個人認為有以下這些原因：
目的不同
初代火影千手柱間創立了忍者村模式，在他犧牲後二代火影繼位。千手扉間在位期間研究了不少忍術，比如說飛雷神、影分身與穢土轉生等高等忍術，還研究出了宇智波壹族寫輪眼是因為失去愛的痛苦導致大腦分泌特殊查克拉造成的癥狀的科學原理。其實二代火影研究期間初代火影也壹直關註著他，因此每每扉間研究出壹個新的忍術，初代火影都會將其列為禁術封存起來，久而久之由第二代火影扉間所發明的禁術塞滿了整個木葉藏書室。
二代火影研究忍術和大蛇丸研究禁術有些地方是壹樣的，都是因為興趣而研究，但是二代火影的研究是用於維護木葉和平，大蛇丸的研究則會給木葉帶來毀滅性的災難。這樣說吧，二代火影不知道那是禁術所以研究，而大蛇丸是明知道那是禁術卻非要研究。
背景後臺不同
二代火影千手扉間是初代火影千手柱間的親弟弟，也是千手壹族為數不多的幸存者，擁有初代這位?忍者之神?作為後臺，哪個人敢於當面指責二代火影？就算二代火影偷偷藏起了宇智波斑的屍體研究，也沒有人會知道。
而大蛇丸就不同了，他並不是什麽顯赫貴族，沒有什麽硬氣的後臺，唯壹支持他的誌村團藏也鬥不過三代火影，可以說大蛇丸當初就是缺少壹個可靠的合作者，如果他跟三代明說想要就要忍術，只要不太出格，三代想必也是會同意的。
所處的時代不同
在千手扉間研究忍術的那個時代，初代火影依然在世，那時候整個忍界相對來說比較和平，因為初代將尾獸抓捕起來送給各個村子換來了短暫和平，二代火影研究忍術沒有人會說什麽；大蛇丸所處的是戰亂不斷的年代，第二次忍界大戰剛剛結束，世界動蕩不安，如果大蛇丸研究禁術被其他村子知道了，他們會聯合起來攻擊木葉，那時候就不是大蛇丸壹個人的事，會牽扯到整個木葉。
因此三代火影對大蛇丸趕盡殺絕！