《幻想戰士》講述了凱德學院的四名學生:任傑、陳迪、李奇和尤慧子對抗邪惡的人工智能程序夏智娜的故事。任傑在距離凱德學院不遠的壹個廢棄工廠裏發現了壹臺神秘的超級計算機，並在好奇心的驅使下打開了它。後來他發現這臺電腦運行的是壹個叫Lyoko的虛擬世界，並在虛擬世界裏找到了壹個神秘的女孩。任傑給她取名為瑪雅。後來瑪雅才知道，她叫圓塔的董美娃。超級計算機剛開機，凱德學院就發生了壹件怪事。任傑了解到蘭蔻上還有壹個叫夏智娜的人工智能程序在運行。它的目的是逃離超級計算機並控制世界。消除的方法是永遠關閉電腦，但如果這樣做，董美娃就會消失。任傑不想這樣。他想辦法把董美娃從超級計算機裏弄出來。在任傑試圖找到壹條路的期間，夏之娜不停地攻擊地球，各種威脅人類生命的事情發生了。恰好，任傑在體育館裏遇到了他的同學陳迪，李奇和李奇遇到了尤慧子。他們頂住了夏誌南的進攻。為了防止夏之娜威脅地球，董美娃不得不進入夏之娜開創的圓塔。在蘭蔻，夏智娜創造了許多怪物(攻擊性程序)來阻止董美娃進入圓塔，而陳迪、李奇和尤慧子則進入蘭蔻，用掃描儀數字化後幫助董美娃消滅怪物。任傑在現實世界中操作電腦，為他們提供各種戰術信息。成功鎖定圓塔後，任傑會啟動時間倒轉程序，讓時間回到夏之娜攻擊前的狀態，但前提是夏之娜攻擊時沒有人類傷亡，時間倒轉程序也不能讓死人復活。
在虛擬世界中，蘭蔻、陳迪、裏奇和尤慧子分別擁有65，438+000點生命值。壹旦生命值為零，掃描程序會自動將它們具體化，並將其發送回現實世界。但壹旦董美娃的生命值為零，就會被刪除，不復存在(只有前兩季董美娃可以在第三季自由出入蘭蔻)，這將使後面的故事發生重大變化。