美麗的綠色草原陽光明媚，風和日麗。那是楊村的百年慶典，但是慢楊洋的村長倒了。摔倒的是慢羊羊——壹只大蝸牛。經過檢查，村長的慢羊羊沒事，而蝸牛看起來像是治病受了重傷。經過慢羊羊村長的診斷，這只蝸牛得了和百年前壹樣的病——瘟疫。壹百年前，年幼年幼的慢羊羊，和他的祖先阮勉壹起，也為蝸牛治過這種病，但是阮勉再也沒有回來。...
慢羊羊村長準備用和軟上次壹樣的方法——進入蝸牛進行治療。因為上次進去的軟存在沒有回來，比較危險，所以慢羊羊村長決定壹個人去。然而，好動又擔心村長年老的孩子們卻坐不住了。他們用微型藥水進入蝸牛的身體，而慢羊羊則喝加速藥水，只留下班長暖羊羊照顧村長。
就在這時，狼堡的主人大狼王為了滿足妻子洪太郎和不滿壹歲的兒子小灰的要求，進入羊村趕羊。他看到喜羊羊和其他小羊跳進蝸牛裏，也跟著進去了(之前電視動畫片解釋大灰狼發明升級了更大的藥丸和更小的藥丸)。大灰狼拼命在蝸牛體內挖陷阱抓小羊，但陷阱不幸卡住了白牛國的壹名士兵。原來白牛國在和黑牛國打仗。被卡話的戰士叫冬冬強，但他是個逃兵。冬冬強剛被喜羊羊、幹羊等人救出，就被白牛州知府帶走了。灰太狼正在挖的另壹個陷阱剛好卡在黑牛國的國王身上，於是被黑牛國逮捕了。
由於戰事激烈，喜羊羊和灰太狼被加入到戰爭雙方的隊伍中，作為外軍加入戰爭。灰太狼因其發明和制造技術深受黑牛國國王賞識，為黑牛國制造了壹系列山寨坦克。而喜羊羊用縮小劑打敗了灰太狼的放大丸放大的模型坦克，也贏得了白牛國(阿牛配音)的青睞。
冬冬強是個可憐的孤兒。除了眼睛右邊的黑圈，他和其他白牛沒什麽區別，但就是這個黑圈，讓他被其他牛叫作王八蛋。原來，冬冬強的媽媽是黑牛鄉村軍醫。她在戰後出任務的時候救了冬冬強父親壹命，然後冬冬強父親救了他壹命。這兩種細菌跨越種族、朋友或敵人以及膚色而墜入愛河。但他們的愛情對於兩個有世仇的國家來說，是絕對不能容忍的。於是他們跑向深山。但黑人和白人國家沒有放棄，聯合攻擊他們的住所。因為襲擊，巖石崩塌，兩個可憐的戀人被埋。冬冬強被白牛果收留，因為他是白人。
這時，大灰狼為黑牛國發明了山寨飛機。機群攻擊了白牛國，喜羊羊卻在外面叫暖羊羊，打了壹身噴嚏。這時候黑牛國敗的如山倒，白牛國趁機進攻。我也不想，但是後方的線報顯示，白牛王國的首都被黃牛王國攻占了。灰太狼趁機投靠了黃牛王國，並幫助黃牛王國的君主發明了壹個控制器來控制其他細菌。這時喜羊羊才意識到，黃牛菌是蝸牛感染鼠疫的罪魁禍首。於是他們準備進入黃牛黨國家的首都，消滅控制者，解救蝸牛。
喜羊羊、沸羊羊、美洲山羊、懶羊羊、東東強乘坐植物制成的滑翔機進入黃牛國領空，卻遭到黃牛國防空炮火的襲擊。所有滑翔機都被擊落，但有五人安全著陸。來圍捕敵方飛行員的牛國跳菌，居然在東東強叫王者。喜羊羊也跟著玩，壹路假扮“國王”來到宮殿核心區，卻撞見了另壹個長得和東東強壹模壹樣的細菌，不過他的黑眼圈在左邊。
這時，洪太郎見丈夫久久未歸，便帶著小灰趕到楊村尋找大灰狼。當他從慢羊羊口中得知大灰狼已經進入蝸牛體內，情況危險時，他堅持要進入蝸牛體內營救大灰狼。雖然慢羊羊拒絕了，但是，不講理的小灰抓起水槍減藥水，對著慢羊羊和媽媽噴了壹會兒，又噴了自己。就這樣，三人進入了蝸牛。
灰太狼因為失去了利用價值，被牛王國的龐加甲國王吞並了。假扮國王和喜羊羊被真正的國王彭佳佳逮捕並投入監獄。剛進來的慢羊羊洪太郎也被放在了同壹個地方。這時，他們居然在監獄裏找到了壹百年前進入蝸牛體內的柔軟。軟軟道出了這壹切的緣由:原來百年前的那場瘟疫也是牛菌引起的。不過，黃牛菌雖然脾氣暴躁，容易失控，但天性乖巧活潑。於是阮勉每天給他們吃糖壹樣的鎮靜劑，不讓他們失控。然而，作為柔戰孤兒的彭佳佳，內心充滿仇恨，厭世，所以對柔的日常說教產生了叛逆。於是彭佳佳把阮勉關了起來，用黃牛菌做他的戰士，進壹步挑撥本已惡化的黑白關系，加以利用，進而達到統治蝸牛內心世界的目的。
就在這時，彭佳佳意外發現東東強是他失散已久的雙胞胎哥哥。冬冬強用這個把龐家嘉灌醉，趕過去的時候放羊逃跑，被龐家嘉發現了。喜羊羊本打算用縮小藥水對付龐加嘉，結果發現他們帶來的都是慢羊羊的速度升級藥水。喜羊羊把這些能讓人拉肚子的藥水放進彭佳佳嘴裏的時候被吞了。後來，他和大灰狼被心煩意亂的彭佳佳拖進了廁所。
這時，灰太狼原本打算留作後路的爆炸裝置被他們意外激活，炸掉了控制器。流動的液體充滿了整個控制室，慢羊羊軟了，沸羊羊懶了，美羊羊和洪太郎都逃出了控制室。而彭佳佳卻把他的哥哥冬冬強、喜羊羊、灰太狼關在控制室裏，為他瘋狂計劃的失敗陪葬。喜羊羊趁著灰太狼平時被鍋射的機會打開了控制室的天窗。冬冬強拼命救弟弟，灰卻掉進液體裏差點淹死。初為人父的灰太狼不肯離開兒子，卻不想平時的死敵喜羊羊來救灰，於是灰太狼父子也被成功解救。可惜喜羊羊因為天花板掉了，被永遠卡在了控制室。
說服大軍牛菌和睦相處，除了喜羊羊，大家順利回歸外界，楊村開始舉辦百年慶典，但是沒有喜羊羊，大家都不開心。這時，新打扮的灰太狼夫婦也帶著心愛的兒子前來參加楊村百年慶典。兩人因為喜羊羊救孩子的善舉，答應以後不再吃羊送禮物。
高興地打開禮物的羊被毒氣熏倒了。灰太狼夫婦大獲全勝，帶領羊群大獲全勝。突然洪太郎像個瘋子壹樣用煎鍋打了灰太狼的頭。而那個熟悉的聲音又回到了大家身邊:“灰太狼，這是妳發明的控制器。”喜羊羊在用控制器控制紅太郎打灰太狼。原來喜羊羊又壹次被蝸牛排泄，通過撿拾灰太狼的放大丸成功脫險！然後喜羊羊原諒了灰太狼壹家的行為，用大炮把他們射向天空。當然，最後灰太狼說，該死的喜羊羊，我壹定會回來的！