樸殷植出身密陽樸氏，1859年10月25日（舊歷鹹豐九年己未九月三十日）生於朝鮮黃海道黃州的壹個農村知識分子家庭。樸殷植天資聰明，才氣超群，自幼攻讀儒家經典，短短幾年裏博覽群書，無所不通，又能文善詩，世人無不贊嘆，被稱為神童，他與安重根的父親安泰勛也頗有交情。他的父親希望他考中科舉，光宗耀祖，但樸殷植發現專以應付應舉而只註重詞章所致的知識狹隘性之弊端後，便廣泛閱讀道學、 政治等多方面的書籍，而無心科舉與仕途。1876年，少年樸殷植離家外出，遊學四方，臨行前留下壹句話：“除了科舉，難道沒有經世之學？”
1880年，樸殷植讀到實學大家丁若鏞的著作後，深受啟發。1882年，他在首都漢城（今韓國首爾）目擊“壬午兵變”，感慨萬分，便試圖向國王高宗上疏“時務策”，但未成功。1885年，樸殷植遵奉母命，參加科舉考試，在鄉試中及第，在平壤做了崇仁殿參奉、東明王陵參奉等壹些小官。1894年，甲午中日戰爭爆發，樸殷植身在中日兩軍的主戰場——平壤，得以目睹戰局，感慨良多。他對平壤戰役評論道：
平壤之役，余所目睹，不待兩軍交綏，而已危莫敖必敗，何者？始清兵渡江，我民爭簞壺迎饋，而乃肆盜掠，大失民望，惟左（左寶貴）軍稍整，而葉（葉誌超）之自牙山遁歸者，散亂無紀；衛（衛汝貴）軍之搶盜忒甚，雖將帥日斬之而弗止。以此之眾，雖孫子將之，無能為役也。於時我人屢向清帥陳防守之宜，以為敵來有三路：壹自京城（漢城）直路越洞仙嶺，壹沿西海（黃海）入三和、鎮南浦，壹由元山逾陽德、加倉，宜亟派兵扼守各地，不然孤城易陷重圍，言之者殆唇焦舌敝，而諸將皆傲然不省，果敗於北路之日兵矣。 自1894年以後，樸殷植目睹時局動蕩，遂辭去官職，遷往江原道原州隱居。然而他並未長久消沈下去，1898年，在獨立協會運動如火如荼之際，樸殷植亦受其感召，決定投身到救亡啟蒙運動中去。他來到漢城，加入了獨立協會，活躍於萬民***同會，並與張誌淵壹起成為《皇城新聞》的主編。在1900年後，他又出任經學院講師及漢城師範學校學官等職，從事教育活動。通過在《皇城新聞》的工作及教育活動，樸殷植深刻體會到國勢的艱難，亦為韓國民眾的啟蒙做出巨大的貢獻。
·1904年2月，日俄戰爭爆發，日本出兵控制了大韓帝國政府並強迫其簽訂《日韓議定書》，將韓國置於日本的羽翼下。對日本的侵略感到憤怒的樸殷植以《皇城新聞》為武器，發表大量文章，揭露日本的侵略行徑，大力宣揚獨立精神和愛國思想，被駐韓日軍視為眼中釘，在1905年壹度遭到拘禁。其後他又任《大韓每日申報》的主編，繼續用筆桿和日本侵略者作鬥爭。1905年11月《乙巳條約》簽訂，韓國淪為日本保護國，張誌淵憤筆寫下“是日也放聲大哭”壹文，批判日本對韓國的侵略，因而《皇城新聞》被迫停刊。1906年復刊以後，張誌淵沒有回來，樸殷植為了維護《皇城新聞》，重新擔任其主編，而對於《大韓每日申報》則是主要以客座身份發表壹些評論而已。
除了新聞工作以外，樸殷植還積極投身1906年後興起的朝鮮愛國文化啟蒙運動，參與和創建了大量啟蒙團體，發表許多啟蒙文章，為韓國民眾的啟蒙做出了進壹步的貢獻。他在1906年3月參與了大韓自強會，在其機關報紙《大韓自強會月報》上發表了《大韓精神》、《能否自強之問答》等文章。1906年10月組織了“西友學會”，並創刊頗負盛名的《西友》雜誌。1907年4月加入安昌浩、李東輝、李會榮等創建的“新民會”，其後在1908年1月將他的“西友學會”和“漢北興學會”合並為“西北學會”，成為當時韓國影響力最大的啟蒙組織之壹，樸殷植不僅領導這個組織，還是其機關報紙《西北學會月報》的主筆。在這期間樸殷植的思想亦發生變化，他不僅更加支持資產階級啟蒙思想，還徹底拋棄了傳統的儒教，而企圖以王陽明的心學來改造儒教，以適應時代需要，發表了《儒教求新論》。他還在1908年創辦了西北學會所屬的西北協成學校，並任該校校長。 1910年8月22日《日韓合並條約》締結，朝鮮半島正式成為日本的殖民地。日本的朝鮮總督府在朝鮮實行高壓的“武斷統治”，各社會團體被解散，樸殷植開辦的學校也被迫關閉。不僅如此，日本殖民當局還關閉言論出版機關，禁止發行朝鮮歷史書籍，樸殷植對此痛心不已，覺得收集歷史資料，編纂國史，是維持“吾族之國魂”的唯壹方法。因此，他開始註意搜集歷史，並編寫了《韓末秘錄》，成為後來的著作《韓國痛史》的底稿。
1911年4月，不甘心做亡國奴的樸殷植離開朝鮮，流亡到中國奉天省桓仁縣，同年撰寫了《東明聖王實記》、《渤海太祖建國誌》、《大東古代史》、《夢拜金太祖》等鼓吹民族主義的歷史著作。同年，他周遊中國北京、天津、上海、南京、香港等地，訪求韓國愛國誌士和中國知名人士，***商抗日獨立運動之策。他與申圭植、洪命熹等人壹起組織同濟社，任總裁，積極從事獨立運動。1913年，樸殷植去上海，在上海法租界創辦博達學院，培養在華朝鮮青年。1914年，在香港受任《香江》雜誌編輯，“批評其袁世凱專政，遂見廢” ，他又在上海撰寫了《安重根傳》 和 《韓國痛史》 等著作。同年，應好友康有為之邀，擔任 《國是日報》 主編。該報停辦後，為有效地推進獨立運動，組織了新韓革命團，並為該團起草了趣旨書，被選為監督。其後又與申圭植組織了大同輔國團，被選為團長。
1918年，樸殷植僑居俄國烏蘇裏斯克（雙城子），創辦《韓族公報》；刊物因財政問題中斷發行後，繼續從事國史研究，完成韓譯《渤海史》和《金史》，又創作《李儁傳》。1919年“三壹運動”之際，年過花甲的他在俄國海參崴組織“大韓國民老人同盟團”，不到數月其成員發展到數千人，後來向日本總督齋藤實扔炸彈的姜宇奎就是老人團成員。同年8月，樸殷植離開俄國，重返中國上海，並參加了大韓民國臨時政府，就任獨立新聞社社長，參加臨時政府史料編纂會，編寫了《韓日關系史料》四卷，又寫了《韓國獨立運動之血史》，反對日本侵略，號召國民為民族獨立而鬥爭。 1924年，樸殷植在上海就任大韓民國臨時政府國務總理兼代理總統，1925年當選為第二代大總統。樸殷植的出任可謂是臨危受命，因為大韓民國臨時政府成立數年便面臨嚴重的內外危機，其交通部和內政部在朝鮮設置的各種聯絡機構遭到日本殖民當局的破壞，同時亦不為國際社會所承認，先後於1919年巴黎和會和1921年華盛頓會議被拒之門外。內部派系鬥爭十分激烈，屬於“文治派”的總統李承晚長期滯留美國，尋求美國的“保護”，而屬於“武斷派”的國務總理李東輝則辭職赴蘇俄，此外臨時政府的資金嚴重匱乏，既無國際社會和國內人民支持，中國和美洲和韓僑的捐款杯水車薪，唯壹數目較多的蘇聯援款又盡數歸於李東輝，因此甚至連政府成員的生活都無著落。由於上述諸多困難，導致臨時政府的證據十分不穩，從1919年到1924年間，先後有李東輝、李東寧、申圭植、盧伯麟、李東寧組閣，走馬燈似的更換內閣總理。到1924年12月，大韓民國臨時政府陷入最困難的時期。
在這種狀況下，具有很高威望的樸殷植被大韓民國臨時議政院推舉為國務總理兼代總統，1925年3月23日當選大總統。翌日樸殷植發表就職宣言。此時樸殷植已經66歲高齡，但為了民族獨立毅然挑起了領導大韓民國臨時政府的重任。樸殷植執政時間從1924年12月到1925年7月，在這其間主要有兩件大事，第壹是1925年3月23日大韓民國臨時議政院通過了對前總統李承晚的彈劾案，第二是大韓民國臨時議政院通過了樸殷植提出的憲法修正案，即第二次修正之《大韓民國臨時憲法》，新憲法規定政府首腦由總統制改為國務領制。不久之後，樸殷植就因病情突然惡化而於1925年7月8日辭去職務，並推薦李相龍為首任國務領。
1925年11月1日，樸殷植因病醫治無效逝世於中國上海。他在臨終之際還擔心民族的未來和獨立運動，給同胞留下遺囑，其要旨是：“第壹，要進行獨立運動，就必須號召全民族***同參加；第二，獨立運動是最高運動，為了獨立運動可以采取任何手段和方略；第三，獨立運動是關系我們整個民族的***同事業，同誌之間不應有愛憎、親疏之別。” 1925年11月4日，樸殷植的遺骸被安葬在中國上海靜安寺路公***墓地600號。68年後，即1993年8月5日，大韓民國將樸殷植的遺骸（與其他四位臨時政府要人的遺骸壹起）遷返韓國舉行“國葬”，重新安葬在國立墓地的臨時政府愛國誌士墓域。