1. 壹名叫做Desmond Miles的酒吧服務生，某天被壹家叫做Abstergo的國際制藥集團綁架，對方的研究員告訴Miles，其實他是古代刺客宗師的直系後裔，需要分析他的DNA來提取祖先的記憶，因為他的祖先Altair知道伊甸園碎片的下落，通過這種方法，Abstergo可以找到這個神器的線索。盡管Miles對自己被綁架壹事非常憤怒，但還是被研究員們強迫推入了虛擬機Animus之中，返回了12世紀的中東。 12世紀的聖殿騎士和刺客聯盟的爭鬥壹直延續著，Miles作為刺客宗師的後裔，找到了祖先Altair的記憶。Altair隸屬於刺客組織阿薩辛，他的師父Mualim壹直在尋找伊甸園碎片，這種神器的力量是給人幻覺，從而控制人的思想。
Altair奉師父之名陸續殺死了九名聖殿騎士，為的是阻止第三次十字軍東征，維護和平。當Altair順利殺死九名目標後，漸漸察覺到自己已被欺騙：原來，當年有十個人找到了壹塊伊甸園碎片，這十人正是九名被殺的騎士和自己的師父Mualim，他之所以利用Altair刺殺掉九名騎士，只是為了壹人獨吞伊甸園碎片，然後通過這個神器控制人們的思想，實現自己獨裁的夢想。得知這壹切真相的Altair非常震驚，他火速返回刺客總部質問自己的師父，而目的達成的師父早已不管Altair的生死，於是師徒二人展開戰鬥，最終Altair成功殺死Mualim，得到了部分伊甸園碎片並將其埋藏，成為刺客聯盟新的首領。 返回到現代的Miles，同樣也得知Abstergo公司的計劃：他們想通過Miles的DNA了解到伊甸園碎片的下落，找到並利用神器控制人類的思想，其目的與當年的Mualim基本相同。Abstergo目前已經持有部分伊甸園碎片，綁架Miles來此只是為了通過他找到當年被Altair埋葬的碎片。這個時候Abstergo的研究員Lucy也向Miles表明身份，原來她是潛伏在Abstergo公司中的間諜，她的真實身份同樣是刺客聯盟的成員，為的只是幫助Miles逃離這裏。Animus的實驗結束後，Miles非常奇異的獲得了祖先的神奇能力“鷹之眼”，通過這個能力他發現了在實驗室休息間的秘密。原來，在他來這裏之前，已經有16位刺客後裔曾被陸續綁架來此，在實驗結束後慘遭殺害，休息間墻壁上寫滿了他們的遺言。壹切結束後，Miles在Lucy的幫助下試圖逃離實驗室。
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Miles和Lucy成功逃離實驗室後，來到了壹個藏身處，這裏有壹臺Animus2.0虛擬機，Lucy讓Miles進入其中，返回古代，繼續通過祖先的記憶獲得伊甸園碎片的線索，並通過探索未知記憶，獲得祖先們的刺客技能（Miles已在前作中獲得了Altair的鷹之眼）。 這次Desmond Miles回到了意大利的文藝復興時期，得到了Altair直系後裔Ezio的記憶（也就是Altair之後的另壹位祖先）。 Ezio生活在意大利的文藝復興時期，他的父親Giovanni Auditore表面上是壹位銀行家，實際上卻是壹名刺客，衣食無憂的Ezio過著貴族公子般的生活。突然有壹天，Giovanni遭人出賣，刺客身份不僅被泄漏，還連累全家滿門遭殃。幸免於難的Ezio依照父親生前的提示，得知了家族的秘密：他們的家族是壹個隱秘的刺客組織，每代刺客中都有四男兩女***六位刺客宗師與壹位真祖轉生（Altair的轉生，Ezio就是這壹代的真祖轉生）。 在夥伴們的幫助下，迅速成熟起來的Ezio學到了壹身出色的刺客本領，繼承了家族的基業。Ezio後來得知，壹個叫做伊甸園碎片的神器散落各地，將這些碎片拼湊起來就是“黃金蘋果”，通過它可以控制人類的思想。
《刺客信條》壁紙(19張)在陸續刺殺多名敵人後，Ezio來到了聖殿騎士亞歷山大六世的面前，他得知黃金蘋果還需要加上權杖才能發揮真正的力量，Ezio跟隨力量來到壹個外星女人的影像前，知道了人類的起源，但還有更多疑問沒來得及詢問影像已經消失。 Miles返回現代後，得知秘密藏身處已經被Abstergo發現，於是眾人又壹次開始了逃亡。 在逃跑途中，Miles通過“鷹之眼”與Ezio的刺殺技能，成功脫離險境。
3.兄弟會
公元1503年，亞歷山大六世依然統治著羅馬，盡管局勢已經混亂，但獨裁者的霸權依然繼續存在。已經成為刺客宗師的Ezio將為信念而戰，誓要帶領刺客聯盟推翻獨裁。
緊接前作《刺客信條II》 ，酒保德斯蒙德·邁爾斯（Desmond Miles）與其余三名現代刺客露西·斯提爾曼（Lucy Stillman）, 肖恩·黑斯廷斯（Shaun Hastings）瑞貝卡·科瑞爾（Rebecca Crane）逃離聖殿騎士團的追擊後到達意大利城市蒙特裏久尼。以已荒廢的Auditore莊園地下室作為新的藏身之所，Desmond再次使用基因記憶追溯機器“Animus 2.0”，再度進入其刺客祖先Ezio Auditore da Firenze的記憶。
1499年12月文藝復興時期，40歲的Ezio於放棄刺殺教皇亞歷山大六世Rodrigo Borgia（聖殿騎士團之首）後回到蒙特裏久尼。1500年1月，教宗之子西澤爾·波奇亞壹天晚上領兵對城市發動攻擊。西澤爾於城破之時奪回Ezio伯父Mario Auditore保管的古代遺物“伊甸碎片”、將之槍殺並命士兵槍傷Ezio。Ezio負傷帶領傭兵及家人逃走後獨自前往意大利首都羅馬，並發現波奇亞家族已幾乎完全控制了整個羅馬市，市區百業蕭條，市民被剝削而生活困苦。以市內臺伯河上的小島臺伯島為基地，Ezio聯結市內妓女、盜賊及傭兵勢力，以及招攬反抗的市民加入其刺客兄弟會以解放在教宗勢力控制下的羅馬。於各方協助下，Ezio得知西澤爾的財政由其兄長胡安·波奇亞負責，而西澤爾則欲借助法國瓦盧瓦公爵路易十二的軍事力量以及發明家達芬奇之戰爭機器以征服意大利。
在把西澤爾的財源和軍隊瓦解以及把達芬奇制造的的戰爭機器毀滅後，Ezio於1503年潛進梵蒂岡聖天使城堡。在欲與教皇對質時得知“伊甸碎片”已落入教皇手上，而教皇因不滿其子無窮的野心（包括對蒙特裏久尼發動攻擊）而對西澤爾下毒。西澤爾得知後反用毒蘋果殺死教皇並到聖彼得大教堂奪回碎片但被Ezio先行奪得。同年12月教皇儒略二世即位並下令拘捕西澤爾。1507年3月Ezio前往西班牙維安納並於圍城戰中與西澤爾進行最後決鬥，Ezio把西澤爾擊敗後將其從城墻投下，最後把碎片藏在羅馬鬥獸場的壹個密室內。
Desmond等四人在找出密室密碼後前往正進行工程的鬥獸場，並從地下通道進入天壇聖母堂。在啟動教堂內機關後Desmond四人成功進入位於教堂地底之朱諾神殿（就是伊甸碎片所在地），但在Desmond拿起伊甸碎片時，被稱為朱諾（Juno）的立體影像（屬遠古時期“第壹文明”種族）控制了其身體使其對Lucy腹部刺了壹刀，至此遊戲主線劇情結束。
4.啟示錄
人類歷史邁入了16世紀，主人公Ezio Auditore也年過半百，不過他的探索還沒有結束。
1511年年初，冒著冬天的嚴寒，Ezio來到了曾經作為刺客總部的中東小鎮馬斯亞夫（Masyaf），尋找祖先Altair Ibn—La‘Ahad留給後代的信息。在他即將踏入刺客城堡的大門時，被壹群手執兵器的士兵包圍。他們是已經覆滅的拜占庭帝國殘存的壹支聖殿騎士，現在他們又漸漸發展壯大。Ezio被抓住，但很快便伺機逃脫。在試圖離開城堡時他通過壹名被聖殿騎士綁架來的人得知了聖殿騎士的陰謀——他們在尋找5把Masyaf Key，來打開刺客城堡中的密室。
循著此人的線索，Ezio殺死了正在逃亡的騎士隊長，從他身上搜得壹本帶有線索的日記，為此在1511年5月，Ezio根據乘船來到了歐亞的交匯處——奧斯曼帝國控制下的君士坦丁堡（土耳其人稱為伊斯坦布爾），他發現聖殿騎士在前拜占庭帝王後代“君士坦丁十壹世”的領導下，迫害君士坦丁堡人民，為奧斯曼王室平民所忌恨。
在刺客大師約瑟夫·塔奇姆（Yusuf Tazim）和剛剛認識的博學女孩Sofia Sartor的幫助下，Ezio逐漸在城中安家落戶，並抓緊時間與聖殿騎士賽跑尋找Masyaf Keys。Ezio還答應了奧斯曼帝國王子，因權力之爭喪父的蘇萊曼（Suleiman，後來的蘇萊曼大帝），幫助他調查聖殿騎士的指揮官是何人和大本營所在。
究竟誰才使這壹切的幕後黑手？是禁衛軍頭子，蘇萊曼父親的朋友塔裏克·巴特裏，還是行蹤詭秘的神秘富豪曼紐爾·帕萊奧洛格斯，甚至還是太子，蘇萊曼的仇人，他的叔叔阿赫邁德？壹切的答案，都在不斷湧現的線索中被解出……