
東哥在建州城外，遇到了哥哥金臺吉，金臺吉將舒爾哈齊的表現告訴東哥，東哥卻堅信努爾哈赤會成全了自己。
努爾哈赤如願接到了皇帝的詔書，設宴款待李成梁，席間提起褚英，努爾哈赤會意，舒爾哈齊卻與李成梁爭辯，最終李成梁答應兩年後放回褚英。努爾哈赤將褚英交給了李成梁。
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