阿爾瑪死於難以忍受的折磨和產後虛弱。男主人韋德把阿爾瑪關在地下室，擔心她的抗體泄漏。後來，戒備森嚴的空管被泄露。阿爾瑪的意願傳達給了她的兒子帕克斯頓·費特勒，她的復仇計劃通過他展開。最後主角得知自己是阿爾瑪當年生下的另壹個男嬰，整個計劃由ATC主導，目的是培養超級士兵。
這次任務是他們最後的考驗。得知真相後，主角決定摧毀ATC內部的核反應堆，並引發核爆炸摧毀ATC。當主角離開內部時，壹場核爆炸剛剛發生。幸運的是，主角只受到了爆炸波的影響，F.E.A.R .的直升機隨後趕到，但在登上直升機後沒多久，主角突然看到了母親的身影。
擴展數據:
簡介-
故事起源於25年前，科學家海倫？韋德找到了他8歲的養女艾瑪？韋德有壹種稱為心靈感應的抗體，可以立即治愈受感染的人。他的女兒成為拯救世界的希望，阿瑪查姆科技公司（ATC）。
得知此事後，他決定和博士壹起投資654.38+0億美元研發新武器。這個計劃的名字叫起源計劃，對象是他的親生女兒。他把女兒放在壹個巨大的容器裏，放在壹個地下室裏，在他身上無休止地進行了七年的各種實驗。為了復制她的抗體，ATC準備對她進行進壹步的研究。
後來病毒爆發，空管局的雇傭兵準備炸毀醫院毀屍滅跡。在逃到地面的過程中，主角受到了阿爾瑪的攻擊，壹個自稱蛇拳的人向他提供了幫助，並告訴他因為這次行動，主角的精神力量大大增加，變得更加醒目，這導致阿爾瑪吸收了主角。
逃到地面後，只剩下四個人去蛇拳藏身的韋德小學。小學時，主角發現這裏是ATC“Paragon”項目的實驗場地。與此同時，主角還了解到所謂的“先知”計劃是在壹代人的時間裏創造壹個類似帕克斯頓·費特的精神力量指揮官來控制克隆士兵。
主角和另壹位幸存的隊友基岡最有希望。在地下實驗室裏，主角找到了蛇拳，蛇拳實際上是壹名空管研究員。在被克隆人殺手殺死之前，蛇拳告訴主角，為了打敗阿爾瑪，必須在斯蒂爾島（第壹代阿爾瑪被囚禁的地方）加強主角的精神力量並打敗阿爾瑪。