展覽由4個基礎展、6個專題展、1個360度電影、1個半山水畫、1個觀眾實踐中心和3個臨時展組成。展覽內容主要有壯美的三峽、遠離古巴和重慶、重慶進城路、抗戰歲月等。專題展覽有李捐贈文物、歷代書畫、歷代瓷器、漢代雕塑藝術、西南民族民俗、歷代錢幣等。
在四大基本陳列中，《壯麗三峽》以豐富的文物展示了三峽的歷史、文化和人文精神。《遠離古巴和重慶》集中展示了重慶的古代文明，並通過收集石器時代和青銅時代的文物追溯了3000年的文化根源。重慶:進城之路，有大量的文物，反映了20世紀100年間重慶所面臨的壹些機遇和發展，包括城市的變遷，商業金融中心地位的形成，工業的興起。掃描曾經推動過重慶的人和事，展現直轄後重慶的風采。抗戰歲月，豐富的文物，彰顯了重慶及其人民在中國反法西斯戰爭、抗日戰爭和世界反法西斯戰爭中，為人類和平進步事業做出的貢獻和犧牲。在6個具有亮點的專題展覽中，李捐贈文物展是已故著名收藏家、黨的高級幹部李為紀念這位革命老人的無私奉獻，展示其高超的文物鑒賞能力而捐贈的文物藏品。歷代名家書畫作品展共展出南宋至民國時期名家書畫作品1000余件(其中國家壹級文物約170件)。“歷代瓷器展”展出了8000件歷代珍品中的200多件。漢代雕塑藝術展選取了重慶獨特的雕塑，包括著名的說書人、巴渝鳥、舞陽韓闕等約300件展品。“歷代錢幣展”重點展示中國古代北幣到當代人民幣，展品超過2000件。西南民俗展集中展示中國西南少數民族的民俗生活和工藝美術。
《三峽周邊數字電影》——中央電視臺和中央新聞電影制片廠負責航拍和後期制作。用高科技電影的方式反映了庫區蓄水前三峽的自然風光和人文風情，是對三峽工程前三峽的永久紀念。每天三場，放映時間分別為11: 30、14: 30、15: 30，每場約22分鐘。
“重慶大轟炸半景觀展廳”——通過現代科技手段、雕塑、油畫的綜合形成，反映重慶大轟炸的歷史事件，讓觀眾“親臨”轟炸現場，感受轟炸的慘烈，再現抗日戰爭中作為戰時首都的重慶被日軍飛機轟炸的慘烈和慘烈，喚起人們對和平和生命的珍惜。這些展示方式容易讓大眾理解，容易產生興趣，最終接受。專家們會在遣詞造句、詞匯運用等方面充分照顧公眾的語言習慣，確保公眾聽得懂、看得懂。
三個臨時展廳將用於舉辦國際和國內文化交流和展覽，以及在重要紀念日、節日和重大慶典上安排的專題展覽。
館內還會有觀眾實踐中心，讓博物館與遊客充分互動。在這個觀眾實踐中心，重點是組織青少年參與趣味考古，直接參與三峽考古現場，開展模擬勘探、發掘等考古活動。在書畫鑒賞的互動中，讓觀眾從參觀者的身份轉變為欣賞者的身份，在書畫專家的指導下學習和品味精品書畫，學習書畫裝裱技巧，提高自身的書畫鑒賞水平。在歷代陶瓷的臨摹互動中，參與者會在專業人士的指導下臨摹、模仿這些作品，嘗試還原文物。所有這些互動活動都旨在讓遊客獲得休閑娛樂方面的相關技能和知識。宏偉的三峽展覽館分為四個單元:自然的三峽、山水之間的三峽、浪漫的三峽和永遠的三峽。該單元講述了長江三峽地區經過數十億年的海相和陸相沈積，在晉寧運動、印支運動、燕山運動、喜馬拉雅運動等地質運動的影響下，形成的獨特地貌和秀美山川。
主要內容包括:長江和三峽的形成和概況，三峽的氣候，三峽的動植物等。
主要展品有:矽化木、金雕、疏柏枝、黑木、煉鋅遺址等。《山河之間》這壹單元講述了三峽人民在特殊的自然環境中，在與山河的碰撞中，傳承歷史，創造文明，形成了獨特的三峽文明。
主要內容包括:三峽民居、三峽跟蹤器等。
主要展品有:三峽傳統民居建築、木刻《石柱縣項氏族譜研究》、三峽主要交通工具等。這壹單元講述了長江三峽豐富多彩的歷史文化、神話傳說和千古流傳的壯麗詩篇。
主要內容包括:三國故事、水文文化、道教文化、巫文化等。
主要展品有:駢將軍印章、關羽銅像、繡制“前師表”、鎖河鐵柱、金腰帶、明墓藏品、秦良玉“太子太保將軍鎮”印章、墓碑銘文、景雲、白鶴亮、鎏金棺銅牌、唐代龜蔔等。永遠的三峽本單元講述了波瀾壯闊的三峽水利樞紐工程和三峽移民精神，建成了國內第壹個全周數字無縫銀幕電影廳，為了更好地保存和展現三峽大壩蓄水前的三峽原貌。
主要展品有:毛澤東手書的《水貂頭遊泳》、孫中山的《民生》和《三峽》數字銀幕電影。