媽媽為去外國照顧意外昏迷的爸爸，將兒子小豆豆帶往基隆外婆家暫住。外婆是個捉鬼大師，她家後院裏破爛的儲藏室是外婆不準小豆接近的禁地。可小豆沒聽外婆的話，打開了壹個貼了封條的罐子後，黑貓被魔鬼附身了，它告訴小豆，只要讓外婆掉三次眼淚，收破爛的人就會把她帶走，而賣外婆的錢可以買飛機票讓爸爸、媽媽回家。在外婆家的時候，小豆還認識了壹條像大象那麽大的鯨魚，撿到了壹條被大卡車軋扁的蛇阿扁，發現了壹個臉蛋像紅蘋果壹樣的女孩Apple。小豆幫助了這三個別人看不見的朋友，同時也慢慢地和外婆有了感情。過了幾天，媽媽從國外打來電話，說要跟爸爸壹起回來。想到小豆即將離開，外婆有點難過，她用破舊的自行車帶著小豆，邊玩邊回憶女兒出嫁前的情景，竟留下眼淚來。這時黑貓已吸了很多人的魂，變得碩大無比，它趁外婆不在的時候，吃了Apple，小豆卻以為是外婆把她趕走了，大發脾氣，外婆不得已又出去找Apple，結果被埋伏的黑貓攻擊，出了車禍。惡鬼們傾巢而出，魔法外婆該怎麽辦？
故事本身老土得掉渣，但在王小棣的掌控下被賦予了新的色彩。所料不差，王小棣雖出任導演，但動畫導演另有其人即臺灣著名漫畫家麥仁傑，從而將《魔法阿媽》營造成漫畫式動畫類型。影片的造型設計相對簡單，人物的表情也不是很豐富，這樣在某些戲劇性的場面中人物的情緒便顯得不太飽滿，對阿媽和其他壹些出場人物的線索交代也比較模糊和曖昧（包括片頭的過場戲），但這並不影響《魔法阿媽》的觀賞性，尤其值得壹提的是影片的背景制作極為出色，特別是有關漁村部分的全景設計更能看出臺灣動畫制作人的專業素養。
由於多少受到了日本動畫的影響，因此可以將《魔法阿媽》與日本動畫片作比較，當然不是在技法上，而是在影片傳達的意念上。八十年代的日本浪漫派動畫往往通過建構非現實的世界來闡述觀念，特別象宮崎 駿的作品。他的“風之谷”、“龍貓”只是壹個概念符號。同樣“魔法阿媽”也具有這樣的特點。“魔法阿媽”本身就介於人與“非人”之間，影片開頭的設壇封鬼就給人以強烈的印象。“魔法阿媽”使即便是作女兒的也無法理解，然而卻是當地不可或缺的人物。豆豆的偶然出現使她的生活平衡被打破，但“魔法阿媽”的內心情感也因此被引發，由此產生的感人基調貫穿影片始終，尤其是將故事背景的設定在人們熟悉的環境中，更顯得親切自然。
“魔法阿媽”是現代社會的壹個異數，可以說也是影片作者鄉土情懷的中介。影片中僅在豆豆出場時有過寥寥幾筆非常簡單的城市場面，與後來的精致的背景設計形成鮮明對比。甫到阿媽家呈現給觀眾的也是壹片灰暗破敗的景象，隨著劇情的發展，畫面的色彩也逐漸明亮絢爛，伴隨著“魔法阿媽”和豆豆間關系的轉變，更多代表的是壹種感情上的認同。在豆豆出場後，有不少鏡頭都是運用他的主觀視角，因此這種變化也代表了豆豆的心理反映，從而完成城市到鄉村的情感跨越。影片根據孩童的語言特點設計了許多的搞笑的情節和對白，頗具趣味性，使觀眾能在輕松的氣氛中感受濃郁而又淳樸的鄉土氛圍。王小棣此次未擔當她壹貫擅長的編劇，因此這種情感是否其本人的內心流露不得而知，但她對全片氣氛的把握非常到位，並善於調動各種元素來進行渲染和鋪墊。各具特色的國語表達方式及傳插其間的臺語運用得很成功，音調鮮活動人，充分揭示了人物的性格特點，多少彌補了動畫制作上的缺憾。音樂也是片中的壹個亮點，特別在阿媽帶著豆豆騎單車的段落中，綿緩抒情的歌曲配上回憶式的畫面，感人至深，個人以為這是影片最為出彩的部分。
《魔法阿媽》沒有攙雜任何說教的成份，生者和死者，阿民和大鯨魚，豆豆和阿媽，彼此之間的情感交流在情節的合理鋪排下發揮的得淋漓盡致，在意境的表達上絲毫不亞於美日等國的大制作，4千萬臺幣的低投入能產生如此效果，實屬難能可貴，不管影片最後成功與否，至少為今後國產動畫點明了制作的方向，同時也開了個好頭。