1999年，由於數碼世界資料異常增生，導致數碼世界和現實世界的連接發生紊亂。地球上相應地出現奇怪的自然現象：東南亞沒有下雨，池塘全部幹涸；中東卻因為連場大雨發生洪水；美國則遇到有史以來最寒冷的冬天。
11歲的少年八神太壹和他的六個朋友壹起參加了夏令營，卻被神秘地送到了壹個多彩的數碼世界。在那裏，他們得到了叫做“數碼寶貝”的搭檔。這些孩子被認為是數字世界的未來，他們與數碼寶貝們壹起要解開控制這個可怕的數碼世界之謎。當他們踏上這個偉大的征程時，因特網成了他們的戰場。
進入數碼世界的八神太壹他們遇到了兇惡的怪獸貝殼獸，眼看大家都要被抓住的時候，太壹的亞古獸忽然進化成為暴龍獸，拯救了他們。進化到底是怎麽回事情？數碼世界究竟是什麽？無數的謎團出現在被召選的小朋友們面前。隨著故事的發展，漸漸地數碼寶貝變得更加強大，而小朋友們也開始明白友情的重要。
通過無數的努力和巨大的犧牲，孩子們終於戰勝了極惡魔王，取得了勝利，坐公交車，返回地球。
第二部介紹：
第1次冒險的3年後，數碼世界又隨即開始出現新的危機，為此而出現了新的被選中的孩子來拯救這個世界。除了高石武和八神嘉兒外，原本被選中的孩子們都進入了中學，他們不能再長時間地守護數碼世界和他們的數碼獸夥伴。某日，壹位自稱數碼皇帝（Digimon Caesar）的少年突然出現攻擊數碼獸，還利用黑暗螺旋環和黑暗塔企圖控制數碼獸們。在他的處處逼迫之下，數碼獸迫於無奈展開戰鬥。
新壹代被選中的孩子們***3個，另外還有高石武和八神嘉兒繼續參戰。他們每個人都獲得壹臺新的數碼機“D-3”，他們以此通過電腦進入數碼世界，另外壹個用處是“裝甲進化”（Armor shinka），只要使用數碼裝甲就可以讓他們的數碼獸即使在黑暗力量的控制下，也可以完成進化。最後，大家成功阻止數碼皇帝和基米拉獸（Chimairamon）陰謀，可是他的最重要的數碼獸──蟲蟲獸因為小賢（數碼皇帝的主人格）的錯而死去。
小賢對他之前錯誤的行為感到後悔，所以決定加入被選中的孩子們，與新出現的敵人亞基利獸（Archnemon）和她的夥伴木乃伊獸（Mummymon）戰鬥。亞基利獸有獨特的力量可以把黑暗之塔變成數碼獸形態並加以控制。為了與這個新的威脅戰鬥，孩子們得知了合體進化（Jogress shinka），使他們的數碼獸合體以獲得更多力量。最後，當戰鬥被帶入現實世界，真正的策劃者——及川 悠紀夫出現。他從小賢那裏得到了黑暗種子，並把它植入了希望和小賢壹樣的孩子們的身體裏。那些種子利用孩子們心中黑暗的力量成長成為花。最終，被選中的孩子們面對及川，知道了他是個極端不合群的人，他唯壹的朋友是伊織的父親——火田浩樹。浩樹和及川年輕的時候經常在壹起玩電子遊戲，最終著迷於數碼世界並且非常希望到那裏去。最後，有個物體從他的身體裏彈出，原來是第壹部中的吸血魔獸（Vamdemon)的殘留意識,現在再生為貝利亞吸血魔獸（Belial Vamdemon）。
故事的最後，全世界的被選中的孩子全部幫忙，打敗了貝利亞吸血魔獸。存在於每個人心中的光明和希望令數碼世界重新回到那個美好的地方，而及川因為太虛弱而不能進入數碼世界，他把自己的力量送給了自己熱愛的數碼世界，和數碼世界永遠在壹起。和平恢復後，數碼世界和現實世界被聯系起來，每個人都擁有了自己的數碼獸。
第三部簡介：
2000年代，十分熱愛數碼獸、稍微有點率真，個性極普通的小學五年級男生松田啟人設計出了壹只數碼獸，對他來說與朋友玩數碼獸卡片遊戲，上課時偷偷地把自己創作的數碼獸畫在筆記簿上，就是他最大的樂趣！啟人某日竟偶然得到了壹張能大大改變命運的，以往從未有人見過的不可思議的藍色卡片——Blue card！
因為對真正數碼獸的無比向往，令他的刷卡器變成了真正的數碼機——“D-Ark”，就在把藍卡放進讀卡機的瞬間，冒險之門已經打開了！啟人與接著到訪的命運拍檔——基爾獸相遇，之後又認識了李健良和牧野留姬，他們遇到了自己的數碼獸拍檔，與來到現實世界的數碼獸戰鬥。最初的冒險在現實世界展開，然而數碼世界四聖獸之壹的朱雀獸為了保護他們的進化之光，不斷派遣帝魔（十二只以中國生肖為原型的數碼獸）來到現實世界，而後又把握有數碼獸進化關鍵的古樂獸帶走，啟人壹行人為了救它，帶了博和、樹莉以及健太，決定進入數碼世界。在數碼世界中，啟人壹行人又遇到了傳說中的馴獸師——秋山遼。而後又遇到了被傳送至數碼世界的健良的妹妹——李小春。他們8個人在得到了四聖獸的認可後，帶著古樂獸回到現實世界，然而，數碼世界中“最強的敵人”——可以消除壹切的數碼死神侵略了現實世界，現實世界面臨消失的危機，啟人壹行人經歷了無數戰鬥，終於成功消滅了數碼死神，拯救兩個世界的危機。最後的結局雖然以人類與數碼獸告別收場，但結尾仍充滿希望...
第四部簡介：
很久以前，數碼世界中的人型數碼獸和獸型數碼獸發生沖突，戰爭不斷，後來天使型光明獸平息了這場戰爭並成為數碼世界的統治者，後來他變得專制，不斷虐待其他數碼獸，這時出現了十位鬥士，經過激戰後封印了光明獸，留下了鬥士之魂，受三大天使數碼獸掌管。此後數碼世界在三大天使數碼獸的統治下得到和平
可是有壹天，數碼世界出現了新的黑暗勢力，三大天使之壹的基路比獸受邪氣感染，很
多數碼獸被基路比獸傳染而變得殘暴，不斷吞食數碼世界的數據。十個鬥士之魂，歸於三天使( 熾天使塞拉菲獸、座天使奧菲尼獸和智天使基路比獸)，作為三大天使之壹的它擁有了其中五個鬥士之魂(土、水、木、鋼、暗)，並以此做出了五位邪惡鬥士
壹天，現實世界有許多孩子收到了來自數碼世界奧菲尼獸的求救SMS，終選召出6位繼承了傳說中的鬥士(其中的輝壹本是邪惡鬥士)，踏入數碼世界。壹開始，他們都不合群且以自我為中心，然而隨著劇情發展，他們都變得成熟
途中與邪惡鬥士角力，後5位邪惡鬥士被逐壹擊破，救出被黑暗操控的輝壹，並打敗基路比獸
然而基路比獸消滅後，黑暗勢力並未消散，6位鬥士發現了基路比獸被光明獸暗中利用，而基路比獸並不知情。六翅獸派出領主騎士獸和君主獸兩位皇家騎士繼續收集數碼世界的數碼密碼，只要得到整個數碼世界的數據，光明獸便會復活。光明獸復活後，除了想要統治數碼世界外，還妄想侵略現實世界，最終被須佐之男獸消滅。
第五部簡介：
初二學生大門大意外地遇到了亞古獸，兩人見面就大打出手，事後亞古獸稱大為大哥，但是數碼特搜部隊（DATS）不容許未受其隊員管理的數碼獸留存在這個世界上，必需送回數碼世界，而後湯島告訴大若加入DATS他就可以跟數碼世界的強敵戰鬥，大因此加入DATS，與淑乃及托瑪組成小組，壹同解決數碼事件。
托瑪發現日本的數碼事件頻率增加並非偶然，因此請假回到歐洲調查，發現根源來自於人類的七宗罪。而比丘獸的事情讓大他們知道了其幕後黑手是究極體數碼獸——墨丘利獸搞的鬼，也因此決定動身前往數碼世界。而在數碼世界，他們見到了壹個人類小孩——郁人，他自稱數碼獸，對人類懷有怨恨。
歷經艱難以後和湯島老人會合並見到了墨丘利獸，墨丘利獸指責人類沒有遵守約定，嚴重幹擾了數碼世界的秩序，對數碼獸實施殘酷的殺戮，然而湯島卻壹再強調人類什麽事情都沒有做。最後談判破裂，湯島壹面努力制造混亂局面，壹面把大壹行人送回了人類世界，自己卻留在了數碼世界。回到人類世界的大家決定去見見郁人的父母。
在見到郁人的父母後，郁人拒絕承認自己人類的身份，在大的開導下，他才準備融入這個家庭，並希望回到數碼世界，跟墨丘利獸告別。然而等待他們的，卻是墨丘利獸的死亡，而殺死它的，就是曾經和大的父親，郁人的父母以及湯島、薩摩壹同前往過數碼世界的倉田。
第六部簡介：
●普通篇（主要環繞各隊伍彼此爭奪Zone）
第01話至第30話
壹天，工藤大器偶然聽到了神秘聲音的呼喚，而成為了指揮官，與朋友們壹起來到了數碼世界中，在那裏認識了眾多的數碼獸同伴。然而他們將要擔負起拯救數碼世界的重任。為了防止企圖稱霸數碼世界的巴古拉軍而努力的收集著各個領域的水晶，令他們意想不到的是在數碼世界中除了他們外竟然還有別的人類在數碼世界中活躍著…
●邪惡的死亡指揮官與七個王國
第31話至第54話
經過了第30話中的東京大決戰後，數碼世界已經落入了巴古拉軍手中。為了讓數碼世界再次得到和平，工藤大器和高吼獸決定再次回到危機四伏的數碼世界。但是，數碼世界已經相比之前的旅程過了幾個月，數碼世界亦變成了巴古拉軍支配下的地獄世界。數碼世界被巴古拉軍分裂為七個國家（Land），並由七名可怕的巴古拉軍將軍所統治，而這七名巴古拉軍將軍就是本新篇章的主要敵人。此外，本篇章亦出現全新力量「超進化」。
●穿越時空的少年獵人們
第55話至第79話
與巴古拉獸的最終決戰已經過去了壹年，工藤大器升上了中學二年級。不知從何時起陪伴在身邊的好友明裏和善二郎等人已經不在，取而代之的是天野音音的弟弟—天野悠。「Xros Heart」以籃球隊的名義繼續存在著，隊伍中有壹名尊敬著大器學長的成員—明石激。壹天，明石激被卷入了街上所發生的異變之中，工藤大器、明石激和天野悠等人的冒險之旅即將展開新的篇章！