第壹部《薄櫻鬼 新選組奇譚》 故事發生在日本動亂的幕末時期，因父親的神秘失蹤而決定女扮男裝前往京都探訪的主角雪村千鶴，因緣際會之下加入了新選組，從此和新選組展開與黑暗的戰鬥。
第二部《薄櫻鬼 碧血錄》 第壹季動畫《薄櫻鬼 第壹季》講到土方帶領新選組轉移到江戶， 因為時代變更，戰鬥的武器由傳統的武士刀變為了槍。在歷史的推動下，新選組的各位也有所變化。第二季最大的看點無疑是各個人物都“改頭換面”，穿上洋裝，剪短頭發。動畫走的是土方線是最為艱辛，最為傷感的壹條線路，因為土方作為德川幕府和武士道精神直至最後壹刻的末代武士的代表人物，不論漫畫還是史實上土方都是見證了新撰組由盛到衰的全部，其中包括了近藤勇的斬首，沖田總司的病死，還有其他戰友的戰死，可以說制作方選擇土方線進行制作是花了不少心思的。
第三部《薄櫻鬼 黎明錄》 「薄櫻鬼 黎明錄」是發生在「薄櫻鬼 新選組奇譚」之前的故事，時空背景設定於新選組與千鶴相遇前，新選組誕生時。母親因病而亡的龍之介，在失去生活的心靈支柱、漫無目標的四處仿徨時，被要上京的尊王攘夷派浪士打劫而身無分文。沒有食物又沒有錢的龍之介，就在他快餓死時，遇上了正要前往京都路上的芹澤鴨。被撿到的龍之介就在非自願的情況下與芹澤鴨壹起行動。他們的住處，也就是後來被稱為「新選組」的殺人集團根據地。雖然龍之介因為成長歷程而非常厭惡武士，但在接觸了那些為了成為武士而努力的人們、並了解他們的目標與夢想後，龍之介頑固的心也開始有了變化。他們心中向往的武士是什麽？作為自己目標的道路又在哪裏？這就是，在幕末動亂之中，壹位無名少年的故事……。（正在更新中···）
OVA為《薄櫻鬼 雪華錄》 在OVA動畫『薄櫻鬼 雪華錄』中第壹章出場的是沖田總司，這卷OVA將於2011年8月5日正式發售；第二位出場的就是居合斬達人齋藤壹，他的OVA將於8月26日發售；第三位登場的是長槍手原田左之助，他的OVA將於9月30日發售；第四位登場的是馬尾小正太藤堂平助，他的OVA將於10月28日正式發售。那麽最後壹位登場的就是在動畫本篇中的男主角土方歲三，將於11月25日發售。從夏天壹直到深秋，薄櫻鬼的五位男主角們將相繼登場，圓了各位『薄櫻鬼』粉絲們的完美結局夢！