十六年後，楊過與小龍女的約期已滿，楊過萬念俱灰，跳下斷腸崖，而小龍女因潭底白魚與玉蜂漿的解毒功效，得以存活。
楊龍二人終於重逢於絕情谷底，後楊過飛石擊斃蒙古皇帝蒙哥，將襄陽之危化解。三論華山，楊過以"西狂"之名，位列五絕，之後二人歸隱江湖，隱居於古墓。
不久長子楊思望出生，楊思望自幼天賦異稟，聰明過人，深的楊過與小龍女喜愛。
就在楊過壹家***享天倫之樂之時，忽聞蒙古鐵騎重新圍困襄陽，楊過擔心郭靖夫婦，安頓好妻兒之後，馬不停蹄趕到襄陽。
黃蓉深知襄陽城破乃遲早之日，於是與楊過***商城破後的刀劍計劃。
此時身為丐幫幫主的耶律齊，因與郭芙多年來壹直未有子嗣，唯恐耶律家族絕後，而心懷芥蒂，加之忽必烈暗中允諾，如其投降，不僅會給其父耶律楚才平反，還將長公主月烈下嫁於他，並扶持其當上武林盟主。
倚天劍與屠龍刀剛剛鍛造完畢，耶律齊策反郭靖失敗，以至投敵之事提前暴露，隨即耶律齊偷襲了郭靖，並使之受傷，然後帶領部分丐幫凈衣派弟子出城投降於忽必烈。
不久蒙元大軍開始攻城，襄陽太守呂文煥貪生怕死，與其子降元攻宋，以至郭靖夫婦與郭破虜以身殉國，屠龍刀遺失疆場，郭襄則因在川西而躲過了壹劫。
郭芙在楊過拼死保護下突出重圍，逃離襄陽，回到了古墓。郭芙因父母雙亡，丈夫背叛傷心不已，幸有小龍女的悉心安慰，及楊思望的爛漫無邪才稍稍使其心情平復壹些。
耶律齊投敵後，如願以償，父親被平反，娶公主為妻，並成功當上了武林盟主。
蒙元為了打擊江湖中武林中人的抗蒙勢力，於是委派耶律齊蠶食各大武林門派。耶律齊知道自郭靖死後，楊過已然成為中原武林的精神領袖，於是率領眾爪牙殺上終南山，攻擊古墓。
混戰中，楊過、小龍女、郭芙雖幸運脫身，可是年幼的楊思望卻不知所終，尋找數月後，三人唯恐耶律齊再次來襲，只得悻悻遠赴西域白駝山而去。
小龍女因思子心切加之鞍馬勞頓，到達白駝山不久便撒手人寰，離世而去。
郭芙心痛之余，默默地照顧著郁郁寡歡的楊過，三年後，楊過才從喪妻丟子之痛中緩了過來。
從郭芙斷楊過手臂，到耶律齊叛變，父母雙亡，再到楊過喪妻丟子，二人飽經風霜，經過了這麽多的事，世事也漸漸看淡，恩怨情仇不縈於懷，兩顆疲憊的心在相互鼓勵下，放下了以前的心結，兩人終於走到了壹起。
翌年,楊過與郭芙之子楊破天出生。楊破天自小便天資聰穎，武學天賦極高，楊過夫婦對其也是視若珍寶。
此時的西域也並非靜水壹灣，各種幫派及勢力犬牙相錯，龍蛇混雜，既有蒙古“黃金家族”察合臺汗國的統治，又有昆侖派、天山派、西域少林派大大小小數十家，還有屢被朝廷圍剿，不得不轉入地下活動，隸屬於波斯的明教。
明教32代教主衣琇偶然認識楊過後，被其獨特的人格魅力及遠見不凡的見識深深折服，於是依從楊過建議，將推翻蒙元暴政作為明教宗旨，而非為稱霸武林。
正巧，察合臺汗國王子忽勒準備率軍西進阿勒泰，衣琇帶領明教兄弟設伏將忽勒擊斃，由此，明教在西域聲名大震，中原武林也對其刮目相看，數個如天山派、西域少林的幫派紛紛歸於明教麾下。
待到楊破天弱冠之年，楊過聽聞屠龍刀流落到波斯明教總壇，於是讓楊破天遠赴波斯壹探究竟。
波斯總壇見楊破天器宇軒昂，乃人中之龍，合議後決定交出屠龍刀可以，但楊破天必須加入明教。
楊破天為能將屠龍刀取回，也就答應了明教總壇的條件，於是楊破天帶著屠龍刀與明教聖物聖火令回到了西域。
衣琇見楊破天立下如此奇功，也就將教主之位傳於於他。楊過、楊破天恐唯恐楊思望的悲劇重蹈覆轍，楊家後人被蒙古人繼續追殺，於是楊破天改名為陽頂天，陽頂天也專修了聖火令上“山中老人”霍山所篆刻的乾坤大挪移，並將白駝山改名為光明頂。
明教勢力越來越大，讓蒙元朝廷很是不安，於是令耶律齊率已投靠朝廷的全真教，圍剿勢力相對較弱的江南明教。
就在江南明教教主柳嘯天及其女柳芯茹和徒弟成昆全軍覆沒之際，陽頂天趕到。
陽頂天由於乾坤大挪移所練尚未精進，不由使出降龍十八掌，在耶律齊的驚愕之中，陽頂天壹掌將其擊中。
耶律齊當知道陽頂天為郭芙之子後，面有愧色，留言他這壹輩子做得最錯的壹件事便是背叛郭芙，隨後氣絕身亡。
此役之後，明教更是如日中天，天下武林唯明教馬首是瞻，明教也是壹呼百應。
柳嘯天見西域明教實力如此之大，於是將其中原明教並入了西域明教。當柳嘯天帶著女兒柳芯茹前去光明頂時，楊過見柳芯茹頗有七八分小龍女年輕時的模樣，心生好感，遂收其為義女。
多年未踏入中原的楊過，古稀之年在郭芙的陪同下首先去古墓重遊了故地，然後上華山準備拜祭歐陽鋒與洪七公，不想在華山之巔見到壹對青年男女，那青年男子竟和楊過年輕時長的壹模壹樣。
原來此男子便是年幼丟失的楊思望，原來楊思望當初被蒙古人擄走後，聰明的楊思望隱瞞了自己身份，被蒙古人關在大都。
機緣巧合，老頑童周伯通大鬧大都時將其救出。周伯通早已看出楊思望為楊過之子，可是其看見楊思望活潑可愛，想把他留在自己身邊，陪自己玩耍，也就壹直未對其說明身世。
不久老頑童與瑛姑之女周瑜出生，兩個小孩更是形影不離，老頑童更是唯恐楊思望得知自己身世後，離開周瑜，怕周瑜傷心，加之瑛姑也不同意，也就將其身份隱藏下來。
楊思望與周瑜兩小無猜，成年後便結為夫婦。周伯通更是不敢言語楊思望身世，怕其惱怒之下，痛恨自己，壹氣之下離開周瑜。周伯通臨終時，只是留言華山曾有其故人罹難於此，希望其有空去拜祭，不想遇到楊過。
楊過本鞍馬勞倦，體力消殆壹空，如今孩子又失而復得，以至喜極而泣，終於在睡夢中平靜地離開了人世,壹代神雕大俠就此隕落。
眾人將楊過遺體運回西域，與小龍女的遺體壹起安放於光明頂密道。郭芙在臨別之際，於華山立下劍冢，將楊過曾經用過的獨孤九劍家譜埋於其中，並將這裏起名“思過崖”。
因陽頂天繼承了楊過對世俗不放在眼裏狂傲不羈的性格，竟然喜歡上了自己的義妹柳芯茹，而柳芯茹又貪圖陽頂天的權勢，拋棄了青梅竹馬的師兄成昆，如此有失倫常之事，被成昆加以利用，傳播於江湖各門派之中，自此明教與六大門派有了芥蒂。
楊思望得知自己身世後，於是與周瑜退出江湖，歸隱於古墓，其後人黃衫女楊瑤琴壹直也在暗中幫助明教。
朱元璋竊取明教教主並建立明朝後，深知明教對明朝的威脅巨大，於是開始全面封殺，明教中壹部分人歸順了大明，壹部分不願歸順之人，由於群龍無首而流落至江湖。
其中壹位任姓青年才俊帶領這些明教散落之人，歷經千險，從西域輾轉到川西，又從川西流浪至中原，終於在河北定州西北猩猩灘謀得了壹落腳之地。
由於楊瑤琴和明教有著千絲萬縷的聯系，始終在暗中幫助，在不斷地幫助過程中，楊瑤琴漸漸與這位任姓青年才俊產生了感情，在把明教改為日月神教之後，兩人也結成了夫婦，後生下壹子，取名曰：任我行。