十字路口行動的籌辦，與美國軍種之間關於空中武力的爭議有莫大關連。早於1900年代，美國陸軍及海軍各自在軍種內部發展航空部隊。第壹次世界大戰結束後，陸軍航空勤務隊的威廉·米切爾準將力陳空權至上觀念，指陸軍轟炸機不但是陸上戰爭的致勝關鍵，更有能力壓制水面艦艇，從而控制海洋，要求國會成立獨立空軍，並將海軍的航空兵以至航空母艦全數撥歸空軍旗下。為力證海軍水面艦艇無法防禦飛機轟炸，米切爾更利用多次轟炸水面靶艦實驗，向國會及公眾宣揚空權。在軍費緊縮的大前提下，國會及輿論壹度傾向米切爾觀點：昂貴的無畏艦似乎遠不及陸軍轟炸機般便宜有效。
此事在海軍內部激起軒然大波。海軍當時不乏支持發展航空聲音，包括高級將官威廉·索登·西姆斯（William S. Sims）、中層軍官威廉·莫菲爾德（William A. Moffett）、約瑟·李維（Joseph M. Reeves）以至飛行員領袖約翰·陶爾士（John H. Towers）、亨利·馬斯廷（Henry C. Mustin）及馬克·米切爾等等，均有意引證航空母艦將在未來海戰發揮關鍵作用；部分人觀點更與米切爾相近，認同航母將會取代水面軍艦──尤其是戰列艦的主導角色。這些軍官在當時海軍均為異數，無法成為主流；但米切爾的獨立空軍若然成事，將直接損害海軍軍種利益，使海軍內部團結壹致抵抗。在美國海軍軍令部長及將官會議的背書下，莫菲爾德在1922年成功說服國會否決獨立空軍，同意水面軍艦仍能抵抗空中轟炸，並準許海軍成立海軍航空署（Bureau of Aeronautics），以保障海航發展。
第二次世界大戰後期，美國軍界陸續得悉原子彈的研發，並欲壹探其潛在威力。早在1944年，洛斯阿拉莫斯國家實驗室便曾研究以原子彈攻擊特魯克環礁，以摧毀集中在該處的日軍艦艇，不過當時日本海軍早被美國第五艦隊重創，而特魯克又在吉爾伯特群島及馬紹爾群島戰事為美國迅速孤立，計劃未有成事。1945年8月15日，日本在廣島及長崎原爆後無條件投降。此時不論陸航抑或海軍，均不了解核爆對水面部隊的破壞力。故此海軍軍令部長恩斯特·金恩、美國陸軍航空軍司令亨利·哈裏·阿諾德及將軍柯蒂斯·李梅，都贊同為此進行壹場核試。
不過，海軍內部對這場核試卻心懷警惕。1922年米切爾透過陸海軍靶艦實驗，指飛機能輕易摧毀無畏艦，幾乎將海軍航空侵吞；倘若核武獲證明可輕易摧毀壹支艦隊，水面艦艇以至海軍能否繼續生存？在軍費勢必縮減的前提下，陸航及核武會否比海軍軍艦更為劃算？就在日本投降次日，海軍軍官李維斯·施特勞斯（Lewis Strauss，日後第三任美國原子能委員會主席）即時向美國海軍部長詹姆斯·福萊斯特提交內部文件，建議舉行針對水面艦艇的核試，並對外詮釋海軍艦艇對核武的抵抗力，“……否則海軍無力應付核武的輿論四起，勢必打擊海軍戰後實力。”這項建議最終為十字路口行動的初步構思。
事實上陸航的確欲透過核試，以展示核武對海軍艦隊的破壞力量。施特勞斯發出內部文件後九日，美國參議員拜恩·麥克馬洪（Brien McMahon）發表公開聲明，同樣提出舉行壹場針對水面艦艇的核試，但目標是引證“核武如何有效地摧毀水面軍艦。”9月19日，阿諾德引用麥克馬洪提議，正式要求海軍交出10艘日本俘虜軍艦作核試用途。
由於陸航與海軍均欲進行核試，金恩在10月16日同意陸航要求，並建議舉辦壹次陸海軍聯合核試，由參謀長聯席會議統籌。27日金恩向傳媒公布核試初步構思，預備投入80至100艘多余軍艦，當中大多數為美國軍艦；但要到12月10日，海軍才正式宣布即將與陸軍作聯合核試。在壹翻爭奪下，1946年1月11日威廉·白蘭地（William H. P. Blandy）海軍中將獲任命為第壹陸海軍聯合特遣艦隊（Joint Task Force 1, JTF-1）之首，負責設計及監控“十字路口行動”核試；而參與曼哈頓計劃的陸軍萊斯利·格羅夫斯上校（Leslie Groves）則告落選。然而，施特勞斯起初建議海軍將軍艦分布在廣闊海域，但白蘭地在陸軍壓力下，被迫同意將軍艦集結，並註滿燃料及彈藥，使軍艦更易起火沈沒。海軍起初亦希望評核委員會全由海軍將官出任，但在麥克馬洪的壓力下，杜魯門下令設立民間獨立委員會，以確保評核能客觀中立呈現予美國公眾。十字路口行動至此正式升級為海軍與陸航的輿論戰場。按照當時助理海軍部長侯活·彼得森（Howard C. Peterson）所說，核試“即將決定海軍命運……倘若海軍在核試中表現較公眾想像出眾，則海軍必可取得輿論勝利。”
不過，十字路口行動在籌備階段，曾遭遇多方反對。洛斯阿拉莫斯實驗室發表警告，稱水上核試將使海水受到嚴重輻射汙染；而參與的海軍水兵更會沾染輻射，危害健康。面對輿論質疑核試將會以人體為實驗，白蘭度表示海軍會在靶艦上置放動物測試，又引起動物權益關註者反對。
在外交界方面，美國國務卿詹姆斯·F·伯爾尼斯亦反對核試。1946年1月，在美國及蘇聯的支持下，聯合國原子能委員會得以成立，以監控各國核能發展。當時美國原子能國際政策專門委員會正草擬艾奇遜－利連索爾報告（Acheson–Lilienthal Report），為美國政府制訂核能政策提供參考。伯爾尼斯認為十字路口核試勢必成為蘇聯拒絕限制核武的借口，提出延期舉行核試，更希望核試永不舉辦。核試最終因此押後至7月舉行。
十字路口行動同樣招來其他爭議。部分國會議員質疑核試使美國喪失拆解船艦的物料及金錢；而不少海軍軍兵亦對舊艦有濃厚感情，紐約州及賓夕法尼亞州老兵及議員更要求海軍仿效德克薩斯號戰列艦做法，保留紐約號戰列艦及賓夕法尼亞號戰列艦作博物館，然而這些提議悉數遭海軍否決。