幕府每年為了賀年，派賀年使到京都向朝廷獻銀和蠟燭。這年(公元1701年)二月初，吉良義央作為賀年使晉偈朝廷。祝賀儀式結束後，便於2月29日回到江戶。為此，朝廷派敕使柳原前大納言資廉、高野前中納言保春、院使清閑寺前大納言熙定從京都來江戶答謝。
3月11日早晨，淺野長矩和伊達的家臣來到品川驛迎接敕使和院使，計劃在傳奏殿下榻。長矩在前壹天就將家具等搬進傳奏殿了，近衛宮原總右衛門及家臣在殿裏住了壹夜，準備投入接待工作。12日敕使、院使登城，舉行答謝將軍的儀式。13日諸大名在城中宴請敕使、院使，並慰勞觀看能樂。4日上午，因朝廷賞賜將軍德川綱吉的生母桂呂院及嗣子而舉行答謝儀式，所以這天城中很熱鬧。10點左右，根川與總兵衛賴照登城尋找吉良義央，接受招待朝廷使節等的任務，在松樹走廊(因有畫以松樹的屏風而命名)的角柱拐彎處，根川與總兵衛賴照和淺野長矩遇見，根川與拜托長矩說，我作為壹個答謝使者，在傳奏殿向敕使、院使問候的時候請妳多加指教。此時恰巧吉良義央過來，當眾對根川與說：“不懂的話還是問別人，他什麽都不懂。”義央對根川與布置任務後就走。長矩在旁聽了此話，不勝憤怒，勃然變色，高聲叫道：
“義央，等壹下，前幾天記得有什麽宿怨嗎?”並乘義央回頭時拔刀向他頭上砍去，刀砍在頭盔上鏗鏘作響，額上受了傷。
“唉呀！”吉良義央喊了壹聲，正要逃走，肩上又被砍了壹刀，鮮血直流。長矩還想用刀砍他，在附近的根川與急忙跑過來，從後面將長矩的脖子壹把抱住，拖了回來，然後猛力擰住長矩的胳膊將他按倒。
司茶人和品川豐前守伊氏、呂山下總守義寧等聞得出事，便趕過來將不省人事的吉良義央送到櫻廳急救治療。與此同時，負責殿中警備的目付天野傳四郎富重、曾根五郎兵衛長賢和諸大名也迅速趕來，沒收了淺野長矩的兇器，將他帶到柳廳休息廊外面，等候處理。 事件發生後，幕府立即對雙方進行調查。阿部正武等五老中命令多門傳八郎重***和近藤乎八郎重興調查淺野長矩，命令目付大久保權右衛門忠鎮和久留十左衛門正清調查吉良義央。因此在鐵樹廳的壹邊用屏風圍起來審訊淺野長矩，另壹邊的屏風內審訊吉良義央。據長矩說，這不是壹時沖動而發生的殺傷事件，對義央早就有怨恨，對將軍則沒有絲毫逆意，以後任憑處罪。義央則提出根本沒有事情使長矩產生怨恨，完全是背叛上級。雙方陳述完全不符，無法得出結論，只好報告老中和若年寄。老中再通過禦側用人柳澤保明，向將軍綱吉報告。
幕府對這次在舉行救使、院使的答禮儀式的日子裏發生不敬不祥的殺傷事件十分痛恨，判處淺野長矩扣押在奧州壹關領主田村右京大夫建顯的邱宅，即日切腹，並沒收領地，斷絕家名。對方吉良義央因沒有動刀，免以處分，在家養傷。
這樣的判決是將軍綱吉的獨裁行為。綱吉被稱為“犬公方”，在他統治期間士道頹廢，貪汙賄賂橫行。因為綱吉的側用人柳澤保明是吉良義央的親戚，所以才出現如此不經詳細調查的不公正的判決。當時目付眾、若年寄、老中等幕府領導人曾壹致主張再進壹步研究，聽聽雙方的口供再決定，但他們的建議沒有被采納。事件發生壹小時以後，淺野長矩被用囚車送到芝的田村邱宅，晚上6點過後開始切腹。 公元1701年3月14日下午6點多，大目付莊田安利作為正使來到田村職宅，將淺野長矩喚來，宣讀奉書(上級的文件)，然後宣布在院子裏切腹。
當時切腹的習慣是，大名、旗本等的切腹在屋裏進行，其部下則在院子裏進行，不問罪行輕重。淺野長矩雖然犯了大罪，但他是播州赤穗藩53000石俸祿的高貴大名，在院子裏切腹不符合身份。但莊田安利對田村家說，“這是老中的意思，讓他在院子裏切腹吧”。於是罪犯淺野長矩被帶到院子裏去了。
院子裏鋪滿席子，中央是三條草墊，其中鋪著毛毯。壹般切腹場上圍以竹籬笆，但這次沒有安排，因事件發生以來只有七八個小時，時間上來不及。場上周圍掛著燈籠，切腹席的左右放著兩座白木燭臺，以及放切腹刀的三方(儀式用的白木方桌，前、左、右三方有到形的洞)，此外還有盛放頭的木桶和柄勺等。
壹般切腹是在夜裏進行，所以這次選擇下午6點多的時間。這次切腹如此匆忙是有其原因的，因為老中之間有人反對，而且將軍還不知道。不管怎樣，不論在院子裏切腹還是急忙處理都不是莊田安利的獨斷專行，而是上司的命令。
當時執行場上只有幕府的監督使，連田村家的人也不準進入。壹般介錯人(幫助自殺的人)有三名，即壹名砍頭，壹名幫助，另壹名捧頭給監督使檢驗。切腹儀式化逐漸完備是在江戶中期以後，最後作為武家的壹種刑罰被固定下來。它作為壹種“名譽刑”便只重視形式了，如扇子切腹，即用扇子代替短刀，當切腹人從“三方”上拿起扇子的時候，介錯人便將頭砍下了。或切腹的人脫光膀子伸手拿短刀而頭伸向前方的時候，介錯人便砍壹刀。還有壹種“十”字切腹，即切腹者用刀在肚子上劃個十字，手伸人肚中將大小腸拉出來，扔在地上。這是壹種最勇敢的切腹法。
卻說淺野長矩壹切腹，介錯人礬田武大夫就砍頭，親自將頭獻給監督使檢驗。而獻頭也有形式，即右手抓住發髻拿著頭，從屍體右邊繞到監督使前面，先給他看右面，再換左手拿頭，給他看左面。不過礬田武太夫是否按規定去做呢，恐怕沒有那麽從容吧。
這壹切經壹個小時完畢，莊田安利等監督使便離開田村邱宅，回千代田城向幕府報告。淺野長矩的屍體按監督使的命令交給長矩之弟淺野大學的家人。此外短刀、大紋(有大型家徽的衣服)、烏帽子三件東西也交給他們帶去。 “主君切腹，家名斷絕”這壹噩耗終於傳到了淺野長矩的故鄉播州赤穗。赤穗面臨瀨戶內海，與江戶相距630公裏，壹般需要半個月才能到達。同年4月19日幕府使者率領6000人抵達赤穗，開始接收赤穗城。
淺野家的首席家老大石良雄是德川時代家臣，生於1667年，死於1703年。自1701年秋就逃往山科和京都，化名為浮喜大盡。他出人京都、伏見的花街柳巷，還將二條街寺町的二文字屋次郎左衛門的姑娘輕納為妾，引起大家的評論。這是大石良雄的計策，目的在於消除吉良義央所派的密探的懷疑，表示自己意誌消沈，使吉良思想麻痹。次席家老邱野壹郎則負責復仇計劃的聯絡與策劃工作。
當時人們十分同情淺野，紛紛報名參加報仇，至元祿十五年(公元1702年)春，參加者有61人，實際上達125人。大石等的報仇還得到幕閣的同情。 同年7月底至10月上旬，京都大阪地方的同誌陸續抵達江戶，各自尋找落腳的地方。大石自己和10名同誌於10月7日離開京都，下東海道，21日抵達鐮倉。他們沒有立即進江戶城，暫且住在川崎附近平間村的農家約十天，探聽江戶的動靜。見無異樣，11月5日住進日本橋石町三段的小山屋。這裏是江戶最熱鬧的旅館區，不僅因訴訟而來的人，連長崎荷蘭商館長到江戶參拜將軍時也住這裏。
早在9月24日，大石主稅就化名為近江豪商垣見左內，以訴訟的名義在小山屋借旅館。大石良雄化名為左內的叔父垣見五郎兵衛，為監護訴訟而來，其他人都假稱垣見家的親戚或夥計。有的人則五六人為壹組，分別借宿商店，打扮成兵法家、商人、醫生、劍客等，盡量避人耳目。
12月2日，大石良雄召集大家在深川八幡前的酒店開會，討論行動計劃，公布由田忠左門起草的宣言及行動的備忘錄。大家重新表示決心，並詳細討論了集會地點、時間以及取首級時的失敗、撤退和防禦幕府檢察使等的具體措施。最後決定12月15日行動。
前二天下了鵝毛大雪，地上積雪有尺把厚。12月15日，天總算晴了，但天氣很冷，滴水成冰。淩晨2點，淺野家的47名家臣在大石良雄的率領下，冒著寒風，踏著皚皚白雪，全副武裝來到江戶本所松扳町吉良義央的邱宅。吉良家是南北34間、東西73間的大宅院，義士們分兩組進入大院。第壹組是外門組，***23人，由大石良雄指揮；第二組是內門組，***24人，由大石良金指揮。外門組的大高源五、小野寺幸右衛門、吉田澤右衛門等越墻入內，先將看門人縛住，然後打開大門。他們壹面喊著“淺野長矩家臣為主君報仇”、“取吉良義央的狗頭”，壹面沖進屋裏。他們的目標只是吉良義央壹個人，阻擋者殺，逃者不追。他們逼迫廚房用人點起數十支蠟燭，把走廊和數十個房間照得很亮，開始了壹場大混戰。戰鬥持續兩個小時，吉良方面大敗，戰死16人，負傷23人。義士方面則無人戰死，只有幾名輕傷。雖然吉良方面有100多人參加戰鬥，二倍於義士，但仍慘敗。這是因為義士方面采用了山鹿流兵法——“壹向二裏”，即壹人與敵人正面作戰，二人在左右或背後作戰。而且還采用了外門和內門同時沖入，三人或四人密切配合的集體戰術。時值冬天；此時天未亮，屋裏還很黑暗，他們用“山”、“川”的口令來區別敵我。他們到處搜尋吉良義央，但沒有找到。偶爾在廚房裏聽見有人聲，十次郎和次郎左衛門便破門進屋。突然器物從黑暗中飛來，先跳出壹人，被次郎左衛門殺死。後又出來壹人拼命搏鬥，也被殺死。後來發覺裏面還有人，十次郎便沖過去，發現二名敵人。他正要向外逃走，被武林唯七壹刀斬死。那人穿著白小袖襯衣，正是仇人吉良義央。十次郎立即取下首級，用白絹包好，吹響“呼子笛”，大家集合，向附近的無緣寺回向院撤退。
此時朝陽冉冉從東方升起，將大地的積雪照得程亮，47名義士終於替主君報了仇。上午8點以大石良雄為首的義士們到淺野家的菩提寺萬松山的泉嶽寺，將吉良義央的首級供奉在主君淺野長矩的墳前，報告復仇成功。他們壹壹燒香，為主君祈福。 關於這個重大案件幕府是怎樣處理呢？當時武家法度規定，關於大名家之間的家臣群私鬥，大名、旗本、同士的決鬥等，以所謂“喧嘩兩成敗”處理，即雙方都斷絕家名。但因和吉良家親近的柳澤保明是將軍綱吉所深信的側用人，所以沒有按照常規，對吉良義央寬大處理。這次47名赤穗義士殺了吉良義央，幕府當然要嚴肅處理。
獲生菹徠說，“法是天下之大綱，天下壹日廢法則國家政道不能立”，主張以士之禮處以切腹。這樣，既立了天下大法，又立了他們的義，兩全其美。將軍采納了獲生菹徠的意見。
當天(15日)晚上11點，46名(原來是47人，其中寺板吉右衛門信行復仇後逃生)被分別押送到四位大名家裏看管。即押送到熊本的細川氏家是大石良雄等17人，伊予松山的松平氏家是大石良金等10人，長州的毛利氏家是岡鳴常村等10人，岡崎的水野氏家是奧田貞右衛門行高等9人。
元祿十六年(1703)2月4日，最後下達全體切腹的命令。下午2點監督切腹的官吏分別到達四位大名家，46名誌士各自準備定當，留下遺言，走進切腹場。四家選擇武士分別為切腹人做介錯，幫助切腹。下午4點四個地方同時開始切腹。
卻說以大石良雄為首的17人壹組，於當晚(1702年12月25日)深夜校押送到細川氏家。紉川綱利對他們的壯舉抱有好意，盡管已是深夜，他還出來相見。其後又關懷備至，各方面給與優待。每餐總是五菜二湯，白天外加糕點，夜裏還有夜餐，此事傳到將軍綱吉的耳裏，便下令即日切腹。1703年2月4日下午，荒木十左衛門來到細川氏家監督切腹。
細川氏家的切腹地點是在大書院前的大院子裏。荒木十左衛門等監督使坐在大書院裏的屏風前等候，大石良雄等17人在大書院旁邊的房間裏等候，17名介錯人各自在走廊裏等候。
切腹的地方鋪好三張草墊，其上鋪以白布，背後圍以白椎幕，前面安置著白屏風。壹般人切腹的地方布置大致相同，但還因其身份及當時的各種條件而不同。如其他三家的切腹場上只鋪兩張草墊，淺野長矩切腹時鋪15張草墊，上面再鋪二張用毛毯包的草墊。
全體切腹於下午4點開始，最先傳喚的是大石良雄，良雄走近切腹場的時候，潮田又之遠叫道：“大家也馬上來。”
良雄的介錯人是細川綱利的家臣安場壹平，在他家中還流傳著細川家的切腹圖。根據此畫，大石良雄整個上半身裸露，右手拿著短刀，三方(白木方桌)與壹般不同，反方向放著。安場壹平穿著上下壹色的武士禮服，褲腳高卷到膝上，插在腰帶裏，解開無袖外衣，正將大刀舉過頭頂。壹般大概是良雄將匕首戮進肚子成功，安場壹平砍頭，助壹臂之力，並立刻抓住良雄的發譬，將首級向監督使出示，監督使壹點頭，檢驗儀式就算結束。為不讓監督使看到屍體，下級武士立即豎起屏風，將頭和遺體用白布包好，運到儀式場外，故人準備好的棺材裏。
根據遺書，大石良雄等17人被送到泉嶽寺。每輛車上放壹口棺材，每口棺材點了面對燈籠，由家臣壹名，步兵四名跟從，前後由警衛保護。
晚上10點左右，由泉嶽寺住持酬山和尚進行簡單的葬禮，大家壹起被埋葬於主君淺野長矩墳墓的旁邊。那時已經淩晨4點，快要天亮了。 元祿復仇事件發生以後，當時的人都稱贊他們的忠義和勇氣，特別赤穗領的百姓對他們的死表示同情，建立寺廟日夜參拜。幕府儒官室塢巢著《赤穗義士》，贊美他們的壯舉和忠義凜然之氣節。大學頭林信駕作詩贊道：
精誠貫日死何悔，義氣拔山生太輕。
四十六人齊伏刃，上天無意佐忠貞。
當時義士的英勇忠義的事跡通過各種文藝形式廣泛流傳民間，特別歌舞伎《忠臣藏》受到人們的歡迎。至近代，義士的事跡通過小說、電影、電視、戲劇更加深入人心，家喻戶曉。
赤穗47義士在日本史上享有崇高的地位，近300年來關於赤穗義士的史傳、說贊、評傳、事跡、史料集等著作有數百之多，但不免被過分美化和偶像化，特別日本法西斯軍國主義利用義士的崇高形象欺騙人民上戰場，在侵略戰爭失敗時還仿效他們進行切腹，這可以說對後世的壹個壞影響吧！