《仙劍奇俠傳四》故事的起點始於黃山青鸞峰之顛，馳騁於神州大地、往來於天地之間，東臨渤海、南抵巴蜀、北至傳說中的“北極之地”、西達上古聖山昆侖仙境。
從小居住在黃山青鸞峰上、從未下山過的少年雲天河，某日遇到壹名闖上山來尋找劍仙的少女韓菱紗。兩人誤打誤撞之下闖入雲天河父母的神秘墓室，並在無意間令墓室崩塌。因為害怕父親的鬼魂前來找自己算帳，又想探查已故父母的過往，再加上對世外生活的好奇，雲天河跟隨韓菱紗下山，踏上尋覓父母過往、求仙問道之路。
機緣巧合之下，雲天河、韓菱紗結識了壽陽城的縣令千金柳夢璃，後來與昆侖瓊華派弟子慕容紫英結為好友。在上天入地的求仙之旅中，雲天河漸漸知曉了壹件陳年舊事，並由此引出了重重疑雲。
雲天青為何隱居青鸞峰，為何無故身死？墓室中為何會有壹神秘玉石？玄霄為何被冰封在禁地？瓊華派為修仙不惜壹切代價，雙劍劍柱的秘密？
隨著那掩埋在歲月風沙之下的沈重往事日漸清晰，重重謎團終將完全解開，而迷途的終點，卻又是另壹場災難與情劫。