被刪的《南京！南京！》70分鐘內容包括：
1、暴力
導演陸川在接受本報記者采訪時表示，影片其實還有近20分鐘表現日本人殘暴的鏡頭。例如，日本人闖進難民營，高圓圓抱著小孩躲在閣樓裏，但日本兵還是發現了她，開始往閣樓裏掃射，小孩子的頭被擊中，血液噴在高圓圓的身上。此外，影片還有大量死傷軍人的鏡頭，高圓圓呈現出完全崩潰的狀態。
2、裸露
除了暴力，《南京》還刪掉大量慰安婦鏡頭。不僅有死去的慰安婦全裸的鏡頭，還有在慰安所中日本軍人強奸慰安婦的鏡頭。實際上，導演陸川並沒有壹味地表現日本人獸性，而是站在人性的角度思考問題。例如，有壹個被刪的鏡頭就是，還是處男的角川，赤裸地躺在他想娶為妻子的慰安婦百合子的懷裏，像壹個孩子。
3、情感
原來的劇本中劉燁飾演的陸劍雄與高圓圓飾演的姜淑雲有壹段感情戲，並且貫穿全片。但在拍攝過程中，拍著拍著就拍不下去了，因為剛剛還在拍活埋的鏡頭，接下來又拍軟綿綿的情感戲，大家都不能接受。
於是劇情幾經修改，最後變成陸劍雄在前四十分鐘就死去，所有人都松了壹口氣。本來，陸劍雄將出現在避難營中與姜老師相遇的，到最後還是被日軍抓走，並且留下了自己的身份編號。而後來大量被屠殺的軍人身份編號章被華小姐匯集，成為了大屠殺的見證。這些都被刪掉。
4、臺詞
許多觀眾在看完《南京》後，都表示範偉飾演的唐先生死得有些突兀。影片中，唐先生本來可以走，但他卻將生的機會留給了自己的同事，但為什麽就壹定要被日本人槍殺呢？陸川表示，在這段敘事中，唐先生的死原來是有鋪墊的。
當時日本人對唐先生說：“活著不是挺好嗎？”唐先生回答說：“我留下來是為了救自己。”實際上，日本人的潛臺詞就已經說得很清楚了，唐先生留下來就是死。不過後來這兩句臺詞被刪掉。
5個小時剪輯了壹年
對於被刪鏡頭，陸川表示，《南京！南京！》原本有近5個小時，但是因為片長的關系，最後剪輯了近1年的時間，變成了現在的2小時15分鐘。對於被刪減鏡頭，陸川坦言，其余的都能接受，只有唐先生的臺詞是最大遺憾。
“例如，在劇本中，角川和百合子的感情戲是有壹條線索的，但考慮到中日兩方戲份的平衡問題，以及尺度問題，被剪掉壹些，我是完全理解的，而且這些剪掉的鏡頭也沒有影響到劇情的發展。至於高圓圓和劉燁的戲份被刪，則是迫於片長的壓力，演員們也都表示理解。”
陸川表示，只有唐先生的臺詞被刪，讓自己有些遺憾，“沒了日本人說的這句話，唐先生的死變得有些不合邏輯，我也不清楚為什麽這句話沒有通過。”