克隆人戰爭（Clone War）期間——
克隆人戰爭真正爆發後，阿米達拉依然支持外交手段，但她的聲音逐漸被戰爭的炮聲所淹沒。盡管阿納金，甚至帕爾帕廷議長勸阿米達拉遠離危機，但她還是在克隆人戰爭期間東奔西跑，前往動蕩地區尋求解決問題的外交途徑。阿米達拉利用外交渠道與赫特人訂立條約，保證偏遠星系忠於銀河***和國。
有壹次，絕地大師尤達在乘坐納布遊艇時感到了壹陣原力擾動。伊冷星上的絕地聖殿遭到邦聯的進攻。帕德梅熱忱相助，答應把尤達送去那顆寒冷的星球，但負責保護她的泰弗隊長被尤達大師（Master Yoda）施用了絕地控心術，才允許她改變航向前往險境。
阿納金被晉升為絕地武士後，悄悄地送給帕德梅壹份禮物：他那斷下的學徒辮。帕德梅則把R2-D2作為禮物回贈給阿納金，讓R2-D2永遠成為阿納金的宇航技工機器人。到這時，帕德梅已經開始把C-3PO看成她的議會代表團成員了。為了更好地契合科洛桑社會，3PO被鍍上了閃亮的金色外殼。
對忠於***和國的議員來說，克隆人戰爭把銀河系變成了壹個非常危險的地方。帕德梅甚至開始武裝她的納布星際小艇，在較為平靜的日子裏以防萬壹。雖然她大部分時間都待在首都，但有時她也會懷著憐憫之心來到遠離科洛桑保護的地方。在訪問諾弗爾二號行星期間，達斯·西迪厄斯雇傭的曼達洛人想綁架阿米達拉，但大***和國軍（Grand army of the Republic）在她遭到威脅前伏擊了曼達洛人。