前往調查降落在太平洋的不明飛行物的海上自衛隊第二司令官尤冠文突然遇到了藍光，在這種光的影響下，他的細胞突然變成了壹個兇猛的怪物“THE ONE”，並到處攻擊。防衛隊的攻擊仍然無效，然後他在防衛廳特別機關BCST的監視下逃脫，並失去了蹤跡...
另壹方面，航空自衛隊F15J戰鬥機飛行員牧紳壹因兒子患有先天性疾病而決定辭職。在最後壹次飛行中，真正的木頭在空中與神秘的紅光相撞。這壹事件與“THE ONE”事件相隔了三個月，真木奇跡般地活了下來，隨後轉行做了民航飛行員，開始了新的生活。
仍有權威人士對這種真木材表示擔憂，尤其是BCST的化學官員水原·沙羅。BCST強行帶走了真正的木材，並將其置於物理監視下，監禁在廢料廠內建造的BCST實驗室中。這時，那個行蹤不明的陌生“那個人”出現了，他好像被什麽東西吸引住了。珍木感覺到了他的呼吸，開始變得焦慮、不耐煩和非常痛苦。遺憾的是，BCST仍然沒有幫助甄母。之後，那個人出現了。雖然辯護小組用壹種特殊的子彈射殺了他，但那顆子彈具有吸收各種生物進化的能力。在他死後，他仍然吸收了大量的生物進化，從而使ONE復活並變得巨大。殘暴的ONE不斷攻擊，使真木失去控制，最後撞壞了地牢的鐵門，出現在ONE面前。在“那壹個”的攻擊下奄奄壹息的真木，在紅光的力量下改變了身體，發生了變化！
他變成了壹個身高10米的銀色鋼鐵身體，偶爾會有壹個真正的木頭自己的意誌與那壹個戰鬥。但是由於超人和真木的融合不完全，能量消耗很快，在壹次決定性的打擊後他又變回了真木。隨後沙羅將“上壹個”之後出現的生命體命名為“下壹個”。在從東京返回BCST研究室的路上，Maki被某種預知告知他的兒子在做夢後住進了醫院，並在他到達醫院後再次見到了他的妻子訾榮。
這時，人類最大的危機出現了。“那壹個”在東京的下水道襲擊了人類。真木和沙羅沖向目的地，卻看到壹群裸體的人朝他們走來，但沙羅下定決心要開槍打死他們。有壹個身體害怕被另壹個侵蝕，並攻擊沙羅。這時，恐懼已經被“那個人”所取代，成為壹種無法變回人類的姿態。
為了保護無辜的人類，神綺又變了！在這場戰鬥中，機動奧特曼進化成了壹個身高40米的巨人，紅色的血液滲透到了他的肌肉中！！
隨著新宿的鬧市區，“下壹個”和“上壹個”決戰之火開始燃燒！
正是因為奧特曼和真木的不完全融合，真木才沒有死。然而，為了不給真木帶來麻煩，奧特曼將兩人分開，真木繼續過著幸福的生活，但奧特曼繼續尋找下壹個合適的人...