嘉靖45年世宗皇帝迷信道教，講究長生之術，不理朝綱，以死上疏，條奏《直言天下第壹事疏》，觸怒皇帝，被罷官入獄。世宗皇帝死，穆宗即位，恢復海瑞原職，改任兵部武庫司主事。隆慶元年調尚寶司任司丞，後升審讞平反冤獄的大理寺寺丞、南京有通政。隆慶3年升金部禦史巡按應天。此期間，他黜貪墨、搏豪強、整治宿弊，使權豪勢宦斂手屏息，同時也觸怒權貴，遭到打擊。隆慶四年因抑制豪強，被劾離職，返回原籍。
萬歷12年（1584）朝廷又召回起用，任通政司左通政，萬歷13年任南京右金都禦史，未到任就改任南京吏部右侍郎，後升南京都禦史。萬歷15年（1587）因病而死。