《青之六號》電影劇照(17張)近未來，由於人口的增加和環境的惡化，陸地上的生活已經達到極限。於是世界各國組成了超越國界的國際組織“青”，但是青設立之初活躍的科學家Zorndyke不知為何背叛了人類，宣布要殲滅人類，他的第壹步就是用人工方式讓海水上升，這壹災難導致了十億人的死亡。存活下來的人們在退潮後的海岸邊再次建起都市，雖然艱難，但還是充滿活力地繼續生活下去。
可是災難才剛剛是開始，莊代克創造出了海洋新生命，擁有高度智能的他們將Zorndyke推崇為父親，進行著抹殺全人類的計劃，而青是人類唯壹的希望...
當紀之第壹次見到鐵時，對因厭世而墮落的鐵抱著厭惡和懷疑，但仍然按照命令要求他歸隊。鐵當然地回絕了這個“邀請”，可是在之後海蜘蛛襲擊港口的戰鬥中，將紀之救出的卻是鐵...回到6號後，鐵也與眾不同地與大家格格不入。責任心極強的紀之雖然討厭鐵的處世態度，但也崇拜他高超的戰鬥技術，並且產生了對鐵的關懷。
在與Zorndyke軍的戰鬥中，鐵看到從海蜘蛛駕駛艙裏掉出的水中生物--妙迪歐，並幫助在陸地上不能呼吸的她(？)回到大海，在相互的註視中...
回到青的海中基地，鐵見到了兩年前與Zorndyke軍遭遇後存活下來的前輩，可是出現在眼前的狀況更讓他陷入深深的自責...Zorndyke出現在會議室的大屏幕上：“我並不想成為神...只是想讓妳們好好地思考”。基地受到了來自敵人的強烈攻擊，鐵駕駛著格蘭巴斯沖向敵人，6號倉促迎戰。
落入大海的鐵被妙迪歐救起，與妙迪歐的接觸中，鐵發覺有壹個問題必須弄清，而能夠回答這個問題的只有Zorndyke本人。另壹方面，失去基地的青作出了最後的戰略計劃--向Zorndyke所在的南極使用核武器。回歸6號的鐵無力阻止這壹決定，只有象兩年前壹樣，再次成為派往Zorndyke的使者...
誰可以決定人類的命運？
當所有記憶都被深藍的海水淹沒，我們失去了腳下的土地時，是不是就意味著滅亡？或者，可以，找到，另壹種生存的方法...如果我們能夠容忍...
當壹個並非自願的世界出現在人類面前，當我們必須作出壹個不情願的選擇...
在回歸始初的地球上，生命並不會終結...
為發泄仇恨而選擇的毀滅，毀滅的不僅是仇敵，還是我們自己...