截止目前，名偵探柯南的主線劇情已放映至第1137集，部分經典劇集目錄為：
1、第1集雲霄飛車殺人事件（黑衣組織—琴酒、伏特加出場，工藤新壹喝下APTX4869變小。大幕拉開，柯南登場）；
2、第2集董事長千金誘拐事件（阿笠博士知道其身份，工藤新壹化名為江戶川柯南）；
3、第13集奇怪的尋親殺人事件（宮野明美初登場）；
4、第43集江戶川柯南誘拐事件（父母知道變小）；
5、第48集外交官殺人事件（上集）；
6、第49集外交官殺人事件（下集）（服部平次登場，工藤新壹第壹次恢復）；
7、第54集電玩公司殺人事件（龍舌蘭出現，被炸死）；
8、第57集福爾摩斯迷殺人事件（上集）；
9、第58集福爾摩斯迷殺人事件（下集）（平次知道身份）；
10、第128集黑暗組織10億搶劫事件（宮野明美死亡，黑衣組織浮出水面）。
劇情簡介
高中生偵探工藤新壹和青梅竹馬的同學毛利蘭壹同去遊樂園玩的時候，目擊了黑衣男子的可疑交易現場。只顧偷看交易的工藤新壹，卻忽略了從背後接近的另壹名同夥。他被那名男子灌下了毒藥，當他醒來時，身體居然縮小了！
如果讓那些家夥知道工藤新壹還活著的話，不僅性命難保，還會危及身邊的人。在阿笠博士的建議下他決定隱瞞身份，在被小蘭問及名字時，化名江戶川柯南，為了搜集那些家夥的情報，寄住在父親以偵探為業的小蘭家中。
謎團重重的黑衣組織……他所了解的，就只有他們是以酒的名稱作為代號的。為了揭露那些家夥的真面目，小小偵探江戶川柯南開始大顯身手！