主仆兩人到京城後根本無法進宮面聖，在走投無路之際遇上了女飛賊小燕子，並結為好友。小燕子熱心為她想辦法混入宮，但在陰差陽錯中與紫薇互換了身份，成為清宮中的“還珠格格”，而紫薇卻落得壹無所有，連唯壹的證物都失去了。
皇上為慶賀重獲愛女舉行祭天酬神的儀式，儀仗隊伍行經市街，正巧被紫薇、金鎖看到。激動之余紫薇昏倒在地，被大學士福倫之子福爾康所救。福府在知道其身世後將她收留。
小燕子並非無義之人，只是騎虎難下，加上宮內處處不自由，朝中的爭權、三宮六院的爭寵，更使她對原來的自由生活懷念不已。雖然皇上和令妃對小燕子寵愛有加，卻引起了皇後的反感，五阿哥永琪、福倫的二子爾康、爾泰與小燕子成了好朋友。在探明小燕子的真心後，爾康、爾泰兄弟把收留紫薇之事說出。壹切真相大白，但為了安全，五人決心***守秘密。紫薇與小燕子解除了誤會，與爾康的感情也日深；小燕子與永琪亦產生了情愫，四人礙於身份皆不敢表態。
小燕子將紫薇弄進宮做貼身丫頭，但兩人情同姊妹的感情漸漸讓周圍的人產生懷疑。而皇上對紫薇也有說不出的親切感，卻引起了皇後的妒意。在容嬤嬤的慫恿下，皇後竟派人將紫薇抓進寢宮內嚴刑拷打，又將她關進密室。小燕子發現紫薇失蹤後心急如焚，爾康等夜探景仁宮，終於找到了奄奄壹息的紫薇。次日，小燕子再請乾隆出馬對付皇後，總算將紫薇救出，化險為夷。
藏王偕公主塞婭前來紫禁城欲向大清示威，派出武士數十人與大清武將比武，不想被爾康打得七零八落。乾隆龍心大悅。藏王為爭回面子提議合婚，乾隆為穩定番邦同意將塞婭公主指婚予福爾康，福爾康與皇上據理力爭，終於紙包不住火將紫薇的身世說出，至此紫薇身份大白，小燕子難逃欺君之罪。
小燕子以其口才和皇上力爭，加上紫薇願與小燕子同生***死，皇上終於軟化，紫薇、爾康、小燕子、永琪這兩對有情人終成眷屬……