三部入面，時間序是《使徒行者2》作為最早的時間線，然後陳豪（飾魏德信）死後，其弟馬國明（飾魏德森）回來為他報仇，接著便是《使徒行者3》。
第壹部釘姐（佘詩曼飾）作為臥底成員，因為康Sir（歐瑞偉飾）之死而變成卓Sir（苗僑偉飾）旗下的臥底，除了壹路繼續探料，還要找回另外四個康Sir刪除了臥底資料的成員。在任務過程中認識了另壹位臥底爆Seed（林峯飾），兩人互不知道大家身份，繼而成為歡喜冤家再產生情愫。
大家都跟歡喜哥混，不過原來歡喜哥也是臥底成員，只不過不是同壹個阿Sir做接頭人。大家在這場尋找臥底的遊戲裏，雖然最終都找齊人，不過最後除了釘姐和爆Seed之外，其他人連歡喜哥（假死）全部都領了盒飯。
擴展資料：
跟著第壹部做藍本的電影版，故事情節依然跟著時間軸走，不過由於卓Sir消失，所以釘姐轉投另壹個刑事情報科主管Q Sir（吳鎮宇飾），由於爆Seed沒有出現在電影中，所以釘姐和Q Sir有點兒曖昧行為。
話說釘姐收到神秘臥底用康Sir獨有的康氏密碼求援，繼而接觸到壹班跨國販毒集團成員，包括阿藍（張家輝飾）和少爺（古天樂飾），之後還驚見在電視劇中已經死掉了的歡喜哥，竟然復活了（因為其實是假死）。
於是大家又再這壹場捉臥底的遊戲中沈淪，最終阿藍原來是真臥底，也成功瓦解毒品交易，可惜最後疑似慘死。不過在電影版，陳豪會飾演黃Sir壹職，跟第二部飾演坐館Victor是沒有關系的。
於是大家又再這壹場捉臥底的遊戲中沈淪，最終阿藍原來是真臥底，也成功瓦解毒品交易，可惜最後疑似慘死。不過在電影版，陳豪會飾演黃Sir壹職，跟第二部飾演坐館Victor是沒有關系的。