我國是淡水資源短缺的國家，富營養化狀況加劇，導致湖泊水體藻華的頻繁暴發，在我國對淡水藻華的應急治理沒有成功經驗借鑒的前提下，如何將治理赤潮的有效方法應用於淡水藻華的治理，俞誌明課題組進行了大膽嘗試和探索，並成功運用於南京玄武湖藻華治理，取得了顯著成效。
2005年9－10月間，“全國第十屆運動會”和“中國首屆綠色博覽會”在玄武湖舉行，但入夏以來爆發的大量藍藻猶如厚厚的綠油漆覆蓋在水面上，散發著惡臭的氣味，不僅對玄武湖水質、景觀和周圍居民的生活造成嚴重影響，而且對即將舉行的全國“綠博會”和“十運會”水上項目的順利舉行構成了嚴重威脅。
玄武湖藻華治理，引起了江蘇省領導及社會各界的廣泛關註和高度重視。俞誌明課題組和上海壹家專門公司在激烈的競爭中脫穎而出。俞誌明課題組負責玄武湖北湖的治理，上海某公司負責西南湖的治理。“十運會”水上項目比賽場地東南湖，則根據兩家單位治理效果確定。藻華治理擂臺在玄武湖擺開。
淡水藻華治理對於俞誌明課題組來說還是首次。面對嚴峻的挑戰，俞誌明課題組9月20日開始根據淡水藻華特點、前期工作和調研，將改性黏土技術應用於玄武湖北湖藻華治理，並不斷調整治理方案。不到10天，即消除了北湖藻華，改性黏土技術治理藻華初獲成功。而上海某公司則由於治理效果不明顯，主動退出了競爭。
改性黏土治理藻華技術取得的成功贏得了南京市政府和社會各界的認可。西南湖和東南湖治理的任務也全部落到了俞誌明課題組肩上。在時間緊、任務重、環境壓力大的情況下，課題組調整治理頻次和密度，采用岸邊與湖面相結合的治理方法，僅用1周左右的時間，就完全控制了西南湖藻華全湖性蔓延和泛濫的趨勢，綠色藻華逐漸消亡、生物量大幅度下降。並在“十運會”開幕前，全面消除了東南湖上的藻華，湖水恢復了原有的清澈，為“十運會”水上項目提供壹個水質優良的比賽環境。
2005年11月24日，南京市政府對利用改性黏土技術治理藻華項目進行了驗收。驗收專家組對玄武湖藻華治理工程給予了高度評價，壹致認為，內陸湖泊淡水藻華治理是壹個國際性的難題，在國內沒有成功經驗借鑒的情況下，中國科學院海洋研究所成功地運用改性黏土技術在玄武湖藻華治理中取得了顯著成效。成功地消除了玄武湖水面大規模藻華，有效改善了湖水水質，綜合汙染指數、富營養化程度均有不同程度的降低，水體透明度升高，保障了“中國首屆綠化博覽會”和“第十屆全國運動會”水上項目的順利進行。
改性黏土治理有害藻華的理論體系和技術方法，其系統性、理論性和創新性，解決了黏土治理技術上的重大難題。玄武湖藻華治理的成功實踐，是改性粘土技術首次應用於我國淡水湖泊的藻華治理的成功範例。根據壹年來的監測結果表明，該技術不僅能夠短期內迅速消除淡水藻華，而且可以有效的改善水質、降低富營養化、恢復正常的水生態系統。實踐證明，粘土表面改性理論和技術方法不僅可以廣泛應用於赤潮的治理，而且可以廣泛應用於淡水藻華的治理，標誌著我國在淡水湖泊藻華治理技術上的重大突破，為治理目前國內外普遍存在的藻華問題提供了壹個新的、行之有效的途徑和手段。