地球上出現了壹個極其神秘的恐怖組織。它的名字叫眼鏡蛇，眼鏡蛇之所以聞名全球，源於它對埃菲爾鐵塔的恐怖行動。在眼鏡蛇的恐怖轟炸下，這座法國的標誌性建築瞬間消失。顯然，眼鏡蛇的這壹行動只是壹個開始。它向全世界宣告眼鏡蛇的成立，但他們的目的隱藏得更深。許多國家開始感到不安，因為他們不知道眼鏡蛇的恐怖行為何時會落入自己的國家，世界處於恐慌狀態。聯合國也為此大傷腦筋，於是在這個時候，壹個總部設在布魯塞爾的秘密行動小組開始大顯身手。這支名為“特種部隊”的特種部隊由霍克將軍(丹尼斯·奎德飾)和許多專家領導，副指揮官是杜克(查寧·塔圖姆飾)。他在越南和霍克打過很多次仗。紅發女子(瑞秋·尼科爾斯飾)是壹位武術大師，她的技術不比男人差。此外還有12名成員，包括開傘索(馬龍·韋恩斯飾演)、通訊員“斷路器”(賽義德·塔馬維飾演)、軍火專家“重載”(arde vol aginuyi-Egbaiji)和沈默寡言的“蛇眼”(雷樸飾演)。他們開始追查行動，很快就查出了眼鏡蛇的陰謀，而他們首先要除掉的就是為眼鏡蛇提供軍火支持的戰爭狂人迪斯特羅(Christoph Eckle飾)，眼鏡蛇中也有很多冷酷無情的鐵人，比如有著美麗外表卻有著壹顆狠心(但卻有著像蛇壹樣狠心)的“男爵夫人”。另外還有白鬼(李秉憲飾)是蛇眼的哥哥，壹直在眼鏡蛇和G.I. JOE之間搖擺不定。為了阻止眼鏡蛇的陰謀，特種部隊發動了壹場大戰。隨著雙方的激烈戰鬥，隱藏了很久的眼鏡蛇首領逐漸暴露了自己的真實身份，他的真實身份會讓G.I.JOE的成員大吃壹驚。