學校現有壹級學科博士點5個，二級學科博士點31個，博士後科研流動站5個，壹級學科碩士點22個，二級學科碩士點114個，碩士專業學位授權點10個（教育碩士、應用統計碩士、體育碩士、漢語國際教育碩士、應用心理碩士、藝術碩士、翻譯碩士、工程碩士、農業推廣碩士、公***管理碩士），本科專業70個。學科專業覆蓋了文、理、工、法等10大學科門類，並可開展在職人員以研究生畢業同等學力申請碩士學位和在職攻讀高等學校教師碩士學位工作。畢業研究生考博率壹直保持在40%以上。初步形成了學科門類較為齊全、師範專業與非師範專業協調發展、結構合理、特色鮮明、優勢明顯的學科專業布局和層次完備的人才培養體系。設有1個獨立學院（杏壇學院），27個院（系），28個研究所，18個省級重點學科，其中包括7個省級重點強化建設項目。7個省級高校科研創新平臺，其中5個省級重點實驗室，2個省級重點強化實驗室，2個省級強化人文社會科學研究基地。設有國家體育總局體育社會科學重點研究基地、教育部曲阜師範大學基礎教育課程研究中心、山東省激光偏光工程技術研究中心、山東省儒學研究基地、山東省體育人文社會科學研究基地和山東省馬克思主義中國化研究基地、山東省中西語言文化交流研究基地。
學校在孔子儒學研究領域形成了自己的特色和優勢。孔子文化學院是國內最早設立的孔子研究專門機構，學院承擔國家社科規劃項目、山東省“十五”、“十壹五”重點課題多項，辦有《儒學研究動態》，每年出版《孔子儒學研究文叢》，多次舉辦國內外儒學學術會議，廣泛進行學術交流，和數十個國家和地區的專家學者建立了學術聯系。學院設有以孔子儒學為研究方向的專門史（思想史）碩士點、博士點、博士後科研流動站，培養了壹大批高層次的傳統文化教學、研究和傳播人才。2000年5月15日，依托該校的孔子文化學院和山東省儒學研究基地，該校與中國孔子基金會及海外投資者聯合創辦了中外合作孔子文化大學。2008年，經國家漢辦批準，該校與加拿大新布倫瑞克省合作成立新布倫瑞克省孔子學院。 國家級特色專業（6個） 漢語言文學 物理學 數學與應用數學 體育教育 教育學 歷史學 省級重點學科（18個）（粗體為7個省級特色重點學科） 運籌學與控制論 光學 外語語言學及應用語言學 中國古代學 野生動植物保護與利用 應用數學 專門史 基礎數學 物理化學 理論物理 成人教育學 漢語國際教育 應用心理學 中***黨史 體育人文社會學 中國現當代文學 人文地理學 政治經濟學省級重點實驗室、工程技術中心（8個） 激光偏光與信息技術實驗室 生命有機分析實驗室 激光偏光工程技術研究中心 南四湖濕地生態與環境保護（強化） 綠色天然產物及醫藥中間體開發 信息材料與光電技術 智能控制技術（強化） 體適能檢測與調控 省級品牌特色專業（12個） 數學與應用數學 物理學 漢語言文學 英語 體育教育 歷史學 生物科學 化學 公***事業管理（體育） 政治思想教育 教育學 地理科學 省級精品課程（15門） 中國古代文學 數學分析 數學教學論 軟件工程 中國現當代文學 思想道德修養與法律基礎 教育心理學 中華人民***和國史 古代漢語 英語語言學概論 物理化學 學校體育學 物理教學論 基礎物理實驗 運籌學 省、部級人文社會科學研究基地（7個） 國家體育總局體育社會科學重點研究基地 山東省體育人文科學研究基地 山東省馬克思主義中國化研究基地 山東省儒學研究基地 山東省中西語言文化交流研究基地 孔子與傳統文化研究中心（強化） 外國語言文化語翻譯研究中心（強化） 省級教學團隊（5個） 函數論教學隊 中國古代史教學團隊 運籌學教學團隊 英語語言學教學團隊 動物生物學教學團隊 省級實驗教學示範中心（3個） 生物學實驗教學示範中心 化學實驗教學示範中心 數字媒體與傳播技術實驗教學示範中心 曲阜師範大學博士後科研流動站（5個） 數學 中國語言文學 歷史學 物理學 體育學 曲阜師範大學博士學位授予專業設置情況（31個） 壹級學科名稱 二級學科名稱 壹級學科名稱 二級學科名稱 馬克思主義理論 馬克思主義中國化研究 歷史學 史學理論及史學史 體育學 體育人文社會學 考古學及博物館學 中國語言文學 文藝學 歷史地理學 語言學及應用語言學 歷史文獻學 漢語言文字學 專門史 中國古典文獻學 中國古代史 中國古代文學 中國近現代史 中國現當代文學 世界史 中國少數民族語言文學 物理學 理論物理 比較文學與世界文學 粒子物理與原子核物理 數學 基礎數學 原子與分子物理 計算數學 等離子體物理 概率論與數理統計 凝聚態物理 應用數學 聲學 運籌學與控制論 光學無線電物理 曲阜師範大學碩士學位授予專業設置情況（114個） 壹級學科名稱 二級學科名稱 壹級學科名稱 二級學科名稱 哲學 馬克思主義哲學 物理學 理論物理 中國哲學 粒子物理與原子核物理 倫理學 原子與分子物理 政治學 政治學理論 等離子體物理 中***黨史 凝聚態物理 馬克思主義理論 馬克思主義基本原理 聲學 馬克思主義發展史 光學 馬克思主義中國化研究 無線電物理 國外馬克思主義研究 電子科學與技術 物理電子學 思想政治教育 電路與系統 中國近現代史基本問題研究 微電子學與固體電子學 教育學 教育學原理 電磁場與微波技術 課程與教學論 地理學 自然地理學 教育史 人文地理學 比較教育學 地圖學與地理信息系統 學前教育學 生物學 植物學 高等教育學 動物學 成人教育學 生理學 職業技術教育學 水生生物學 特殊教育學 微生物學 教育技術學 神經生物學 心理學 基礎心理學 遺傳學 發展與教育心理學 發育生物學 應用心理學 細胞生物學 體育學 體育人文社會學 生物化學與分子生物學 運動人體科學 生物物理學 體育教育訓練學 生態學 民族傳統體育學 系統科學 系統理論 中國語言文學 文藝學 系統分析與集成 語言學及應用語言學 信息與通訊工程 通信與信息系統 漢語言文字學 控制科學與工程 控制理論與控制工程 中國古典文獻學 檢測技術與自動化裝置 中國古代文學 系統工程 中國現當代文學 模式識別與智能系統 中國少數民族語言學 導航、制導與控制 比較文學與世界文學 化學 無機化學 外國語言文學 英語語言文學 分析化學 俄語語言文學 有機化學 法語語言文學 物理化學 德語語言文學 高分子化學與物理 日語語言文學 計算機科學與技術 計算機系統結構 印度語言文學 計算機軟件與理論 西班牙語語言文學 計算機應用技術 阿拉伯語語言文學 數學 基礎數學 歐洲語言文學 計算數學 亞非語言文學 概率論與數理統計 外國語言學及應用語言學 應用數學 歷史學 史學理論與史學史 運籌學與控制論 考古學與博物館學 藝術學 藝術學 歷史地理學 音樂學 歷史文獻學 美術學 專門史 設計藝術學 中國古代史 戲劇戲曲學 中國近現代史 電影學 世界史 廣播電視藝術學 圖書館、情報與檔案管理 圖書館學 舞蹈學 林學 野生動植物保護與利用 公***管理 教育經濟與管理 曲阜師範大學碩士專業學位授予點設置情況（10個） 類別 領域 類別 領域 教育碩士 教育管理 工程碩士 電子與通信工程 學科教學（思政） 控制工程 學科教學（語文） 計算機技術 學科教學（數學） 工業設計工程 學科教學（物理） 翻譯碩士 英語筆譯 學科教學（化學） 英語口譯 學科教學（生物） 俄語筆譯 學科教學（英語） 俄語口譯 學科教學（歷史） 日語筆譯 學科教學（地理） 日語口譯 學科教學（音樂） 法語筆譯 學科教學（體育） 法語口譯 學科教學（美術） 德語筆譯 現代教育技術 德語口譯 小學教育 朝鮮語筆譯 心理健康教育 朝鮮語口譯 科學與技術教育 藝術碩士 美術 體育碩士 體育教學 藝術設計 運動訓練 音樂 社會體育指導 戲劇 農業推廣碩士 農業科技組織與服務 戲曲 農業信息化 電影 應用心理碩士 / 廣播電視 應用統計碩士 / 舞蹈 漢語國際教育碩士 / 公***管理碩士 /