電影《祈禱落幕時》的劇情分男女主兩條線，故事挺聳動的。
阿部寬飾演加賀恭壹郎：他媽媽有當坐臺小姐的黑歷史，結婚生子後遭遇婆家羞辱，患上抑郁癥，在他10歲時離家出走，隱居在外地壹家餐廳就職，和壹個神秘男子相愛，多年後死於心臟衰竭，神秘男子隨即人間蒸發；餐廳老板娘通知了男主來領骨灰，男主是個刑警，為了追索媽媽生前往事，他花了16年找尋神秘男子。
松島菜菜子飾演淺居博美：她媽媽婚內出軌私奔，留下大筆債務，爸爸為了躲債帶著14歲的她出逃，她想做援交賺外快但失手殺了人，爸爸把屍體毀容偽裝為自殺的自己，冒用死者身份大隱於市，讓女兒成為孤兒得到政府照顧，父女分離，相約偷偷見面；爸爸知道女兒和老師談了師生戀，老師撞見了沒死的他，他殺了老師滅口；多年後，女兒成為了舞臺劇導演，壹個昔日女同學找去告知她母親的下落，並撞見了女主爸爸，女主爸爸又把女同學殺了。
女同學的屍體曝光，警方立案搜查，男女主的故事逐漸交織在壹起：男主媽媽的神秘戀人就是女主的爸爸。
知道真相的女主，為了解爸爸已逝的戀人，她主動接近男主，這給男主走進死胡同的破案思路帶來了轉機：走邏輯、動機破案的路子遲遲找不到突破，轉變為從“情”入手，則逐漸抽絲剝繭。
其實男主媽媽和女主爸爸在暮年歲月是真心相愛的，如果他們結婚了，男女主就成兄妹了。
女主爸爸殺了女主同學後，多年逃亡積累的壓力讓他覺得生不如死，而且女兒現在也事業有成，為了永遠不讓黑歷史曝光，保護女兒的前途，他決定自焚。
女主覺得活活被燒死太痛苦了，決定自己先掐死爸爸，然後燒了爸爸屍體……
女主沒有主動投案，但當男主找到證據後，她也坦然接受伏法，並感嘆：這麽漫長的悲劇，終於要落幕了。