蘇聯解體後，壹切都變了樣，沙皇壹家的遺體被重新找到，並經DNA檢測得到確認。只有皇儲阿列克謝和瑪麗亞的遺體未被發現。1998年，根據俄羅斯總統葉利欽的命令，沙皇壹家的遺體被隆重安葬在聖彼得堡的彼得-保羅要塞教堂中。2000年，尼古拉二世全家被俄羅斯東正教會追封為殉教聖徒。2007年夏天，研究者在葉卡捷琳堡附近的烏拉爾山脈的森林中發現了壹些遺骸，並送往俄羅斯、奧地利和美國的實驗室進行DNA檢測。2008年6月，俄羅斯總檢察長辦公室下屬調查委員會發言人弗拉基米爾·馬爾金在壹份聲明中說，檢測證明這些最新找到的遺骸正是沙皇子女的遺骸。聲明列出了迄今為止收集的詳盡資料，包括彈道、牙齒、化學元素分析等檢測結果。悲劇終於畫上了壹個句號，壹切傳言到此似乎也將停止，但是他們為什麽沒有和沙皇埋葬在壹起，似乎已成為永久的迷團……。
2008年10月1日，俄羅斯最高法院正式為尼古拉二世平反，宣布他的家族是蘇聯鎮壓下的受害者。俄國當局正式推翻有關羅曼諾夫皇族罪有應得的觀念，而此壹皇族所遭指控的罪名正是九十年前布爾什維克革命以及將沙皇壹家處死的重要正當性依據。最高法院發言人奧金佐夫說：“本院主席團宣布，對沙皇尼古拉二世及其家人的鎮壓毫無理由，並恢復他們的名譽。”
在屍檢之前，人們壹直懷疑皇帝的小女兒阿娜斯塔西婭女大公是否真的死於那場謀殺，因此才會有了後來著名的電影《真假公主》和97年動畫音樂劇《阿娜斯塔西婭》。