1873年，載淳成年，那拉氏宣布撤簾歸政，但仍陰持朝柄。次年，載淳病死，那拉氏立宗室載湉繼承皇位，年號“光緒”，復行垂簾聽政。
1889年，載湉大婚成年，那拉氏宣布“歸政”，退居頤和園，但朝內壹切用人行政，仍出其手，光緒帝實際居於傀儡地位。
1894年，日本發動甲午戰爭。是年，適逢那拉氏六十壽辰，擬“在頤和園受賀，仿康熙、乾隆年間成例，自大內至園， 路所經，設彩棚經壇，舉行慶典”。挪海軍經費，繕修頤和園，布置點景，廣收貢獻。故於“朝鮮事求速結”，支持李鴻章等對日采取妥協投降主張。
“六旬萬壽慶典”活動從年初即開始籌備，八月中日戰事愈烈，戶部上書“請停工程”，那拉氏大發雷霆。戶部尚書軍機大臣翁同和被迫改口上奏：“查停工壹條，系指以後尋常工程，其業經興辦之工，毋庸停止”。壹些主戰派廷臣紛紛上疏，請求停辦“點景”，移作軍費。那拉氏怒不可遏，稱“今日令吾不歡者，吾亦將令彼終生不歡”。
9月，中國陸海軍先後敗績，那拉氏求和之心更切，9月27日強使主戰的軍機大臣翁同和到天津與李鴻章會商停戰求和之事。10月18日更下令王公大臣及外省封疆大吏，將“六旬萬壽貢品”統於10月23日星進。11月7日，日軍占領大連灣，這壹天正是那拉氏生日，前方軍情急電雪片般飛來，那拉氏卻不為所動。在頤和園升殿受賀，大宴群臣，連續賞戲三天，公事皆延置不辦。
11月22日，北洋水師基地旅順淪陷，那拉氏仍不以為然，並反將矛頭指向以光緒帝為首的主戰派。11月26日，那拉氏於儀鑾殿召見軍機大臣，時光緒帝不在座。突然宣布“瑾、珍二妃有祈請幹預種種劣跡，即著繕旨降為貴人”。並將瑾、珍二妃之兄禮部右侍郎誌銳遣戍烏裏雅蘇臺。珍妃為光緒寵妃，並支持光緒對日主戰。當時朝廷內壹些主戰官員，不滿於那拉氏、李鴻章對日屈膝，於是結二妃之兄誌銳“密通宮闈，使珍妃進言於上”，推動光緒對日抵抗。10月28日，文廷式又親自上奏：《倭夷入寇樞臣與疆臣各懷異誌但欲求和請交部嚴加議處折》，彈劾李鴻章等不思督軍應敵，“但欲求和”，“束手待攻”，“請旨將樞臣及北洋大臣交部嚴加議處，以存國法”。這時，正值那拉氏起用恭親王奕欣主持對日議和，主和空氣甚囂塵上。那拉氏選擇此時處罰光緒之二妃及其兄，目的在於打擊主和派及向光緒示威。12月4日同時下令授恭親王奕欣為軍機大臣和撤銷滿漢書房，進壹步的加強了主和派勢力和剪除光緒周圍的主戰派力量。
1894年底，清廷在戰事上愈不可為，那拉氏求和之心更加急切。1895年1月，派張蔭桓、邵友濂為全權大臣，赴日求和。日本政府借口中國使臣全權不足，拒絕開議。議和未成，使臣被拒，那拉氏萬分驚恐，曾命順天府準備車騾，擬逃往山西。
日本政府於廣島拒和後，立即向北洋水師另壹基地威海衛進攻，27日攻陷威海衛，北洋水師覆滅。3月初又發動遼河下遊作戰，六天之內，連陷牛莊、營口、田莊臺。至此，以那拉氏為首的投降派下定決心向日本投降，3月，派李鴻章為頭等全權大臣，再次赴日乞和，4月17日簽訂了中國歷史上空前屈辱的條約《馬關條約》。消息傳出後，舉國大嘩，憤怒聲討那拉氏、李鴻章等人的賣國行為。人們在北京城門貼出“萬壽無疆，普天同慶；三軍敗績，割地求和”的對聯表示抗議。根據《馬關條約》規定，日軍於6月間開始派兵侵入臺灣，遭到臺灣人民的奮勇抵抗，那拉氏壹面下令臺灣大小官員內渡，並嚴厲禁止接濟臺灣抗日軍民，同時又在頤和園搭起天棚，準備避暑。人們又題了“臺灣省已歸日本，頤和園又搭天棚”的對聯，痛斥那拉氏的賣國罪行。
甲午戰爭失敗後，光緒帝憤於戰敗割臺，欲思振作，決心變法，改革政治。1898年6月發布“明定國事上諭”，實行變法。9月，那拉氏發動政變，扼殺新政，囚禁光緒帝於瀛臺，開始復出訓政。
1900年，八國聯軍入侵北京，那拉氏挾光緒出逃西安。第二年2月14日批準《議和大綱》，並頒布了“量中華之物力，結與國之歡心”的無恥政策。9月7日簽訂了喪權辱國的《辛醜條約》。1902年回到北京。自此之後，那拉氏“惕於外人之威，凡所要求，曲意徇之”。
公元1908年10月22日，慈禧太後因疾病身亡，卒年74歲。1909年月十月初四日，葬入清東陵的普陀峪定東陵內。
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