吉福品徹國家森林（Gifford Pinchot National Forest）中發現的古代營地遺跡顯示從6500年前開始就有人類在這壹地區生活。歷史上，聖海倫火山的活動對當地住民的生活有巨大的影響。考古學者發現3500年的壹次大爆發把原住民的定居點掩埋在了壹層厚厚的輕石下面，導致居民對這壹地區放棄了長達2000年。到了近代，當地的Cowlitz、Taidnapam、Klickitat、Chinookan和Yakama部落季節性的移居到這裏，采集越橘果（huckleberry）、捕鮭魚、駝鹿（Elk）和鹿。
美洲原住民的民間故事中有不少關於聖海倫火山和喀斯開山脈其他火山爆發的描述。其中最著名的大概是Klickitats人的眾神之橋（Bridge of the Gods）傳說。在故事中，眾神的首領Tyhee Saghalie和他的兩個兒子Pahto（又稱Klickitat）和Wyeast從遙遠的北方順哥倫比亞河而下尋找適合定居的地方。
他們來到了現今被稱作The Dalles的地方，發現這裏的環境前所未見的美麗。兩個兒子為了這塊土地爭執起來，為了解決這場爭吵，父親用他的神弓朝南北方向各射了壹箭。Phato循著北方的箭而去，並在那裏定居下來，Wyeast則定居到了南方。Saghalie接著造了Tanmahawis，即眾神之橋，以便他的家人定期團聚。
後來Saghalie的兩個兒子同時愛上了美麗的少女Loowit。Loowit不知如何選擇，兩個兒子便為她而打鬥起來，村莊和叢林在打鬥中燃燒起來。整個地區都被毀壞，地面的劇烈振動還使眾神之橋也落入了河中，形成了哥倫比亞河峽谷壹帶的山脈。
作為懲罰，Saghalie把兩個兒子變成了兩座山。Wyeast，頭顱揚起代表著他的驕傲，變成了今天的胡德火山；而Pahto，頭朝向著他的愛人，成為了亞當斯火山。少女Loowit變成了聖海倫火山，Klickitats則稱她為Louwala-Clough，即“煙火之山”之意。 英國皇家海軍指揮官喬治·溫哥華和發現號上的軍官在勘測北太平洋海岸時，於1792年5月19日做出了歐洲第壹次發現聖海倫火山的記錄。溫哥華在10月20日發現號經過哥倫比亞河口時將其以英國外交官聖海倫勛爵的名字命名。
之後，探險者，貿易者和傳教士收到了這壹地區有火山爆發的報告。地質學者和歷史學者很久之後斷定火山爆發發生在1800年，標誌著長達57年的山羊石爆發期（見地質部分）。見到當時的“幹雪”並因此感到惶恐，華盛頓州西北Nespelem部落的居民花費了大量時間祈禱而不去收獲食物，因此遭受了困窘的冬季。
1805年末1806年初，劉易斯與克拉克探險隊的隊員從哥倫比亞河望見了聖海倫山，但未報告有正在進行的或剛結束的爆發。他們記錄的流沙和Sandy River河口阻塞等現象顯示之前幾十年間胡德火山曾經有過爆發。 這壹地區最早的非土著定居者是毛皮商人和獵人。這些人中的多數為英國的哈德遜灣公司（Hudson's Bay Company）工作。在1890年代早期， Ole Peterson在路易斯河上遊的Cougar Flats定居下來，在孤獨的自然環境中享受隱士的生活。
同樣是在1890年代早期，壹個156平方英裏的采礦區在靈湖建立起來。到了1911年，已經有超過400個采礦許可的申請被提交。然而發現到的礦藏數量從來也沒達到能夠使人獲利的程度。很大力量被花費在修建通往礦區的道路或鐵路上，但壹直也沒有修成。1911年，人們已經很明白的意識到這裏的礦藏的數量並不足以抵銷高昂的運輸費用了。
Meredith Gairdner醫生為哈德遜灣公司在溫哥華堡（Fort Vancouver）工作時，於1835年做出了此地最早的火山爆發目擊報告。[13]他將報告發給了《愛丁堡新哲學期刊》（Edinburgh New Philosophical Journal），並在1836年1月得到出版。1841年耶魯大學的詹姆士?德懷特·達納（James Dwight Dana）在美國探險考察隊（United States Exploring Expedition）的航行途經哥倫比亞河口時看到了火山的山峰。考察隊的另壹個成員後來描述了山腳下有“細胞狀玄武巖熔巖”。
1842年秋末或初冬，附近的定居者和傳教士目擊了所謂的“大爆發”。這壹小規模的噴發形成了大片的煙塵雲，輕微的爆炸壹直持續了15年。這壹時期的爆發很有可能是水蒸汽爆發。Josiah Parrish牧師在俄勒岡州Champoeg目擊了1842年11月22日的爆發。火山灰可能壹直飄散到了東南80公裏處俄勒岡州的Dalles。
1843年10月，加利福尼亞州未來州長Peter Hardeman Burnett講述了壹個本地原住民的腿和腳在捕鹿時被巖漿或熱火山灰嚴重燒傷，並到溫哥華堡尋求治療的故事。但當時溫哥華堡的負責人Napolean McGilvery否認有此事發生。故事的可信程度也因此令人懷疑。英國中尉Henry J. Warre在1845年對爆發做了素描，兩年之後加拿大畫家保羅?凱恩（Paul Kane）繪制了徐徐冒煙的火山水彩畫。Warre的作品顯示了在山的西側或西北側（可能是山羊石）離山頂三分之壹山高距離處壹個噴發口噴出的物體，而凱恩的壹個實地素描也顯示了從大約相同位置冒出濃煙的情景。
1857年4月17日，華盛頓州斯特萊庫姆市的報紙“***和黨人”報告“聖海倫山及以南的其他壹些山，據目擊者稱……處於爆發的狀態”。這次爆發沒有產生多少火山灰，顯示爆發的規模較小。這是1854年壹來的第壹次火山活動報告。
在1980年爆發之前，靈湖壹年四季都可以開展旅遊活動，夏季適宜遊船、遊泳和露營，冬季則可以滑雪。 聖海倫火山在1980年5月18日發生了災難性的大爆發。之前幾個月裏，山的北面壹個巨大的凸出部分不斷增長，最終壹次中等規模的地震在山北側引起了歷史記錄上最大的壹次滑坡。剛剛暴露出在火山的灼熱高壓巖石從此噴發而出，導致了美國本土四十八個州歷史記錄上最大的壹次火山爆發。
在1980年大爆發之前的醞釀期裏，84歲的旅館主人哈利·杜魯門（Harry Truman）成了全國皆知的人物。他已經在這裏居住了54年，在火山爆發即將來臨之際，盡管地方當局反復勸告，他還是拒絕撤離。火山最終爆發，形成了巨大的朝北的火山口，57人在爆發中喪生或者失蹤，哈瑞·杜魯門的屍體也壹直未被發現。如果火山沒有發生在星期天，而是早壹天爆發，伐木工人都會在崗位上工作，死亡人數幾乎肯定會高很多。
火山爆發的遇難者還包括30歲的火山學者大衛·A·約翰斯頓（David A. Johnston）。約翰斯頓在附近的冷水山脊（Coldwater Ridge）進行觀測，在觀測點被熱火山灰雲席卷之前的壹刻留下了他著名的話，也是對火山爆發的最早報告：“溫哥華！溫哥華！爆發來了！”約翰斯頓的屍體壹直未被找到。
美國總統吉米·卡特在視察火山造成的破壞後說“有人說這裏看起來像月球表面。其實跟這裏比起來，月球表面只不過是高爾夫球場。”壹組攝制人員由西雅圖的電影制作人奧托·謝伊拜爾帶領，被直升飛機投放到聖海倫山上，拍攝記錄爆發造成的毀壞。在火山發生第二次爆發，攝制組幸免於難，並在兩天後被國民警衛隊營救。他們的影片“聖海倫山”在1981年上映。 1982年美國總統裏根及美國國會建立了聖海倫山國家火山紀念地，包括了吉福品徹國家森林中聖海倫山周圍445平方公裏的土地。
在1980年火山爆發以後，那壹區域的自然環境逐漸回復了毀滅之前的舊觀。1987年, 國家森林服務（National Forest Service）重新開放火山供登山者登山。火山開放持續到2004年，新的火山活動導致了附近的區域再度關閉。
被關閉的最著名地段是裏季。此前每天最早到達的100個遠足者被允許攀登火山山頂。2006年7月21日起, 火山又再度開放給登山者登山。