首先，電影中是有四個世界的，我們將逐壹分析。
虛擬世界A:這也是故事開始的地方，16歲的堅書直實(下面簡稱小堅書)所在的世界。跟隨著三足烏鴉，小堅書見到了10年後的堅書（下面簡稱大堅書）。大堅書說要幫小堅書追求壹行琉璃（後面簡稱小琉璃），並且要求小堅書在看煙花的那壹天拯救被雷擊中的琉璃。
虛擬世界B:這也是26歲的大堅書所在的世界，在這個世界中，琉璃在看煙花時被雷擊中，失去意識。大堅書在了解到精神和意識同步後就可以喚醒琉璃，於是歷經艱苦進入阿爾塔拉，在經理無數次失敗後終於進入虛擬世界A,想要實現自己的計劃。
新世界：小堅書在進入虛擬世界B後，帶回琉璃。兩人進入了壹個新的世界。（因為這個時候虛擬世界A已經被還原了）。
現實世界：真實情況是，在煙花會上堅書為了保護琉璃被雷擊，而琉璃為了喚醒堅書，極度恐高的她登上了月球，連智能手機都用不好的她成為了程序員。這壹切的努力都是為了救回自己的戀人。
附註幾個小彩蛋：
1.圖書義賣片段中，琉璃爺爺的藏書中有壹本《湖底大都市》（應該是叫這個），剛開始借閱卡上寫的並不是琉璃的名字。但是小堅書在復原後，借閱卡第壹行的名字變成了壹行琉璃，這壹點琉璃應該是有所察覺，所以才會連說幾次“謝謝”。
2.在虛擬世界B中，琉璃醒來，判斷眼前的人不是堅書有兩個原因：1.堅書提到了煙花，而在虛擬世界A中，為了保護琉璃，小堅書並沒有約琉璃去看煙花。（這也驗證了此時身體中的精神其實還是小琉璃）。2.琉璃提到的那本書，堅書回答“那本書”？這是因為虛擬世界A和虛擬世界B中的故事線並不完全相同。（例如：是否看過煙花，是否堅書為琉璃還原過圖書，以及直接導致的是否圖書義賣舉行）。
3.個人猜測貫穿全電影的三組烏鴉應該時現實世界中琉璃的化身，因為在電影結束時，琉璃的領口有壹個金色羽毛書簽的圖案。
4.許多人認為故事是壹個大圓滿的結局，因為無論是虛擬世界還是現實世界，堅書和琉璃都團圓了。但是我卻感到了壹絲絲悲傷，首先，三個世界(除去新世界)，只成全了兩對戀人。這意味這即使是數據，但確實有壹對堅書和琉璃並沒有圓滿。其次，在虛擬世界A中，出來小堅書和小琉璃，整個世界都被還原了，世界，城市，千千萬萬的人，相當於以壹個世界的代價成全了壹對戀人。
5.在不同世界中，犧牲的或是堅書，或是琉璃，但是另壹個人都會為其等候數十年，
歷經千辛萬苦，只為了再見他/她壹眼。這就是所謂的事故是偶然，愛是必然吧。
6.在前面的虛擬世界，都是用3D渲染的,但是在最後壹幕回到現實（月球基地），卻使用了2D渲染，這或許意味著，對於二次元來說，2D世界才是“現實”吧。