後來，柯南和小蘭碰巧在船上的某個地方發現壹些士兵在房間裏說話，桌子上有壹個用布蓋著的東西，原來是壹個軍官的左臂！後來，經過調查，得知這是壹級海軍上校普楊潔負責保護宙斯盾情報的手臂。我很可能被殺了，然後屍體被吸入船的進水口，導致手臂被扯斷並留在濾網上被發現。調查隨後開始，警察乘直升機抵達。警察在宙斯盾艦的甲板上發現了石浦洋介的手機，但裏面的存儲卡不見了，懷疑是在船上遇害的。因此毛利小五郎推斷，浦是在甲板上與外國間諜X進行交易時被推入海中死亡的。但事情不可能這麽簡單。柯南首先聯系了大阪的服部平次，請他來附近幫忙。然後他通過海事衛星電話將藤井七海的照片發送到阿笠博士（這是博士的新發明，每個人的手機在登船前都被沒收了）。因此，自衛隊中沒有這樣的人。柯南對藤井七海更加懷疑，很有可能她就是間諜x .柯南跟蹤藤井七海，發現她來到船長室查看機密文件。然後他用衛星電話在船長室發射電磁波，被值班人員發現，所有人都沖向船長室。警方還懷疑藤井是兇手。無奈之下，藤井啟海透露了自己的身份。原來他是國防部長（國防部長）直屬的高級情報人員。早上，他得知宙斯盾艦的秘密文件被澀谷佑泄露，前來調查。她首先找到叛徒的手機並取出存儲卡，發現裏面有許多機密信息。間諜X仍然潛伏在船上！
這時，平二在港口附近發現了塞浦洋介的屍體，他淹死了，但港口離船太遠了。它是怎麽浮起來的？今天是這艘船的開放日，許多人來參觀它，但龔宇父子行為反常。龔宇的父親經常不和孩子們在壹起。當柯南稱他為龔宇的父親時，他久久沒有回應。原來他就是假扮雨宮父親的間諜X，柯南假扮孩子父親當場暴露了真面目。就在柯南準備釋放足球並踢倒間諜時，他出人意料地踩到了毛利大叔的鍍金名片，並滑到地上讓間諜逃跑。間諜然後威脅愚公扮成父子和他壹起到甲板上來，恰巧被小蘭看到。小孩愚公鼓起勇氣大聲向小蘭求助，小蘭用高超的空手道與間諜X搏鬥。
與此同時，大阪警方還發現了與間諜X有聯系的外國間諜武川的下落，平二和葉禾竭盡全力追捕他。葉在機場的貨倉裏發現了壹個間諜組織，並追捕到了他。沒想到，特務掏出手槍，對準了葉。關鍵時刻，飛身而起，用自己的身體擋住了子彈（沒什麽大不了的），然後他們緊緊地擁抱在壹起，葉哭了，他們的感情有了很大的發展。。。尷尬的
案件的真相逐漸大白於天下。原來，塞浦洋介是壹個叛徒，他打算將宙斯盾艦的機密信息透露給間諜X .然而，當塞浦洋介在港口附近的船上向間諜X揮舞信號旗以指示宙斯盾艦的位置時，被海上保安廳的倉田正明發現，塞浦洋介在追擊過程中墜崖身亡。為了掩蓋自己的工作失誤，誤導破案的方向，倉田正昭讓所有人都認為他是在船上被殺的。間諜x無路可走，在高塔上綁架了壹名士兵。柯南來到界碑後面的甲板上，然後他掛了。甚至對印度的阿三也充滿了欽佩。他用結實的鞋子用盡全力將足球踢向囚犯，不僅踢到了鋼鐵炮塔，而且間諜被足球擊中後飛到了十幾米的空中。太假了，他沒有摔死。。。。
正當大家忙著抓捕罪犯時，小蘭突然失蹤了。原來她在與間諜的鬥爭中不幸墜海。但此時宙斯盾艦已經航行很遠，太陽即將落山，而且海域很大，很難找。關鍵時刻，柯南想起小蘭的手表是壹款電波手表，會在整點時發射電磁波與天文臺校準。於是這艘船打開雷達進行搜索。幾分鐘後，就在傍晚五點鐘，發現了壹個微弱的電磁信號。反潛直升機沖了過去，到達了大概的落水位置，但由於海域面積太大，還是沒有找到。就在這時，小蘭跑過去扔出了她父親的數百張鍍金名片，這些名片在海面上反射出金光，最後被發現救了下來。總的來說，清朝的劇情場景還是很驚險刺激的，關於日本海上自衛隊的很多知識也在意料之中，但估計不會在中國影院上映，因為涉及國防和軍事等敏感話題。