小千是天才神童的消息給傳了開去，引來傳媒追訪，小千給嚇得想盡辦法躲避。但小千忽然想起可以藉此機會找尋媽媽，決定接受訪問。可是小千又不說出自己的身世，只能說出自己兒時最愛說的話，希望媽媽能看到。水靈從電視上看到小千，腦裏竟如電光般閃過壹些模糊影像，讓她感到頭痛欲裂。 水靈想把土靈變作小千的母親來哄騙小千，把她帶回巫神宮，可是土靈的表現讓水靈氣結，水靈決定由自己變作小千的母親。小千壹時間以為母親真的回來找她，正要跟她離去之際，小藍、美琪、美雪等趕至，把小千搶回，水靈給擊退，小千萬分失望。 各同學知道小千尋母的事，決定發起全班同學為小千張貼尋人海報，上互聯網找尋，讓小千非常感動，小藍亦因此而收集了足夠的關愛能量，把藍色的心石亮了起來。
第廿九集：真假小藍
巫神開始失去耐性，責難水靈等未能阻止心石收集正能量，催促水靈要歇力阻止。 小藍又把家中的零食吃光了，小藍相約美琪等放學後到商場買零食，水靈跟縱小藍而至。美琪、美雪等發現小藍舉止有異，最後竟發現出現真假小藍，最後美琪、美雪憑蛛絲馬跡試出誰是真的小藍，原來假小藍是水靈假扮的。被識破了的水靈現身與大家對決，大家終以智慧擊破水靈的陣法。小藍亦收集了足夠的智慧能量，黃色的心石亮了起來。
第三十集：邪惡之氣
水靈再次失敗，受巫神責難，水靈決定要重拳出擊。 班上正要舉行籃球比賽，小圓出任隊長，美琪也有份兒參加，遊樂積極訓練她們，大家鬥誌高昻，小藍更為她們打氣。但水靈暗中把邪惡之氣籠罩學校，把各人的正能量吸去，令大家都變得灰心沮喪，水靈要小藍以彩虹寶盒交換，否則把同學們的正能量全毀滅，終於小藍、美琪、美雪等眾人聯手以正義能量把邪惡之氣驅走，釋放了大家的正能量，同學們回復正常，更贏得了比賽。小藍亦因此而收集了足夠的正義能量，讓橙色的心石亮起來
第三十壹集：沒太陽的世界
魔仙堡情況變得更壞，天氣愈來愈冷，而且下沈的情況更甚，大家開始擔心起來，女王仍然希望魔仙堡可以挺得過去。巫神大怒之下，決定親自出馬，對付魔仙們，誓要把彩虹寶盒毀滅。 美琪、美雪等來到沙灘上遊玩，太陽熾熱的掛在天上。巫神忽然令風雲變色，整個大地變得灰暗，太陽被黑雲所掩蓋，魔仙們大驚之下，驚覺巫神跟使者們降臨眼前，巫神威脅魔仙們交出彩虹寶盒，且要勸魔仙女王早日交出權力，否則人類世界將遭受前所未有的大災難，巫神向她們展示未來人類世界的慘況，魔仙們看得心痛不已，結果各人把憐憫之心化作對抗敵人的動力，小千亦利用彩虹筆記上的咒語，跟美琪、美雪壹起把黑雲驅散，巫神憤怒之余，暫且被擊退，彩虹寶盒亦收集了足夠的憐憫正能量，綠色彩虹心石亮了起來，連同這壹顆，已有五顆彩虹心石先後亮起。忽然巫神重回，想把彩虹寶盒奪去，魔仙們極力保衛，最後彩虹寶盒竟遭到破壞，心石所收集的能量全消失，本來已亮起的心石亦失去光芒，各人大驚。
第三十二集：心石再亮起
彩虹寶盒能量消失了，魔仙們不禁焦急落淚，趕忙要雪菲菲通知女王，事實上女王亦已知道，無奈之下，只好安慰各人，唯有繼續努力。 小藍很內疚沒好好保護彩虹寶盒，對自己的魔法完全失去信心，多次失靈。美琪、美雪、小千、遊樂想辦法要讓小藍重拾信心。美琪、美雪假裝小千被巫神使者推下了山坡，要小藍救助，但小藍心感奇怪，識破了大家的計謀，怎料忽然火靈、土靈真的出現，把小千困住，小藍沖破心理障礙，終合力把小千救回，小藍終於明白首先要原諒自己，才能盡力挽救魔仙堡。詩詩忽然想起彩虹寶盒其實另有玄機，大家終在彩虹筆記中查出端倪，原來彩虹寶盒的能量不是消失了，只是啟動了自我保護能力，只要擁有咒語就能把寶石能量重新啟動。小千在彩虹筆記上念出了咒語，彩虹心石的光芒重新亮起，連代表寛恕的紫色心石也亮了起來，是大家對小藍的寛恕讓心石收集了足夠的正能量。
第三十三集：小千遇上危險
青色的彩虹心石還是毫無反應，魔仙們對此十分不解。對彩虹寶盒中央的魔法球也無法得知其作用。 巫神對心石恢復能量十分不忿，命水靈要把小千抓回去。水靈在學校中假意相約小千溫習功課，小千作為水靈的守護天使，很樂意關心水靈。但其實水靈是要把小千抓口魔仙堡，美琪、美雪尾隨小千，發現水靈原來就是巫神使者。各人變身對抗，可惜最後小千仍被水靈擄去。各人大驚之際，決定回魔仙堡請求女王幫助。
第三十四集：水靈真正身份
巫神宮內，小千被巫神囚禁，竭力掙紮著，模糊中呼叫著媽媽，水靈隨著小千的叫聲，頭上又莫明地像被電擊壹般劇痛。 魔仙們決定乘彩虹鳥回魔仙堡，怎料女王並不在魔仙堡，眾人焦急萬分。原來女王已趕赴巫神宮營救小千，巫神以小千要脅女王交出權力，魔仙堡只剩下極短時候，時限壹到便會下沈到湖底。 回到人類世界的魔仙們心急如焚，決定壹起到巫神宮協助女王。眾人闖進巫神宮之時，女王跟巫神交手，巫神變成了壹條魔蛇跟女王對旅，女王想搶回小千之際，給水靈阻止，女王跟水靈對峙，女王終說出二人的恩怨。原來水靈就是小千的母親魔仙若琳，當日因不滿女王坐上了王位而憤然離開魔仙堡。巫神指是若琳甘願讓他洗去壹切記憶，如今已再記不起壹切。小千跟魔仙們都萬分驚愕。女王把小千搶回，各人暫時退回魔仙堡。
第三十五集：沈沒中的魔仙堡
魔仙堡的時間在倒數，彩虹之花的能量幾乎盡失，堡壘壹直向下沈，女王再次希望大家徹退，可是精靈跟魔仙們都不願離開。女王要美琪、美雪、小千等帶著彩虹寶盒撤離，因為那是魔仙堡的唯壹希望，美琪、美雪遂跟小藍、小千無奈離開。遊樂自願留在魔仙堡，跟小藍很是不舍。 巫神宮中的水靈想起女王的話，很是迷惑，巫神恐水靈回復記憶，壹方面要水靈把小千抓回以示忠心，壹方面想著要把她殺掉。 回到人類世界的美琪、美雪為仍未收集足夠能量的彩虹寶盒心急如焚，水靈出現要抓住小千，面對小千，水靈卻有奇怪的感覺，正想把魔仙們放走，巫神突然出現要把水靈及小千殺害，女王及時趕至，巫神變成魔蛇，遭巫神所傷的水靈在腦內重組記憶，最後水靈為保護小千而慘遭巫神所殺，小千悲傷不已。此時，彩虹寶盒內代表無私的青色心石竟亮了起來，大家驚喜之余，巫神竟大笑並作最後通諜，但女王堅拒交出彩虹寶盒，巫神說壹切已經太遲，然後忽地離去。女王心知不妙。立即趕回魔仙堡。
第三十六集：魔仙堡的重生
彩虹之花的能量已用盡，女王的能量亦已無法再支撐。魔仙堡已下沈到湖底。 女王立即趕回魔仙堡，眾人尾隨趕至，但回去之後赫然驚見魔仙堡已下沈，美琪、美雪拿著彩虹寶盒傷心得流下眼淚來。此時，詩詩竟忽然記起彩虹寶盒中央的魔法球原來是時間之球。此時巫神再度出現，各人聯手對付，小千從彩虹筆記找出了七顆彩虹心石的結合力量，終於合力把巫神打敗。 小千也從彩虹筆記中找出了啟動咒語，忽然間天地變色，時間給倒流，大家按策劃準備讓本已發生的事情重來，最後魔仙堡竟從湖水中升回來。各人立即拿著彩虹寶盒進入秘密花園，讓彩虹之花恢復能量，彩虹再現，魔仙若琳亦得到了重生，巫神被滅，魔仙堡又回復平靜