先是《水都的守護神》的傳說，從圖書館的小偷開始。世界排名第壹的小偷組合：桑蘭和莉奧打算偷盜水都的心之水滴。
水都，小精靈水上沖浪比賽。小智技術不夠，掉進了水中。拉帝亞斯想幫小智贏得比賽，咬住小智的繩子向前飛快奔去。在快接近終點時，拉帝歐斯讓他們走錯方向，又壹次使小智落入水中。最後小霞以微弱差距贏得比賽。
亞軍載小智等人遊覽水都，並講述這個城市的美麗傳說。
發現怪盜的火箭隊，決定先於她們壹步，成為新的小偷NO.1。
怪盜組合追捕變成人形卡儂的拉迪亞斯，小智救了拉迪亞斯。拉迪亞斯又幫助小智回到夥伴們的身邊，然後跑得無影無蹤。
小智等人參觀博物館，看到真正的卡儂。小智上前搭話，被罵。小智壹路追趕卡儂，又遇到了變成人形卡儂的拉迪亞斯，被帶入神秘花園。
博物館的爺爺化解了小智與卡儂誤會，與拉帝歐斯與拉帝亞斯玩了壹陣子，了解了心之結晶寶石的美麗傳說，回去與小霞、小剛匯合。
怪盜姊妹花行動開始！拉帝歐斯為了救拉帝亞斯被抓住，心之水滴也被搶走。拉帝亞斯變成人形跑去找小智求援，在小霞、小剛面前現出真實面目。
火箭隊依然肩負起跑龍套的重任…… 怪盜姊妹花其中壹人利用拉帝歐斯與心之水滴的力量開始發飆。
小霞、小剛被突然出現的鐵柵欄困住，小智與拉迪亞斯勇往直前，擺脫復活的化石神奇寶貝的追殺，終於救出拉帝歐斯，但此時心之水滴借由古代機器發動的巨大潮水即將摧毀城市…… 已是奄奄壹息的拉帝歐斯為了保護水都和妹妹而犧牲。
第二天清晨小智等人將心之水滴放回原位。
最後，碼頭邊，拉帝亞斯（官方解釋）送給小智壹幅畫，在小智臉旁壹吻告別…… 當然還有，怪盜姊妹花在牢中繼續研究著她們未來的小偷事業，武藏小次郎則繼續著他們未來的跑龍套事業……