《君九齡》分集劇情介紹：
第1集
誌宗皇帝駕崩，九齡公主奉旨下嫁武德司統領陸雲旗。大婚當天，九齡殿前怒斥新帝楚讓弒兄奪位，意欲刺殺，失敗後被押入大牢。副統領金十八竊聽楚讓密詔並告知陸雲旗，二人率部下連夜前往大牢，豈料為時已晚。
據聞九齡公主縱火自焚，葬身於火海，殊不知在此之前，神醫君應文劫獄救徒，其女君蓁蓁為瞞過眾人，毅然決然以身赴死。九齡醒來，發現自己音容全改，同時也從師父口中得知了君蓁蓁代她赴死的噩耗。
第2集
鎮守戍邊多年的成國公世子朱瓚攜義弟張寶塘奉旨回京，途中意外得知九齡公主自焚身亡。朱瓚悲痛欲絕，張寶塘卻認為此事尚有疑點。朱瓚為探究事情真相，轉道趕往澤州。楚讓懷疑朱瓚畏罪潛逃，遂命武德司捉拿。
楚讓為了拉攏陸雲旗，故意在他面前提及九黎公主，陸雲旗則主動請旨迎娶九黎。朱瓚隱藏身份上門求見君蓁蓁，可當九齡出門相迎，卻不見朱瓚身影。原來是朱瓚為躲避武德司藏了起來，導致兩人擦肩而過。
第3集
九齡表弟，方家唯壹嫡子方承宇從小體質孱弱，據說活不過十六。九齡為其診治，發現方承宇體內頑疾疑似中毒導致。怎料方曹氏對此結果毫不驚訝，反而默認這種下毒行為。原來方承宇早年得了不治之癥，需要服用毒方才能續命，時至今日已有十年。
九齡認為方承宇的疾病絕非難以治愈，懷疑是有人惡意誤導，實則想要殘害方家男丁,想要查驗當年的毒方，方曹氏見九齡神色認真，選擇了相信她所說的話，命人取來毒方。
第4集
方承宇的病情有所好轉，方曹氏甚是欣慰。九齡發現德盛昌內有人私吞款銀，欲清點舊賬。為避免打草驚蛇，九齡建議兩位姐姐以盤賬為由，收繳德盛昌各個分行的賬本，秘密調查幕後之人。
九齡看到蘇姨娘拎著食盒去找方承宇，感到奇怪，於是便向方曹氏詳細匯報。方曹氏深知人心叵測，答應會派心腹盯著對方的動向。九齡懇請方曹氏為她和方承宇指婚，對外宣布成親沖喜，如此便可掩人耳目，好幫助方承宇沐浴排毒。
第5集
九齡上元節賞花燈，卻被街上棋局所吸引。寧雲釗看到同伴陷入困局，忍不住出言提醒。九齡見獵心喜，也指點起了另外壹人。二人不約而同地點了幾招，竟是極為默契。於是寧雲釗邀請九齡移步旁邊，展開了壹場無需實物的盲棋對弈。
二人語言來往數百句，勝負未分，遂終止對弈。九齡得知眼前男子正是寧雲釗，萬般滋味湧上心頭，尤其想到他與君蓁蓁的婚約，於是便將花燈親手贈送，算是代替君蓁蓁慶祝寧雲釗的生辰。
第6集
蘇姨娘與宋運平合謀策劃，擔心九齡懷上方家的子嗣，欲取九齡性命。方曹氏派去的眼線傳來消息，證實蘇姨娘包藏禍心。朱瓚得知陸雲旗將要迎娶楚九黎，不禁怒從心起，遂吩咐張寶塘在懷王府附近加派人手，務必保證楚九黎姐弟安全。
九齡和柳兒乘馬車出城，豈料走到半路，駑馬忽然受驚壹路向前狂奔。危急時刻，朱瓚施展輕功狂奔而來，將九齡護在懷裏，成功避開危險。九齡感激朱瓚救命之恩，於是拿出瘡藥送給他。
第7集
九齡以壹招“天女散花”，將所有箭羽都投進壺中，不僅看呆了在場眾人，也讓朱瓚為之震驚。寧雲燕暗中設計，收買小廝送茶欲向九齡下藥，結果被九齡識破，陰差陽錯反而害了林瑾兒。
九齡當場拆穿寧雲燕設計陷害的事情，眾人紛紛譴責寧雲燕惡毒。宋運平派殺手潛伏人群中，伺機刺殺九齡，朱瓚及時出手救下九齡，還被殺手所傷。朱瓚正要向九齡詢問天女散花之事，不料武德司突然出現，朱瓚只好和張寶塘匆匆離開。?
第8集
拜堂結束之後，九齡開始幫方承宇準備藥浴。方承宇強忍藥浴痛苦最終陷入昏迷，九齡將他扶上床榻然後施針。朱瓚在旁邊全程目睹，敬佩九齡醫術高超，並且因為她和方承宇假結婚而開心。
朱瓚向九齡提及太炎三年北祁背信棄義之事，猜測有人將贖金藏了起來，或許方家也會牽涉其中。朱瓚讓九齡幫忙調查印鑒，他則找出暗害方家之人，同時答應保密病情。九齡欣然答應，但要讓朱瓚承諾，無論結果如何都要放過方家。
第9集
九齡順著藤條來到懸崖下面采藥，結果藤條崩裂斷開，幸虧朱瓚及時出現抓住了藤條，這才將九齡救了上來。朱瓚見九齡腳傷行動不便，於是背著她往回走。宋運平派手下追查方承宇，結果卻壹無所獲，手下猜測方承宇早已離城。
方錦繡想起曾見芍藥收拾方承宇的衣服，偷摸往東而去，便將此事告知蘇姨娘。蘇姨娘佯裝並不在意此事，直至方錦繡離開,才讓木槿快去通報宋運平,卻不知這壹幕全都被方曹氏和劉氏看在眼裏。
第10集
宋運平不知蘇姨娘遇害，召集人手包圍城東老宅，欲放火燒院。方曹氏率親眷趕至，將宋運平等人包圍。面對方老太太的質問,宋運平毫不悔改，並當場承認對方承宇下毒之事。隨後縣令李長宏率衙役趕到，將宋運平逮捕入獄。
九齡收到澤州來信，得知宋運平入獄，遂通知大家啟程返回澤州。隊伍行至半路突然出現劫匪，眾人合力殺退劫匪。朱瓚手臂受傷，九齡親自為他包紮。方承宇感激朱瓚，邀他同坐馬車，被朱瓚婉拒。
第11集
九齡無意間看到袁寶身影，偷偷跟了上去。朱瓚擔心九齡安危，於是也尾隨其後。三人前後腳進入驛站，九齡躲在門邊偷聽房間談話，繼而得知袁寶來澤州的真正計劃，是要對方家斬草除根。
方承宇帶著禮物前去探望姐姐，方錦繡發現小弟恢復正常心生喜悅，決定離開方家重新開始生活。方錦繡重新振作，方家人都很欣慰。柳兒匆忙跑來方家，聲稱自家小姐失蹤，至今未歸。眾人聞言大驚，立馬通知高管事先去衙門報官。
第12集
由於方家對外公開皇商身份，袁寶無法再找機會下手，只好回，京稟明楚讓。朱瓚去方家找九齡，卻得知她已離開，臨走時留下壹封書信。信中詳細寫明當年之事，同時又表明了希望朱瓚放過方家的意思。
陳七在街邊遇到方錦繡，於是便上前搭話，可惜方錦繡全程冷臉相對。楚讓因袁寶辦事不力，大為震怒,卻又因為方家的計謀，不好繼續下手。九齡思念長姐和弟弟來到懷王府，卻無意間聽到武德司集結眾人抓捕世子朱瓚。
第13集
朱瓚事先已準備好說辭，面對楚讓的盤問，他堅稱自己是為了處理京郊流寇，所以才會抗旨離京。盡管這番話說得滴水不.漏，可楚讓還是心生懷疑，於是決定三司會審朱瓚。九齡找好鋪面，準備在京城重建九齡堂。
寧雲釗得知後，連夜前來尋找九齡，勸她不宜太過張揚。雖然寧雲釗良言相勸，可九齡心意已決，在陸雲旗迎娶九黎大婚當天，九齡醫館隆重開張。朱瓚恢復了自由身，恰巧發現九齡躲在角落裏目送大公主出嫁。
第14集
九齡借酒消愁，遇到了朱瓚與其兄弟三人。朱瓚等人陪著九齡開懷暢飲，幫她緩解內心苦悶。方承宇收到柳掌櫃的告狀信，得知了九齡在京城所做之事，本想著替她隱瞞，奈何方曹氏直接將信奪去。
九齡以鈴醫身份在城內轉悠，故意在幾名達官府前徘徊，結果遇到了京兆尹周家的周夫人。九齡通過面色觀察，提醒對方小心兇兆，結果被當成騙子轟走。周夫人得知九齡與王曹氏之間的事情，心中生疑，於是找九齡過府斷診。
第15集
方玉繡替九齡轉達信函，邀請方錦繡前往九齡堂。方錦繡決定動身應約，陳七擔心她的安危，壹路相伴而行。定遠侯府林夫人得病已久，太醫江友樹束手無策，於是派人去請九齡出診。九齡醫術高超，僅僅三天時間便讓林夫人的病情大有起色，名聲傳遍整個京城。
原本定下江友樹出診的朝臣,紛紛去找九齡看病，張太醫和周太醫打算趁機懲治九齡。九齡偶然聽聞九榕發病無人照料,於是懇請朱瓚幫忙尋找太醫為九榕治病。
第16集
黃媽媽來勢洶洶，強逼九齡過府為三娘子診斷。九齡不願招惹是非，只好答應出診。九齡正在替三娘子診脈，陸雲旗突然到訪，讓三娘子不停喚他名字，並反復糾正她的語氣。九齡發現三娘子的聲音像極了過去的自己，瞬間意識到陸雲旗是把此人當成了九齡公主的影子。
陸雲旗對九齡堂早有耳聞，他直接吩咐三娘子拿出壹萬診金，要求九齡改個名字，甚至還得更換九齡堂的招牌，根本不容她反駁，九齡只好收下診金離開。
第17集
九齡阻止砸匾惹怒了陸雲旗，陸雲旗正要拔刀相向，朱瓚突然出現。二人打了起來，陸雲旗趁朱瓚分神之際，壹腳將匾踹翻。九齡不顧性命之憂，直接沖上前擋住牌匾，被朱瓚及時救下。
九齡見武德司人多勢眾，於是請陸雲旗私下入堂相談，陸雲旗被九齡的字跡驚走。九齡收到方承宇來襲，得知懷王病情棘手，太醫唯恐被楚讓遷怒，都在變賣家產準備逃跑。陸雲旗對比後確認字跡無誤，頓時對九齡的真實身份產生了懷疑。
第18集
陸雲旗故意試探九黎，並將醫館和九齡的名字告知於她。九黎旁敲側擊地打探九齡身份，陸雲旗站在門外窺探，發現九齡在面對懷王時，總會流露出悲傷神色，但又不能當面表現，而是轉過頭默默流淚。
懷王性子孤僻，他見大姐離開，便以休息為由將九齡打發走。九齡忍淚出門，躲到角落裏痛哭，祈求弟弟能盡快好起來。九黎做好面片湯，九齡擔心有人下毒，遂以藥性相沖為由，認真檢查每壹盤菜肴，確認無誤方可食用。
第19集
有對母女生了痘瘡尋醫無路，前來九齡堂求助。九齡吩咐方錦繡收拾醫館後房，安排兩人入住，並讓陳七準備好祛毒湯。大批痘瘡患者湧入京城，楚讓召集百官商議。
寧叔父建議太醫署盡快尋找場所，妥善安置患民，但江友樹卻以各種理由推辭,並將痘瘡病人推給九齡堂。恰巧此時，朱瓚受九齡委托進宮面聖，力薦九齡堂治療痘瘡。滿朝文武紛紛附議，楚讓順勢頒下旨意，命令九齡堂以壹個月為限，尋找治愈痘瘡的方法。
第20集
朱瓚為了能進入青山別院，去找寧雲釗幫忙，讓其叔父諫言皇上派遣親王及皇子駐守別院，彰顯皇家重視，振奮民心，慰告醫患。然而痘瘡之毒兇猛萬分，楚讓不願讓皇嗣以身涉險，所以他順應黃大人建議，委派朱瓚將功補過。
朱瓚計謀成功，寧雲釗叮囑他務必照顧好九齡。別院之內患民眾多，九齡和大夫們忙得不可開交。陸雲旗得知懷王所患之病並非老鼠瘡，前來質問九齡。朱瓚突然出現，並拿出聖旨要求陸雲旗離開。
第21集
青山別院遲遲未有消息，陸雲旗奉命下達最後通牒，責令九齡七日內找出治痘方法。九齡決定要以身試痘，結果朱瓚毛遂自薦，讓九齡在他身上種痘。九齡果斷拒絕，正當二人為此僵持不下，陸雲旗押著壹名犯事兒的手下過來，要讓九齡用他試藥。
九齡不想強人所難，陸雲旗便命人將其殺害。最終九齡別無他法，唯有含淚在朱瓚身上種痘。隨著期限臨近，楚讓以增援為由，派兵進駐青山別院，實則是監督陸雲旗放火燒院。
第22集
陸雲旗率人前去捉拿朱瓚，不料朱瓚突然歸來，用聖旨駁回陸雲旗，並從死囚裏領回周家世孫，證明他們如若種痘成功，可免死刑。九齡治痘成功，患民們徹底痊愈，九齡堂也因此而揚名天下。楚讓宣詔九齡進宮領賞，九齡叫馮大夫與她壹起去面.聖。
江友樹想奪了種痘的法子，九齡出言反對，舉薦馮大夫負責知痘的考核與推廣。楚讓恩準了九齡的提議，九齡為了避免楚讓生疑，故意表現的好大喜功，懇請楚讓賜給她封號。
第23集
九齡替懷王種痘，九黎為證實內心猜測，旁敲側擊地打探九齡的情況。九齡怕自己壓抑不住情感，於是找借口離開。陸雲旗提議將九齡留在府上，便於照顧九榕，九黎欣然答應。九齡無法推辭，只好留了下來。
陸府以納妾名義向九齡堂下聘，九齡吩咐陳七攜手諭前往陸家，當眾退回聘禮。朱瓚帶著賢王體會百姓疾苦，張寶塘匆忙跑來，告知他陸雲旗納妾之事。朱瓚聞言驚怒，氣勢洶洶地來到九齡堂，要為九齡出頭砸聘禮。
第24集
九齡得知懷王高燒不退，急忙前去診治。結果卻發現只是陸雲旗的計謀，就是為了騙她過府。九齡到後院來看懷王，卻被懷王責怪破壞姐姐姐夫感情。九齡再也無法壓抑自己的情感，壹把將九榕摟入懷中，結果差點被九榕認出。
陸雲旗再次下聘，朱瓚前去找他算賬，不僅將聘禮踹翻，還和陸雲旗在武德司門外打了起來，引起了百姓圍觀。面對陸雲旗的質問，朱瓚壹時語塞，寧雲釗替朱瓚解圍，當眾公開了他與九齡的婚約。
第25集
寧雲釗高中狀元騎馬遊街，百姓夾道歡迎，九齡也前來捧場。朱瓚誤以為她是要當定了狀元夫人，心中吃醋。陸雲旗對九齡的執念有增無減，甚至產生了得不到便要毀掉的想法，並以各種罪由將九齡看診過的官員抓走。
萬家遺孤扮做賣花女，刺殺黃丞相之子黃子清，壹刀刺進對方胸膛。陸雲旗與黃丞相等人陸續趕來，太醫們見傷勢太重不願施以援手，卻將爛攤子推給九齡堂。黃丞相顧不得周圍人在場，當即跪求九齡相救。
第26集
九齡懇請賢王保住朱瓚性命，在征得賢王允諾後，又去找陸雲旗談判，表示如果他能放過朱瓚，自己定會遠離京城。陸雲旗接受了這場交易，同時答應讓她去詔獄為朱瓚療傷。朱瓚受傷過重，僅憑壹口氣苦撐至今。
九齡心痛不已，壹邊流淚壹邊上藥，叮囑朱瓚要活下去。賢王編了個借口替朱瓚求情，然而卻被楚讓拒絕。陸雲旗挾怨報復，暗地裏吩咐鬼手對朱瓚各種折磨。九齡跟大家說明離京之事，將醫館交給方錦繡打理。
第27集
九齡順利回到澤州，在驛站裏見到方承宇，兩人許久未見欣喜不已。李三冰和張寶塘根據黃丞相的日常行蹤，發現幕後之人竟是壹介普通書生張思明，遂前往司牧監將此事告知朱瓚。朱瓚意識到不妙，立馬讓張寶塘去信成國公，提醒他切記小心。
寧雲釗主動去找九齡，方承宇想起當初兩家婚約之事，欲替九齡抱打不平，處處針對寧雲釗。九齡收到方錦繡來信，得知河北西路的痘苗出現問題，決定親自前往解決種痘之事。
第28集
朱瓚深知北地形勢危急，懇請楚讓允他隨父出征，遭楚讓斥責。陸雲旗派金十八跟著九齡，準備等她解決完痘苗之事，再將她帶回京城。方錦繡收到九齡來信，得知有些大夫利欲熏心，使用了假痘苗這才導致死人。朱瓚得知九齡蹤跡消失，十分擔心。
九黎生病，太醫診治，索性沒有大礙，陸雲旗這才放心。暗探潛入丞相府商談對策,黃丞相要北祁發兵北伐，取成國公父子性命。北祁君主應了黃丞相的訴求，正式下令宣戰。
第29集
九齡和郁夫人同乘馬車，主動向對方亮明身份。隊伍所行之處，都會稍作停留，九齡為難民施粥，郁夫人對她的喜愛與日俱增，金十八看在眼裏，心境逐漸有所變化。朱瓚與李三冰、張寶塘等人，僅調遣壹小隊傳令兵，就成功驅逐北祁兵，守住了開德府。
黃丞相建議楚讓與北祁和談，怎料北祁使者貪得無厭，居然要求兩國開放戶市，歸還三郡。寧叔父聞悉大怒，叱罵北祁無恥行徑，但楚讓卻心生忌憚，答應了對方的條件。
第30集
楚讓下令北地駐軍火速撤離，否則以謀逆論處。九齡為了給百姓爭取時間撤離，決定改變路線繼續北上。成國公受困易州，郁夫人遲遲不見九齡，便知她是孤身前去救人。朱瓚護送保州百姓撤離後，便與李三冰和張寶塘趕往易州，他們已做好了赴死準備。
為了幫助成國公沖出重圍，九齡讓雷師傅等人尋找幾名心腹潛入軍營，以此制造爆發痘疫的假象，從而擾亂軍心。北祁軍大亂，成國公瞅準時機，率領部眾成功突圍易州。
第31集
成國公即將進京，黃丞相邀大臣們過府商議，且在吏部的提議下，由朱家軍的名頭宣告征捐引起民憤，同時派殺手半路伏擊，破壞九齡的計劃。朱瓚以壹己之力護住九齡，傷勢並無大礙，反倒是京城傳來的密函令他憂心忡忡。
黃丞相諫言楚讓欲懲罰成國公，寧雲釗替成國公辯解。成國公大軍歸來，三皇子代表楚讓前來迎接，有奸人冒充百姓故意挑起爭端，當眾指責成國公以戰生財，引來愚昧百姓朝隊伍投擲菜葉發泄憤恨。
第32集
楚讓派人傳來口諭放行，三皇子命人打開城門。成國公率部隊入城，城內百姓夾道迎接，場面極其壯大。朱瓚向賢王道謝，感激其出手相助。陸雲旗命人捉拿九齡，朱瓚及時現身，不僅出面阻攔武德司，更是當眾宣布君九齡已成為世子夫人。
朱瓚和九齡在大庭廣眾之下秀恩愛，左壹句夫人右壹句夫君，氣得陸雲旗咬牙切齒。成國公化被動為主動，主動進宮向楚讓請罪，最終令楚讓不得不赦免其罪，就連黃丞相也無話可說。
第33集
陸雲旗和黃丞相談成合作，再次前往九齡堂。朱瓚見陸雲旗出現大怒，誤以為他要對九齡不利。九齡及時現身阻止，毫不猶豫地下令趕走陸雲旗。黃丞相以邪祟為由，提議將楚九裕送去皇陵，其實是為了對付成國公。
結果卻被成國公輕松化解，黃丞相也楚讓壹番斥責。楚讓將陸雲旗叫來問責，意外得知九齡耗費巨大人力物資，導致德勝昌幾乎虧空。了解到此事來龍去脈，楚讓決意鏟除九齡，同時下令宣召方承宇進京面聖。
第34集
方承宇抵達京城，朱瓚陪同九齡前去迎接。九齡陪方承宇奉詔入宮，按照事先商榷之計策，主動將手諭歸還給楚讓，並向楚讓討了壹幅墨寶。九齡和方承宇出宮路上被陸雲旗攔下，朱瓚及時出現解圍。九齡擔心方家安危，催促方承宇盡快返回澤州。
當晚眾人在院中擺桌上宴,為方承宇送行。方承宇想在臨走前跟方錦繡話別，姐弟二人和好如初。結果沒過多久，驛站傳來噩耗，據說方承宇所住房間不慎走水，最終死於大火。
第35集
方家遭逢巨變，友人皆來吊唁，九齡匆匆趕回。方曹氏當眾掌摑九齡，斥責她連累方家。高管家見狀只得先請外人離開，待大門禁閉後，九齡這才道出實情。原來外界所傳方承宇喪生火海，實則是九齡散播的謠言，真正的方承宇實則安然無恙。
眾人得知真相後，終是落下心頭大石。方曹氏意識到若想徹底保住方家掣肘楚讓，唯有公開那批銀子。九齡在方曹氏的帶領下，通過臥房進入密室，發現了那壹-箱箱重新熔鑄的官銀。
第36集
黃丞相彈劾成國公，眾大臣紛紛附議，成國公見狀遂主動請辭。九齡得知後，來找成國公商量。成國公夫婦收拾行李準備返回北地，九齡擔心他們的安慰，讓朱瓚護送。宮裏派人請九齡為皇後斷診，九齡進宮遇到寧雲釗，兩人故作疏遠。
黃丞相狀告成國公謀逆，並呈上官兵的奏折和成國公私通北祁的信件。眾大臣在黃丞相的指使下，紛紛請旨楚讓下令捉拿成國公。寧雲釗擔心九齡受到牽連，殊不知九齡已被陸雲旗迷暈帶走。