《湄公河大案》結局是莫雄被抓判死刑，蒙洪跳崖後在醫院救治，蘇沃和坎蘭交待過往罪行，石橋被劉衛東打死，而劉衛東在逃跑過程被抓，王海峰完成任務後離開了雲南。
中國13名船員在泰國被槍殺，警方接到報警之後迅速的成立專案小組趕到雲南處理這起案件。在這個過程中意外發現隱匿在此的販毒團夥，中國警方決定潛入金三角揪出幕後黑手。
在真相就要水落石出的時候，其他犯罪團夥紛紛感到害怕，決定主動交待自己的罪行，但莫雄卻始終不承認自己犯下的罪名，江海峰將掌握的證據和莫雄犯下的罪過全部講給他聽，最終莫雄崩潰，在審訊室中莫雄被壹點點的擊垮，最終承認罪行，被判處了死刑。
本劇情根據真實故事改編，看的觀眾熱血沸騰，看到案件得到了解決，還給受害者公道，身為壹名中國人感到無比的自豪。