目錄列表（1-144話全）：
1、前往合眾地方！捷克羅姆的身影
2、艾莉絲與牙牙
3、水水獺！黑眼鱷！危在旦夕
4、對戰俱樂部！神秘的神奇寶貝現身
5、三曜道館 VS爆香猴、冷水猴、花椰猴
6、夢的遺址！食夢夢和夢夢蝕
7、藤藤蛇·迷人收服
8、火紅不倒翁與達摩狒狒!鐘塔的秘密
9、蜈蚣王發飆!救出牙牙
10、勁敵對戰！強敵輕飄飄
11、石居蟹！取回自己的家吧
12、破破袋戰隊與秘密基地
13、泡沫栗鼠有潔癖
14、七寶市！博物館大冒險
15、七寶道館賽VS道館訓練家·蘆薈
16、再次挑戰七寶道館！新絕招爆發
17、從蛋中孵出的小霸王
18、矢車森林！蟲寶包與亞堤
19、酒侍對決！石居蟹VS雙刃丸
20、皮卡丘VS黑眼鱷VS鴨寶寶
21、天之箭橋與歌德小姐
22、飛雲市！百足蜈蚣恐慌
23、飛雲道館賽！純情之心的蟲系神奇寶貝對戰
24、釣魚酒侍！天桐登場
25、要小心可愛臉蛋！導電飛鼠電到發麻
26、導電飛鼠VS藤藤蛇！交換伏特大混亂
27、燭光靈大宅的恐怖故事
28、通往龍系大師之道！牙牙VS赤面龍
29、消失的扇貝貝！水水獺最大的危機
30、戀愛中的木棉球乘風飛翔
31、小灰怪與不明飛行物體
32、勁敵對戰!迷妳冰、搬運小匠參戰
33、藍蟾蜍、泥巴魚！水邊的戰鬥
34、龍之破壞者登場！艾莉絲與龍頭地鼠
35、石丸子！發射光澤電炮吧
36、酒侍偵探天桐！差不多娃娃失蹤事件
37、化石復活！古代怪鳥始祖大鳥
38、索羅亞電影！神奇寶貝騎士傳說
39、全體集合！東·喬治對戰
40、激戰東·喬治對戰！藤藤蛇VS駒刀小兵
41、白熱化的東·喬治對戰！導電飛鼠VS打擊鬼
42、決戰東·喬治對戰！小智對艾莉絲
43、交涉喵·喵喵！頭巾混混說服作戰
44、要小心扒手貓！喵喵與水水獺
45、大宇怪與雙卵細胞球與夢境小偷
46、交涉喵·喵喵！突破凍原熊的森林
47、疾奔！對戰地下鐵（前篇）
48、疾奔！對戰地下鐵（後篇）
49、道館訓練家是超級模特兒！小菊兒登場
50、雷文道館！華麗的電擊對戰
51、小智、天桐對地下鐵總控官
52、小智對冠軍·阿戴克
53、前往彩虹另壹頭！街頭沙鈴的音樂劇
54、芽吹鹿！春夏秋冬全部到齊
55、滑頭小子與任性的哥德寶寶
56、艾莉絲與單首龍!撫養屋修行
57、敏捷戰士對幾何雪男
58、天桐與伯特，兄弟對決！爆香猴VS花椰猴
59、龍卷雲VS雷電雲VS土地雲（前篇）
60、龍卷雲VS雷電雲VS土地雲（後篇）
61、地底的道館賽！VS菊老大
62、電電蟲、電蜘蛛！電石洞穴
63、通訊交換進化！騎士蝸牛和敏捷蟲
64、黑英雄的遺跡！象征鳥與死神棺
65、二對二對戰！皮卡丘·混混鱷VS蜈蚣王·蟾蜍王
66、爆爆頭GO！爆爆頭水牛NO
67、吹寄道館的空想對戰!挑戰者天桐
68、吹寄道館VS風露 空中決戰
69、突破難關！登上天空之塔
70、東·喬治格鬥大會開幕！滑頭小子對花椰猿
71、不斷繼續吧東·喬治格鬥大會！赤面龍對劈斬司令
72、激戰東·喬治格鬥大會！劈斬司令對炎武王
73、決戰東·喬治格鬥大會！投射鬼對打擊鬼
74、救出牙牙！鐵蟻的巢穴
75、羅斯山的激戰！肋骨海龜的奇跡（前篇）
76、羅斯山的激戰！肋骨海龜的奇跡（後篇）
77、炎之回憶！暖暖豬VS炎武王
78、哈奇庫登場！火神蟲的聖山
79、雪花道館賽！冰之對戰場地
80、神奇寶貝酒侍對決！品評對戰
81、種子鐵球研究所！艾莉絲與雙倍多多冰
82、電影對決！合眾防衛隊 出擊
83、激戰立湧道館VS霍米加（前篇）
84、激戰立湧道館VS霍米加（後篇）
85、歌唱吧，美洛耶塔愛的旋律
86、波加曼VS花椰猴
87、大巖蛇島野外求生
88、酒侍偵探天桐！消失的噴嚏熊之謎
89、艾莉絲與小霸王快龍
90、青少年杯開幕！快龍對凍原熊
91、力量對決！艾莉絲對小光
92、小智、艾莉絲、修帝！最後的對決
93、道別與相遇的青少年杯
94、青海波道館賽！巨翅飛魚VS大劍鬼
95、神奇寶貝幼兒園大騷動！毛頭小鷹與禿鷹小子
96、美洛耶塔與海底的神殿
97、靈獸型態合力進擊！合眾最大的危機
98、世界上第壹華麗的神奇寶貝！奇諾栗鼠對藤藤蛇
99、天空和大地的雙打對戰
100、艾莉絲，回到龍之鄉
101、雙龍道館，艾莉絲對夏卡
102、伊布隊出動！神奇寶貝救援隊
103、開幕！合眾聯盟·檜垣大會!小智對修帝
104、熱鬥！從勁敵對戰中勝出
105、牙牙迷路走失了
106、打擊鬼登場！小智對肯尼洋
107、小智對虎徹!秘密武器三頭龍！
108、決戰合眾聯盟！皮卡丘對路卡利歐
109、紅豆杉研究所！展開新旅行
110、朋友……他的名字是N
111、新道館訓練家！黑連
112、阿克羅瑪VS帥哥！電漿團的陰謀
113、霧之算木牧場！電龍的燈光！
114、N再度現身！拯救勇士鷹作戰
115、緊急出動！神奇寶貝海岸救援隊
116、燃燒吧！噴火龍VS快龍
117、電漿團的野心！被操縱的神奇寶貝
118、N的秘密…在霧的遠方
119、火箭隊對電漿團！喵喵與阿克羅瑪
120、白色遺跡！小智對N
121、電漿團襲擊！復活的儀式
122、雷希拉姆對N！理想和真實的那壹方
123、再見了合眾！新的乘船之旅
124、甘甜蜂蜜充滿危險
125、酒侍偵探天桐！大海原的密室
126、再見水水獺！通往扇貝貝王之道
127、幻影之島！霧中的索羅亞克
128、洛托姆VS大木博士
129、德科羅拉群島的海賊王
130、小智與巴大蝴！直到再會的那壹天
131、小智與艾莉絲絕交！離別的道路
132、向基拉祈許願吧！七日間的奇跡
133、發光的飛碟！大宇怪之城
134、大堇登場，傘電蜥與坐騎山羊
135、寶藏之謎！無人島冒險
136、小樁與艾莉絲！異色的赤面龍
137、音波飛龍登場！彗星與勇者的傳說
138、前進吧！坐騎山羊
139、電飛鼠、加入火箭隊
140、天桐VS冰之挑戰者！三曜道館的危機
141、超級願望！直到再會的那壹天
142、我的夢想、寶可夢大師
143、天桐與小剛！暴鯉龍的逆鱗
144、艾莉絲VS小椿！通往龍系大師之路
劇情簡介：
寶可夢，不可思議的生物。可是，還沒有人了解所有的寶可夢。以成為寶可夢大師為目標，繼續著旅程的小智和夥伴皮卡丘在合眾地區的冒險又開始了。
新的相遇，結識艾莉絲與寶可夢酒侍天桐的同時，各種各樣的邂逅，了解同伴的重要，在戰鬥中洋溢熾熱的友情，不斷成長。?
以寶可夢大師為目標，繼續著旅程的小智和夥伴皮卡丘在合眾地區的冒險又開始了。
新的相遇，結識艾莉絲與寶可夢酒侍天桐的同時，各種各樣的邂逅，了解同伴的重要，在戰鬥中洋溢熾熱的友情，不斷成長。
主要角色：
1、小智
來自關都地方真新鎮的寶可夢訓練家。
最大的夢想是成為寶可夢大師.同夥伴皮卡丘壹起繼續修行之旅,寶可夢的事情比誰都喜歡.討厭歪門邪道的事情。寶可夢戰鬥的風格屬於總是進攻的類型.不過也會有創意的閃光。
2、皮卡丘
小智自故鄉真新鎮出發時得到的最初的寶可夢。
迄今為止，與小智***渡難關，經歷冒險，是小智最強的搭檔。在寶可夢戰鬥中有著不到最後決不放棄的強烈意誌，對速度有絕對的信賴感。也有淘氣的壹面。