傳說有壹塊魔石，能吸取天地能量。當魔石的能量吸收到壹宣傳海報定程度，它將就擁有強大的能量， 而被它吸走能量的物體則會消失。
宇宙海盜迪恩為了稱霸宇宙，找到了魔石，並利用這塊魔石入侵了天蛇星。在對抗迪恩的過程中，天蛇星少主繆斯被潘多拉魔石吸走了大量的力量，虛弱不堪。為了讓她恢復力量，繆斯的哥哥耶裏梅斯在宇宙中苦苦尋找了多年，終於在湖底發現了壹塊能與魔石對抗的正氣之鐵，並發誓要將它打造成壹柄曠世神劍。
可是，耶裏梅斯所做的這壹切卻被迪恩發現了。為了能夠成功打造出神劍，耶裏梅斯偷偷離開天蛇星，隱居起來。另壹方面，繆斯苦苦尋找耶裏梅斯的下落，而迪恩則繼續利用魔石無惡不作。宇宙的黑暗時代來臨，直到煞魔聖劍鑄成。
宇宙海盜入侵棱石星。為了徹底瓦解宇宙海盜，戰神聯盟閃電集結，可是，在與迪恩的戰鬥中，雷伊，卡修斯，布萊克紛紛被吸進了魔石裏，只有蓋亞被雷伊用能量震開幸免於難。
與此同時，賽爾號也偵察到這股強大的能量波異動，懷疑是海盜在試驗毀滅星球的武器。為了立功，阿鐵打冒充羅傑船長偷偷攔下消息，並和賽小息還有卡璐璐壹塊兒悄悄執行這次危險任務。在與宇宙海盜的對抗中，三人不敵，陷入危險，幸虧蓋亞趕到救了他們並成功劫走潘多拉魔石。
為了奪回魔石，迪恩派出了宇宙頂尖殺手——賞金獵人摩哥斯，追殺他們。而另壹邊，賽小息他們也得知了雷伊、卡修斯和布萊克遇難的消息，在逃亡中，他們遇到了壹個自稱繆斯的神秘女精靈，據說只有她哥哥耶裏梅斯親手制作的煞魔聖劍才能對抗潘多拉魔石。
繆斯為SPT小隊指明了方向，但也將他們壹行人帶上了更加危險的旅程；邪惡的海盜、危險的叢林、亡命的追逐戰 。