侏羅紀公園發生災難之後四年，壹切看似恢復正常：約翰·哈蒙德的國際遺傳技術公司已經接近破產，努布拉島被列為禁區。不過約翰·哈蒙德還有壹個不為人知的小秘密：侏羅紀公園其實還在相鄰的索納島也就是侏羅紀公園B區上面，建有壹個更大規模的恐龍繁殖與放養區，該區的建築與人工設施在四年前同努布拉島的侏羅紀公園壹起在颶風中被摧毀，可是恐龍尚在人間。
壹個英國家庭無意之間登上桑納島，他們的女兒不但發現了島上的細顎龍，而且被襲擊受傷。這件事傳到了四年前登上努布拉島的伊安·馬康納博士和約翰·哈蒙德的耳中。約翰·哈蒙德打算組織研究隊伍返回索納島研究恐龍的生態，而且要證實暴龍有親情的動物行為理論，並邀請馬康納博士加入隊伍。其實哈蒙德這樣做更重要的是為了拯救瀕臨破產的公司，並且奪回自己的掌控權而不被他人獲取。馬康納壹開始嚴詞拒絕，不過當他得悉其女友，生物學家莎拉已被哈蒙德送往小島的時候，他毅然決定前去救女友。哈蒙德利用衛星圖片作證據證明危險的食肉恐龍都生活在小島的內圍，所以理論上只要逗留在外圍，就可以避免受到襲擊。馬康納跟其他的三名隊員壹起抵達了索納島，不過當他們抵達之後才發現同時還有壹支更龐大的隊伍也相繼登上該島。而該隊伍的領導者正是暗中試圖掌控國際遺傳技術公司的，哈蒙德的侄子彼得。原來彼得心中壹直計劃在美國聖叠戈市建立壹所真正的恐龍公園，而此次他們來就是為了抓壹些活的恐龍運回去。
該隊伍中的領隊羅蘭有著豐富的狩獵經驗，此次他更接到彼得給予的捕獲壹只成年暴龍的任務，為達到目標，他首先捕捉了壹只幼年暴龍，將其腿打斷後拴在某處，試圖引成年的暴龍接近。此舉被心腸善良的莎拉看在眼裏，她努力奪回幼年暴龍，並且在自己的宿營車裏與馬康納壹起幫其接骨，但是此時成年暴龍已經歸來，馬康納與莎拉更被誤認為是綁架幼龍者遭到成年暴龍的報復與攻擊，馬康納與莎拉的小隊為此失去了重要的隊員，而且所有車輛器材與設備與此同時壹並被摧毀，不得已馬康納只好投靠彼得的小隊以求生存。但是彼得的小隊也不容樂觀，在迷失路途深陷荒山野嶺之後小隊成員屢屢受到暴龍和迅猛龍的攻擊，死傷慘重，生者更是夜寢難安。抓捕行為漸漸成為壹次純粹的逃亡行為，可是通訊裝置已經被毀，此時馬康納與隊友尼克冒死獨自前去尋找島上已經殘敗不堪的人工設施，及時啟動了通訊設備與外界取得了聯系，才使得存活的人們得以脫險。
然而僥幸逃生的彼得賊心不改，在逃離的過程中彼得指使羅蘭捕獲了壹只成年暴龍與幼龍，並且將其裝船運往聖叠戈，馬康納在直升飛機上目睹了這壹幕，心中油然頓生恐懼與不安。回到聖叠戈不久，果然彼得召見了社會各界名流在港口召開新聞發布會，宣布恐龍即將運往美國，就在各位熱烈期待輪船隆重抵達的時候，港口工作人員私下告訴彼得他們與輪船失去了聯系。在壹旁的馬康納與莎拉立即感覺到事情的不對勁，轉瞬間失控的輪船飛速直來，壹頭撞上了港口，眾人匆匆登船，才發現船上到處是七零八落的肢體殘片，船員無壹幸免。馬康納意識到恐龍此時已經蘇醒過來並且掙脫了捆綁，提醒彼得千萬不要開艙門，彼得不聽而依然決定打開艙門，結果果然脫離束縛的暴龍立刻暴怒著沖出船艙，壹路撕咬著壹路直直沖向市區，頓時聖叠戈市中心人荒馬亂，面對龐大又暴怒的恐龍無人能制服。莎拉此時感覺到成年暴龍是在尋找它的幼子，經過壹番盤問，彼得終於承認他將幼龍秘密地困於公園施工現場內，馬康納立刻前去找回幼龍，並且與莎拉帶著幼龍找到了在市區內橫沖直撞的成年暴龍，靠著壹點壹點的誘惑技巧，馬康納終於把成年暴龍與幼龍都引回到了原本的船艙內，並且在關鍵時刻關閉了艙門，才保證沒有造成更大的傷亡與損壞。
彼得也壹路追到了船艙，卻不料被在此等候多時的恐龍咬死。輪船最終重新啟程將這壹老壹幼暴龍運回索納島，重新奪回公司掌控權的哈蒙德也在電視上公開扮演慈善者的角色，呼籲各界關註恐龍的生態與保護問題，見慣了哈蒙德嘴臉的馬康納對此不屑壹顧，自從前往索納島到拯救聖叠戈以來，他與莎拉都累壞了，此時他只想與莎拉靠在沙發上好好地休息壹陣。