最近，地球上出現了壹個極其神秘的恐怖組織，它的名字叫“眼鏡蛇”，而讓“眼鏡蛇”聞名全球的原因，則是源自其對埃菲爾鐵塔的壹次恐怖行動，在“眼鏡蛇”的恐怖轟炸之下，這座法國的標誌性建築物頃刻之間化為烏有。很顯然，“眼鏡蛇”的這次行動只是壹個開始，它向全世界宣告“眼鏡蛇”的成立，而他們的目的則隱藏得更深，許多國家開始感到不安，因為他們不知道什麽時候“眼鏡蛇”的恐怖行徑就會落到自己的國家當中，世界陷入了恐慌狀態。
聯合國對此也感到大為棘手，因此這時候，總部設在布魯塞爾的壹支秘密行動小組就開始發威了他的威力。這支名為G.I. JOE的特種部隊由霍克將軍（丹尼斯·奎德飾）擔任領頭羊，手下高手雲集，副指揮官是公爵（查寧·塔圖姆飾），參加過越南的他曾經與霍克壹起多次出生入死；紅發女（蕾切爾·尼科爾斯飾）是壹個武術高手，她的身手可不比男人差；除此之外還有專職執行高空任務的開傘索（馬龍·韋恩斯飾）、會七國語言的通訊員“斷路器”（薩伊德·塔馬烏伊飾）、軍火專家“重載”（阿德沃爾·阿吉紐依－艾格拜吉飾）、沈默寡言的“蛇眼”（雷·帕克飾）等12名成員。他們開始追查行動，很快查明了“眼鏡蛇”的的陰謀，而他們首先要解決掉的是給“眼鏡蛇”提供軍火支持的戰爭狂人的迪斯特羅（克裏斯托弗·埃克萊斯頓飾）。而“眼鏡蛇”組織裏也有著不少心狠手辣的鐵腕人物，例如外表性感漂亮，心腸卻狠毒如蛇蠍的“男爵夫人”（西耶娜·米勒飾）就是當中的代表人物。除此之外，還有與蛇眼是兄弟的白幽靈（李秉憲飾）。
G.J. JOE為阻止“眼鏡蛇”的陰謀而與其展開大戰，隨著兩方戰鬥的白熱化，原本壹直深藏不露的壹位“眼鏡蛇”重要成員也逐漸顯露出真身，他的真實身份會令G.J. JOE的成員大吃壹驚……