根據電影已有的信息，我們大概可以總結出這樣的的故事：
三年前，外星人入侵地球，降落在燈塔。外星人通過壹種光脈沖，產生了“閃光”。閃光是壹個棱鏡，把所有東西都折射了，不僅僅是光和無線電信號，還有動植物的DNA。
因此，人會變成植物，魚變得透明，鱷魚的牙齒變得像鯊魚，樹長出了了水晶，鹿角長出梅花，軍人肚子裏的內臟在流動，安雅（吉娜·羅德裏格茲 飾）的指紋在變化。
除此之外，熊吃掉了凱茜（圖娃·諾沃妮 飾）的聲帶，再加上熊和凱茜的DNA發生了折射，於是熊發出了人類的聲音。
科考組織從陸路、水路投放無人機、動物、人員小隊進行調查，通通是有去無回。壹名外星人克隆成凱恩（奧斯卡·伊薩克 飾）的樣子，走出了X區域，並假裝成凱恩。至於走出X區域的是莉娜（娜塔莉·波特曼 飾），還是克隆人莉娜，沒有標準答案。
值得註意的是，整部電影都是由莉娜的視角展開，相當於是她對科學家洛馬克斯（本尼迪克特·王 飾）講的壹個故事，而關於這個故事的真實性，我們不得而知。
註意：在《湮滅》裏，Annihilation是個暗語，心理學家（局長，電影裏那犯癌癥的）可以通過這些暗語去操縱受過心理調節訓練的其他隊員，壹旦她喊Annihilation，隊員就會立即無條件地自殺。但是女主角生物學家在X區域裏漸漸就不受影響，最後心理學家對她喊了壹遍遍湮滅湮滅，生物學家毫無反應。
正電子和負電子就像亞當和夏娃，它們代表著壹個個不同的人類個體，似乎每個都擁有著“自由意誌”，或者稱為靈魂，隨便。七十億人之所以可以處於壹個空間卻沒有發生湮滅，就因為天然的距離，妳無法看到我的心思，我也看不到妳的心靈。
這種距離是地球人類這種生命形式的基礎，所以也會帶來種種的猜疑，這壹點無處不表現在三部曲裏面，第壹部幽靈鳥和丈夫明明是同壹類人，明明極為相愛，卻因為這種距離而猜疑而幾乎破裂；第二部南境局和總局的勾心鬥角，人類文明都死到臨頭了，卻還在那裏為了些芝麻綠豆內鬥個不停。