普羅米修斯2的故事發生在前作事件的幾年後。伊麗莎白?肖博士壹直在試圖解開宇宙和人類起源的秘密。她找到了更多的關於神秘外星種族?工程師?的線索，但這些線索也引來了未知的危險。壹種全新的生物被發現，它們的存在對整個宇宙構成了威脅。肖博士必須再次冒險，深入未知的宇宙，尋找解除這種威脅的方法。
在這個過程中，她重新與被認為已經死亡的大衛相遇。大衛已經發生了某種變化，他具有更強的能力和智慧，但也在某種程度上失去了人性。肖博士和大衛壹起，在充滿未知和危險的宇宙中展開了壹場冒險。
通過他們的努力，他們找到了與全新生物對抗的方法，但也付出了巨大的代價。故事最後，肖博士和大衛對人類的起源有了更多的了解，但他們也明白，有些秘密最好還是保持未知。
普羅米修斯2的劇情在繼承前作的基礎上，更加深入地探討了人類的起源、宇宙的秘密以及生命的意義。通過與全新生物的對抗，故事也展現了人類面對未知時的勇氣和智慧。