前往調查地落在太平洋的不明飛行物的海上自衛隊二尉－－有慟貫文,突然遭遇到藍色光芒,而在這光芒影響下其細胞產生突然異變而變成兇惡怪獸"THE ONE"，並四處襲擊。防衛隊的攻擊依然無效，之後他在防衛廳的特殊機關BCST(對生物恐怖活動研究機關)的監視下脫逃而失去蹤跡……
另壹方面,航空自衛隊F15J戰機駕駛員-真木舜壹,為了患有先天性疾病的兒子繼夢在壹起,因而而決定辭職。就在最後壹次飛行時,真木在空中跟壹個神秘的紅色光芒在空中發生沖撞。此事跟"THE ONE"事件相隔了3個月，真木奇跡生還,然後轉職成民航機飛行員,展開了新生活。
對這樣的真木還是有機關非常關註,尤其是BCST中的化學擔當官－－水原沙羅。BCST將真木強制帶走,在廢工廠中搭建的BCST研究室進行身監視禁錮。此時行蹤不明的怪"THE ONE"像被某種東西吸引而現身了，真木感覺到他的氣息，開始變得焦慮、急躁，非常痛苦。可惜，BCST還是沒有幫助真木。之後，THE ONE出現了，防衛隊雖然用特殊子彈射死了他，但THE ONE擁有吸收各種生物進化的能力，死了之後依然能吸收了大量的生物進化，從而使到THE ONE復活並巨大化。殘暴的THE ONE不斷攻擊，令到真木失控，最終撞壞了地牢的鐵門，出現 在THE ONE面前。遭受"THE ONE"攻擊而瀕死的真木,身體發生了變化,在紅光的力量之下變身了！
變身成身高10米擁有銀色的鋼鐵身體型態,偶爾還有自己意誌的真木,跟THE ONE展開作戰,但是由於超人和真木不完全融合,以致能量快速消耗,在遭到決定性的壹擊後變回了真木。然後沙羅將這個在"THE ONE"之後出現的生命體定名為"THE NEXT"，真木在從東京被護送回BCST研究室的途中被某種預知能力得知兒子繼夢入院的消息,在趕到醫院後跟妻子蓉子再次的碰面了。
此時,人類最大的危機出現了,"THE ONE"在東京的下水道襲擊人類，真木和沙羅趕到目的地，卻見到光著身子的有慟向著他們走來，但沙羅下決心向有慟開槍。有慟的身體再次被THE ONE侵蝕，向沙羅襲擊。這個時候的有慟已經被"THE ONE"取代,已經成為不能變回為人的姿態了。
為了保護無辜的人類，真木再次變身！在這次戰鬥裏面，奈克斯特進化為身高40米，身體的肌肉部分滲透紅色的血的巨人！！
以新宿副市中心，"THE NEXT"與"THE ONE"的決戰之火開始燃燒了！
正是由於奧特曼和真木沒有完全融合，真木才沒有身亡。但是，奧特曼為了不再連累真木，於是兩者分離了，真木繼續幸福的生活，奧特曼卻繼續尋找下壹個適能者……