新Outer Heaven蜂起事件結束後，無勇自殺的Snake遇到了蘇醒後的真正的BIG BOSS，BOSS告知了BIG MAMA的目的和死因，雖然看起來是由從摩托事故到身中槍擊的過程造成的，然而實際上她是被Snake體內的FOXDIE病毒所殺，而她壹直都在為了復興BIG BOSS而計劃阻止ZERO。