機艙增壓測試後，機組忘記將增壓開關從“手動模式”換到“自動模式”，飛行員沒有註意到。當飛機在“自動駕駛模式”下爬升超過15000英尺時，機艙無法自動增壓，因為機上的增壓系統處於手動模式，空氣稀薄，氧氣不足。
2.機長和副駕駛因判斷失誤缺氧失去意識。
機長和副駕駛壹直以為飛機上的空調出了故障，沒有戴口罩，所以很快就失去了意識，處於昏迷狀態，導致飛機無人駕駛，飛機在自動駕駛模式下壹直爬升。失事客機的機長是壹名德國飛行員。但機長可能是因為通訊問題未能理解地面管制員的指令，或者是當時缺氧影響了機長的判斷和註意力。
3.機長和副駕駛昏迷，導致飛機持續爬升，機艙氧氣不足。
在機艙內，由於機艙頂部的氧氣罩在機艙缺氧的情況下會自動下降，機艙內的乘客會自動戴上氧氣罩。但是氧氣面罩裏的氧氣只能支撐12分鐘左右，因為這種設計只是用來在高空失壓的情況下支持短時間使用，直到飛機下降到高含氧量空域。但由於當時副駕駛已經不省人事，飛機沒有下降而是繼續爬升。
當氧氣面罩裏的氧氣用完時，大部分人會因為缺氧而失去知覺，陷入昏迷。於是，F-16戰鬥機的飛行員看到機艙內所有乘客都沒有反應，駕駛艙內只能看到副駕駛，而機長卻無處可尋。飛機在希臘沒有飛行員控制進場，只能依靠自動駕駛模式停留在空中等待命令。
4.這架飛機燃料不足
空姐安德烈亞斯拿著應急備用氧氣瓶走向駕駛室，為副駕駛戴上了口罩。然後他坐在機長座位上，試圖挽救飛機。他試圖用非常微弱的聲音呼救，但最終飛機因燃料不足而墜毀。
擴展數據:
阿波羅522“幽靈飛行”墜毀時間表；
1航班起飛時間，09:00預定。
2.09:07，飛機從塞浦路斯拉納卡國際機場起飛。
3.10:37航班進入了雅典的飛行情報區，但空中交通管制員無法與該航班取得聯系。
4.10:45航班預計抵達雅典。
5.10:55，希臘軍隊總參謀長帕納吉奧蒂斯·奇諾弗蒂斯下令用軍用飛機監視這架飛機。
6.11:05兩個F-16？戰鬥機從希臘的埃拉索起飛。
7、11:18戰鬥機飛行員看到副駕駛躺在駕駛艙的儀表盤上昏迷不醒，但沒有發現恐怖襲擊的跡象。
8，12:04飛機墜毀在雅典東北部的格拉瑪提科斯附近。
9.13:10航班計劃抵達捷克共和國布拉格。
這壹次，工程師很難從壹個疏忽開始，因為溝通問題埋下了壹個死胡同，無論事後如何掙紮，都沒能改變結局。因為這件事，本來規模就不大的太陽神航空公司受到了嚴重的打擊。2006年，太陽神航空公司停飛並關閉，因為其銀行賬戶被政府凍結。
雅典附近的赫利俄斯飛機失事紀念地居然是高空缺氧的安全事故，這絕不是第壹次。早在1999，美國聖捷航空公司的裏爾35噴氣式飛機就因為同樣的原因墜毀。這兩起事故驚人地相似。還被F-16戰機偵察，也是無力回天，墜毀在地。航空領域空難頻發，每壹次空難都帶來很多總結和提升。也許是看到生命如此脆弱之後，我們才會真的說出心裏的這些話。1999因為這樣奇怪的原因造成了空難，調查也得到了很多修正，比如人工語言，行程檢測等等。
參考資料:
百度百科-太陽神522航班事故