犯罪懸疑電影《神探大戰》講述了自封“神探”的兇手與真正的“神探”鬼才之間展開的鬥智鬥勇的故事。
壹開始發生的魔警案，三名警察被殺。劉青雲飾演的李俊判斷出，現場有第四個人殺死了三名警察。卻沒人相信，還被當作精神病。?
十七年後，香港發生連環殺人案。壹群年輕人組成號稱神探的團夥，他們殺人卻自稱報仇。這些人原來是多年來各種冤案中，被迫含冤死去人的親屬和後代。?
警界的方禮信夫婦也被人稱為神探。離開警界的李俊，時常自言自語，處於精神混亂的狀態中，但他依然堅持自己是神探。三方神探開始了壹個看起來很混亂的故事。?
連環殺人案發生後，都會在現場留下壹句德語。似乎暗示著，這些案件存在著某些關聯。為了找出他們作案的規律。李俊將多年來的許多殺人案壹壹分析。終於發現了壹些線索，與殺害多人的屠夫案有很大的聯系。?
李俊在瘋癲的狀態下，以其超過常人的想象力，並通過精妙的推理。確定了方禮信，是連環案件的幕後主使。也是魔警案屠夫案的殺人兇手。壹切真相大白，惡人得到了應有的懲罰。
影片之所以是“神探大戰”而非“神探”，便是因為當中有不止壹個“神探”：第壹個自然是李俊，第二個是壹支自稱“神探”的犯罪團夥，第三個則是以“神探”身份作為偽裝的最終大Boss。片中有壹句重復出現的尼采名言：與怪物戰鬥，小心自己變成怪物。
“神”與“怪物”不過壹線之差：李俊因自視甚高而家破人亡，淪落為瘋子；“神探”團夥是壹批陳年疑案受害者的後代，他們聚集在壹起試圖替天行道，找到那些尚未被繩之以法的兇手，並用極其殘忍的手段執行私刑；大Boss也曾有過壹段淒慘的過去，但他最終選擇報復社會。
唯有李俊逃脫出復仇的惡性循環。曾經偏執於神探身份的他，終於發現自己並非永不犯錯的“神”：在查案上，他被大Boss誤導多年，壹直錯過真相；在生活上，他因為忽略家庭而失去妻子，毀了女兒壹生。在影片最後，李俊能夠說出“我們不是神，只是探”，便是這個人物最了不起的地方。