《故事中的故事》是壹部黑暗童話類型的電影，由三個故事組成，講述的是欲望與代價。
第壹個故事便是總懷不上孩子的皇後渴望孕育胎兒，國王聽信巫師的話前往捕殺海豹，雖成功獵殺，自己卻葬身海豹之手，後用處女女仆來烹制海豹的心臟，皇後吃下之後當晚便產下壹名身患白血病的男嬰，與此同時，那名處女也生下與之壹模壹樣的男嬰，長大後，血緣的相互吸引讓他們成為朋友，皇後難以忍受自己兒子脫離自己的掌控，想將其分開，卻在小山洞中被自己的兒子埃利阿斯所殺。這是母愛的悲劇。
第二個故事描述的是壹個荒淫無道的皇帝盡管酒池肉林，奢靡無度，卻難以抑制自己內心的空虛與寂寞，壹名老嫗美妙的歌聲吸引了他，但老嫗是個年老色衰的女人，在***度壹晚之後國王發現其真面目，命令士兵將其扔下城堡，朵拉被壹名女巫所救，像初生嬰兒般吸吮女巫的乳房之後，朵拉變得美貌動人，又重新贏得了皇帝的寵愛，她的妹妹艾瑪心中嫉妒，在被剝皮之後死去，而朵拉也在影片最後失去了魔法，變回了最初的自己。這是愛情、親情的悲劇。
第三個故事是壹個熱衷養育跳蚤的國王，在跳蚤死後，以誰能猜出皮為跳蚤皮來為自己的女兒維奧萊特招親，沒有人能猜出那是什麽，可壹個突然闖入的野人猜了出來，公主被帶往崖壁之中的洞穴，野人雖相貌醜陋但對公主溫柔以待，維奧萊特難以忍受，在馬戲團家庭的幫助下逃了出來，野人也隨後趕到將馬戲團壹家殺死之後，公主假意溫柔卻以尖刀殺死了野人。浴血歸來的公主當上了女王，實現對自己命運的掌控，這也暗示另壹輪回的開始，以欲望為初。這是自由的悲劇。
每個故事都荒誕離奇，不能用常理來解釋，本以為三個故事各不相關，但影片的最後看似圓滿的結局將三個國家、不同故事中的人串聯在壹起，以壹個在宮殿頂上走鋼絲的人保持平衡為終，通過這壹點可以看出，其實三個故事並非沒有聯系，它們都在訴說著人性的荒誕與誇張，每個故事的主人公為了滿足自己的欲望，總會付出代價，代價與欲望這壹微妙的關系，最終都會以失衡結束。