《普羅米修斯2》的故事發生在《普羅米修斯》的十年後。壹艘名為“契約”的殖民太空船之上，飛船上搭載了兩千名進入沈睡的殖民者，他們的目的地是遙遠的歐米伽六號行星，希望能夠在那裏建立新的家園。代理船長的歐朗帶領著船員們降落到了壹顆未知的神秘星球上。於是他們選擇登陸，卻遭到各種襲擊，原來這個星球上已經到處都是異形的蛋，在逃跑中，他們卻被這個星球人上唯壹的幸存者——生化人大衛所救。
然而大衛的目標卻不是表面上那麽簡單，他卻只是想把整個殖民飛船中的人類作為培養異形的養料，創造出更加完美的異形而已，這樣就可以使得自己成為異形的造物主。
在電影《普羅米修斯2》中，主角不再是人類而是生化人大衛。普羅米修斯，原是指在希臘神話裏的壹位神，他不僅最具智慧，而且創造了人類，給人類盜來了火，還教會了他們許多知識和技能。但也因此受到宙斯地懲罰，每日被啄食自己的肝臟，白天肝臟被吃完，但在夜晚肝臟會重新長出來，承受著永無止境的痛苦。
而在這壹部中，則指代著具有叛逆精神，將黑水傾倒入整個世界，殺死自己的創造者，並創造了異形的大衛。
大衛駕駛著飛船，來到工程師的母星，他在上空盤旋，接受著眾人的朝拜，儼然以神自居。而轉瞬間，他就投下了成百上千的“黑水”炸彈，眼睜睜看著人類的造物主們灰飛煙滅，臉上還是同樣的笑容。那壹刻，大衛的嘴裏，念出了雪萊的詩句： “吾乃萬王之王是也，蓋世功業，敢叫天公折服！” 然而大衛卻說這是拜倫寫的，因為他選擇性地去除了後面的 “此外無壹物，但見廢墟周圍，寂寞平沙空莽莽，伸向荒涼的四方。”
創造新的生命形式，這是屬於神的領域，可以讓其得到巨大的成就感。生化人大衛不是不知道這壹切，但是大衛早就把自己當成了神，並沈迷於造物所帶來的巨大的成就感之中。
俄狄浦斯情結，又譯作“戀母情結”，最早由精神分析學家弗洛伊德提出。這個詞原本來源於希臘神話王子俄狄浦斯的故事。俄狄浦斯是希臘神話中忒拜的國王拉伊奧斯和王後約卡斯塔的兒子，他生下來就被預言要殺父娶母，因此被棄之荒野。然而卻被牧羊人送給了其他國家的國王，而在他長大以後因為知道了這個預言出走，卻仍然在不知情的情況下，殺死了自己的親生父親並娶了自己的母親。
弗洛伊德認為每個人內心的潛意識裏實際上都蘊含著這種“俄狄浦斯情結”，而為了避免這種“殺父娶母”的悲劇發生，也由此產生了道德和宗教。在原始社會中，父親以強力統治部落，部落***享女性，而孩子們卻為了推到統治，殺掉了自己的父親。為了避免殺父之罪惡，亂倫之罪惡的再度發生，他們取消了原始***享婦女的氏族制度，同時使用宗教來約束人們的行為。
而在《異形·契約》中，我們看到了壹條吊詭的造物循環：工程師創造了人類、人類創造了生化人、生化人毀滅了工程師、異形被大衛所創造。大衛殺害了創造自己的人類，這是“弒神”，更是“弒父”。
“娶母”則表現在，在第壹部中，肖博士執意要修復大衛，讓大衛很感激，同時第壹次受到這樣的關愛。而在後來的相處中，大衛壹步步愛上了作為人類的肖，肖在大衛眼裏除了是他的愛人，更是賦予他靈魂的母親。盡管大衛是否殺掉了肖博士尚不確定，但愛上“母親”的事實卻是可以肯定的。
盡管大衛做出了“殺父娶母”這種在人類看來天理難容的罪惡，但他卻沒有任何的罪惡感和羞恥心。因為他根本沒有任何道德觀念，他只是被創造出來的近似於人的生化人。他擁有著自主意識，自然也擁有著人類的潛意識，因此這種“俄狄浦斯情結”實際上是每個人所***有的，只是被社會和道德所約束。然而大衛作為生化人，始終不能取得和人類平等的地位，當然也不會得到社會的認同，被社會和道德以人的名義所約束。
盡管這種“俄狄浦斯情結”在現代並未得到科學的證實，然而也反映了弗洛伊德自己的猜想。他的這種猜想實際上是建立在“性”在他的研究中的重要地位上的。
而在《普羅米修斯2》中也不乏這種或明或暗的性暗示。這首先體現在異形的形象設計上，異形的頭部和它伸出來的棍子狀的嘴都酷似男性的生殖器。而《普羅米修斯》中第壹只異形是工程師和巨型多爪怪發生了性關系以後而來。而異形所在星球墜毀的太空船開口處猶如張開腿的女體，三個地球船員進入其中，就如同是遊入子宮的精子。
而在《普羅米修斯2》中有壹個鏡頭，兩個人洗澡的時候，異形把男性生殖器壹樣的觸手從她胯下伸了上去。
具體的不再多敘述，不過這些濃烈的性暗示在《異形》系列中並不算少見，也表現出“性”在電影中占有的重要地位，加上《普羅米修斯》中基於性意識的“俄狄浦斯情結”，我們也不難假定大衛做出如此行動的深層次原因。
《普羅米修斯2》的最後，大衛潛入了飛船之中，相信他還會在飛船上做出更多有悖道德的事來，不過我想我大概是不會再去看了，因為實在是有點惡心。