1998年，執導個人首部短片《青澀之翼》。 1999年，擔任短片《起毛球了》的執行制片。2001年，擔任冒險電影《給我壹只貓》的副導演 。
2002年，執導紀錄短片《鴉之王道》 ，該片入圍亞洲電視紀錄短片展、金馬影展國際數位短片獎;同年，執導實驗短片《低度開發的記憶》。2003年，執導紀錄短片《街頭風雲》 。2004年，創作電影長片劇本《E.T.Brother》。
2005年，執導個人首部紀錄長片《翻滾吧!男孩》 ，該片獲得第42屆臺灣電影金馬獎最佳紀錄片獎 。2006年，執導紀錄片《大象男孩與機器女孩》 ;同年，執導由彭於晏、阮經天、劉荷娜聯合主演的劇情電影《六號出口》 。2007年，執導紀錄片《夢想無限》。2008年，執導紀錄片《種樹的男人》 。
2009年，執導微電影《雨過天晴》，該片獲得橫店影視節最佳微電影獎 ;同年，執導劇情電影《六局下半》;此外，還自編自導了由田中千繪、吳懷中搭檔主演的愛情電影《對不起，我愛妳》 。2010年，與多人聯合執導紀錄片《Bye-Bye莫拉克》。
2011年，自編自導由彭於晏、林辰唏***同主演的勵誌電影《翻滾吧!阿信》 ，該片入圍第48屆臺灣電影金馬獎最佳原著劇本獎，他憑借該片入圍第11屆中國長春電影節金鹿獎最佳編劇獎。2012年，執導青春勵誌微電影《給未來的信》，該片由陳柏霖、林辰唏合作主演。2013年，擔任音樂紀錄片《壹首搖滾上月球》的制作人。2014年，執導愛情電影《藏地白皮書》，該片根據傅真、毛銘基的同名小說改編 。
2016年8月9日，由其執導的愛情電影《謊言西西裏》上映，該片講述了韓國留學生俊浩與單純女生小悠之間以謊言為核心的愛情故事 ;同年，參演由黃真真執導的愛情懸疑電影《消失愛人》。2017年，執導紀錄片《翻滾吧!男人》 。2018年7月1日，由其執導的喜劇電影《跳舞吧!大象》開機 。
個人生活林育賢的哥哥是林育信 。
主要作品 導演作品 時間 名稱 類型 2019年 《跳舞吧!大象》 電影 2017年 《翻滾吧!男人》 紀錄片 2016年 《謊言西西裏》 電影 2014年 《藏地白皮書》 電影 2012年 《給未來的信》 微電影 2011年 《翻滾吧!阿信》 電影 2010年 《Bye-Bye莫拉克》 紀錄片 2009年 《對不起，我愛妳》 電影 2009年 《六局下半》 電影 2009年 《雨過天晴》 微電影 2008年 《種樹的男人》 紀錄片 2007年 《夢想無限》 紀錄片 2006年 《大象男孩與機器女孩》 紀錄片 2006年 《六號出口》 電影 2005年 《翻滾吧!男孩》 電影 2003年 《街頭風雲》 紀錄短片 2002年 《鴉之王道》 紀錄短片 2002年 《低度開發的記憶》 實驗短片 1998年 《青澀之翼》 短片 編劇作品 時間 名稱 類型 2011年 《翻滾吧!阿信》 電影 2009年 《對不起，我愛妳》 電影 2004年 《E.T.Brother》 電影 監制作品 時間 名稱 類型 2013年 《壹首搖滾上月球》 紀錄片 2006年 《六號出口》 電影 1999年 《起毛球了》(執行制片) 短片 助理導演 時間 名稱 類型 2001年 《給我壹只貓》 電影 剪輯作品 時間 名稱 類型 2009年 《對不起，我愛妳》 電影 參演電影 劇名 上映時間 扮演角色 導演 合作演員消失愛人
2016
快遞男
黃真真
王珞丹, 黎明
人物評價為了盡可能的平衡藝術性與商業性的關系，林育賢在影片創作上有意識的把故事情節、視聽元素和文化特征盡可能地通俗化、時尚化，以便符合客群的觀影習慣。在其電影中不同社會階級、年齡層次、性格特點的觀眾都能在其中找到生活的原型，從而倍感影片的寫實性，認同感與存在感也就油然而生。從拍攝紀錄短片《鴉之王道》、《街頭風雲》，到紀錄長片《翻滾吧!男孩》，再到劇情長片的制作，林育賢的影視藝術逐漸展露出了自己獨特的風格。林育賢幽默風趣的快節奏手法，對社會人文的細膩觀察和趣味中帶有深刻省思的影視特點對臺灣青春片產生著潛移默化的影響 (《文教資料》評)。